驚魂甫定的信長已經著手準備對淺井家的背叛進行報複。
6月4日，南近江六角氏的叛亂勢力圍攻柴田勝家鎮守的長光寺城。城內缺水，但柴田勝家卻刀劈了最後的兩桶飲用水，率領士兵們一鼓作氣殺散了叛亂軍。南近江被平定。柴田勝家也因此役而名聲大振，被世人稱為“割瓶之柴田”。（抄項羽破釜沉舟罷了...）
6月20日，織田信長再次糾合德川家康，進兵淺井長政的居城小穀城。
6月21日，織田軍2萬人開抵小穀城下，淺井軍見織田勢大，閉城不戰。織田軍於是火燒小穀城周圍的設施和民宅。
27日，德川家康率5000援軍趕到。同一天，朝倉家遣大將朝倉景健率軍1萬援助淺井長政。
28日，兩軍在姊川兩岸擺開陣勢。淺井長政1萬人馬隔河麵對織田信長2萬多，朝倉軍1萬與德川軍5千對壘。另外織田軍還有5～6千人，由“美濃三人眾”稻葉一鐵等圍攻淺井家的橫山城。人數上看來織田德川聯軍占優。
午後3點，德川軍最先按奈不住，率先向隔岸的朝倉軍發起攻擊，兩軍在三田村短兵相接。德川軍小笠原長忠最先衝入敵陣，跟著年輕的猛將們如本多忠勝，榊原康政等殺死多名敵將，一時間德川軍聲勢大震。但朝倉軍仗著人多，調出多餘人手從左翼直接進攻德川家康本陣。家康臨危不亂，指揮若定，擊退了朝倉軍十餘輪衝鋒。這時榊原康政部從姊川上遊突擊朝倉軍毫無防備的右翼，朝倉軍頓時陷入混亂潰逃的狀態。
朝倉軍雖然敗了，但朝倉軍的勇士們仍不屈不撓地抵抗著德川軍不停的衝鋒。老將真柄直隆雖已65歲高齡，但仍舞著一把長七尺八寸的大刀奮戰，殺敵無數，終於將被圍的主將朝倉景健救出，但自己也力盡身亡。直隆的兒子隆基也同時陣亡。為了掩護主力撤退，朝倉軍100多名武士決心以死斷後。他們頭裹寫著“一足無間”的絲帶，無畏地衝入德川軍陣中。他們視死如歸的勇猛終於阻擋住了德川軍。有一個叫天野三郎的甚至衝到了德川家康身邊，大叫“勿小看越前武士！”才力盡被殺。
此戰德川家的三河軍團以少勝多，從此其勇猛的戰鬥力也如他們忠義的名聲一樣，天下聞名。
淺井與織田的決戰也一樣驚天地泣鬼神。有淺井軍第一猛將之稱的磯野員昌率領1500餘騎奮力衝進縱深排列的織田軍6陣之中。（織田家的縱深陣看著眼熟？對啦，就是萊茵哈特在巴米利恩星域會戰中擺的陣勢啊！田中竟然把姊川之戰抄到銀英傳裏去了...難道宇宙也像姊川一樣是塊平地嗎？）織田方阪井政尚部首先潰退，接著池田恒興和木下秀吉都被擊敗，柴田勝家和森可成部被迫退，眼看著織田信長本部就要和磯也員昌交鋒了。這時，傳來了德川軍擊退朝倉軍的消息。“美濃三人眾”稻葉一鐵等放棄圍攻橫山城，分別從左右兩翼突擊淺井軍，織田軍潰散的幾路又重新聚攏，回攻磯野員昌。功虧一簣，淺井軍開始撤退。淺井部將遠藤直經滿臉鮮血，披頭散發衝入織田信長本陣，身被30餘創，戰死。被後人尊為淺井家第一忠臣和第一勇士。另一部將安養寺三郎負責殿後，他一人力殺織田軍28人，所部183人全部戰死，無一偷生。
姊川一戰，織田德川聯軍戰死800餘人，而淺井朝倉聯軍戰死1700餘人。淺井家的橫山城陷落。姊川之戰以織田德川的勝利而告一段落。但是，織田家的危機並沒有過去，淺井朝倉也沒有受到致命的打擊。