鄭芝龍之所以如此強悍，主要是他與倭寇、歐洲海盜以及中國其他海盜不同之處在於，他屬於“起義”性質，他專門打出了“劫富濟貧”這種農民起義式的口號，經常接濟貧苦百姓，因此，頗得民心。在許多窮人眼中，他是靠山。
崇禎元年(1628年)，崇禎采取剿撫並重的方式處置東南沿海的海盜集團。鄭芝龍接受了朝廷任命成為遊擊將軍，其後成為副將。借助官家地位，鄭芝龍迅速將其他海盜勢力聚集在自己的身邊。
早在沒有接受招安前，鄭芝龍就擁有數百艘船隻和十萬兵卒，被招安之後，勢力越來越大成為了“海上盟主”。其後，鄭芝龍幫助官軍擊敗荷蘭侵略軍，剿滅李魁奇、楊祿、楊策、褚彩老、鍾斌、劉香等海盜集團。在此期間，鄭芝龍的兩個兄弟鄭芝虎、鄭芝鵠相繼戰死。
鄭芝龍的官職也升為總兵官、前軍都督府帶俸右都督。由此，他壟斷了東南沿海的海外貿易。凡是與中國進行貿易、凡是在中國海軍能夠到達的地方，必須懸掛鄭芝龍的令旗。每年僅令旗的許可費就達千萬。鄭芝龍在1628年有船千艘，雖在招安後被裁撤數萬人，但仍有七萬人，戰鬥力並未降低。
1633年7月7日，荷蘭軍隊突襲南澳，把總範汝耀重傷、17名軍士陣亡。7月12日突襲廈門，守將張永產在泉州購買軍事裝備，鄭芝龍率部在福寧剿匪。結果，政府軍5艘戰艦、鄭芝龍10艘戰艦被毀。其後，荷蘭軍撤退。荷蘭人又想進攻海登縣，知縣梁兆陽派人夜渡金門浯嶼偷襲料羅灣獲勝。從此，雙方處於半停戰狀態。
1633年9月22日崇禎皇帝下達戰爭總動員令，最終明政府與海盜聯軍大敗荷蘭與劉香的聯合艦隊，取得料羅灣海戰的勝利。自此，鄭芝龍成了海上霸主。
順治三年(1646年)鄭芝龍投降清朝，十八年(1661年)鄭芝龍被殺。
鄭芝龍是明朝海盜勢力的代表。鄭芝龍所代表的海盜商人與內陸地區的商人一起促進了明代商業經濟的發展，從而使明政府對商人的態度從輕商轉變為重商，直至南明時期的倚商。
明代中期之前，士農工商的排序沒有太大變化。但中後期由於陸路、水路交通發達，貿易有了很大發展，國內經濟日漸發達，以晉商、徽商為代表的“十大商幫”初步形成，商人也由沒有戶籍的百姓，變成了可以參加科考、享受政治權利的商籍百姓。甚至到了萬曆年間，形成了自己的利益代言人。
但在白銀的誘惑下，商人與官的關係日益緊密，從而形成了在官商一體化下的各種虛假繁榮，經濟出現了泡沫化。為了保障自身利益，一些商人由走私、海盜、商人三位一體變成了明朝末年新增的“漢奸”四位一體的複雜身份。
明代中後期，明政府逐漸采用了“重商主義”的經濟政策。商人由“民之末”變為與士至少是平等地位的社會階層。商人之家大多是長子、次子參加科舉，三子之後從商。
中國封建社會的統治，一直是官紳共治。在一些家族觀念比較重的地區，有些人隻知有宗族而不知有國家，宗族利益高於國家利益的例子並不鮮見。同理，家族乃至家庭利益也同樣可以高於國家利益。中國封建社會的儒家思想，又造成師生關係與君臣關係、父子關係在某種程度上同樣重要。
而當商人與官、士合流之後，就造成了一個極為嚴重的現象，正如崇禎皇帝所哀歎的那樣:“居官有同貿易”。
商人勢力在明代之前就已經非常強大，例如著名的陶朱公、呂不韋等。明代最知名的商人首推沈萬三。