遇到小茂，小智當然想和小茂切磋一場，他想了解小茂現在的實力如何。小茂說現在並沒有戰鬥的心情，這次他是帶女朋友來度假的，小智氣得牙癢癢，恨不得立刻打到這個最初的一生之敵證明自己。
兩人的相遇和離別也是匆匆忙忙，第二天，享受完休閑的假日體驗後他們和小茂告別，三人來到小碼頭
小碼頭是進去大陸往來的碼頭港口，承擔著這座城市的經濟，所有的經濟來源都靠著海運進出口貨物。
三人趕到碼頭附近的通信船都已經出發了，下一班時間發船要在三個小時候出發，小智在等待著下一艘船的到來。
在當他們百無聊賴坐在岸邊等待著，水裏一隻墨海馬冒出水麵，小智等人看到墨海馬受傷，而小墨海馬在水麵吐出墨汁畫出水母的圖案，想要告訴小智等人訊息。
但可惜小智等人並沒有明白它想表達的意思，墨海馬隻能在海裏幹著急，突然遠方發生大爆炸，那是上一艘出發的輪船。
隻見輪船發生大爆炸，發出震天動地的聲響。引起了小智等人的注意，小智三人看到船上還有很多旅客擔心起來
另一邊船上的旅客們第一時間紛紛從船上跳到水中，小智三人看到落水的旅客。趕緊將自己的水係寶可夢召喚出來去解救遊客。
小霞派出了海星星、寶石海星、角金魚，小智則派出了傑尼龜，至於暴鯉龍身軀過於巨大不方便行動，四寵出來後便去救人了。
小智三人在附近找了小艇，將落水的行人都救上來。救上來的人告知三人去找這海上的艇長
小智三人便去找艇長，艇長是一位年老古稀、性情古怪的老婆婆。她是這附近最有錢的房產商人，海上那超級豪華的旅館和飯店都是她的產業。
她的產業侵占了瑪瑙水母們生存的領地，所以這些引起了瑪瑙水母們的反擊。她將責任全部推給了瑪瑙水母的責任，她拜托小智三人趕出這些令人討厭的生物，給與他們財富、食物
小霞聽聞後非常生氣，拒絕出手幫助，小智兩人麵麵相覷連忙跟上。見小智等人不幫忙，婆婆用金錢的魅力號召碼頭上的居民，受到了所有居民們的瘋狂參與。
瑪瑙水母的領地上聚集了大量的人類進行破壞，瑪瑙水母們當然也不會坐以待斃，它們全部積聚起來，在它們的首領-毒刺水母的帶領上向人類進行反擊。
巨大的毒刺水母出現在岸邊，很快引起了人們的恐慌。它長長的八爪觸手驅趕著人們，婆婆開出坦克車攻擊，結果被毒刺水母擊敗。
毒刺水母告訴人們，人類破壞了它們居住的地方，它們也要報複人類。讓人類也知道失去家園的痛苦，說完它和它的手下們破壞著城市。
那隻出現的墨海馬出來勸說毒刺水母，被仇恨蒙蔽雙眼的毒刺水母根本不停墨海馬的勸說，將它抽飛，大肆破壞城鎮起來，小智三人才明白當初墨海馬的用意
小智不能坐視不理，派出了手上的皮卡丘、傑尼龜、妙蛙種子去阻止毒刺水母和瑪瑙水母們，皮卡丘、傑尼龜、妙蛙種子各自使用自身技能阻止了大量的瑪瑙水母的破壞。
可惜數量眾多，小智他們也有些吃力。皮卡丘它們也不是巨大的毒刺水母的對手，最後在皮卡丘的勸說和小霞真誠的話語打動，毒刺水母才善罷甘休的帶著瑪瑙水母們離開了
但不知好歹的婆婆還對毒刺水母攻擊，被毒刺水母用觸手拍飛了，就這樣小智三人化解了碼頭的危機，乘船離開了