正月17日、政長在禿邸放火，率兵在上禦靈社（京都市上京區）布陣。義政聞到畠山內鬥後嚐試禁止、宗全吩咐後土禦門天皇和後花園上皇到室町亭避難，義就嚐試協助義政。
禦靈社被竹林包圍、西方的河流向細川軍流動、南方為相國寺堀的位置。義就由釋迦堂出兵、被擁戴斯波義廉、山名政豐、朝倉孝景分別攻擊。戰場維持到傍晚、政長夜半向寺社放火，並逃走到勝元邸。禦靈之戰畠山的內戰，使宗全政變失敗而終。
東西軍衝突禦靈之戰之後，細川勝元從領地四國的9個國家集結兵力，赤鬆政則從播磨進攻山名領。在京都細川方兵隊燒毀宇治及澱等地的橋梁，固守四門。5月武田信賢、細川成之等人進攻若狹的一色氏領地，在都城一色義直宅邸和西軍諸將住宅也遭到襲擊，斯波義敏從尾張向遠江進攻。4月足利義視嚐試調停。
5月勝元嚐試呼籲所有的同盟，控製花之禦所，以保護將軍作為名義在室町亭迎接天皇和上皇。勝元在今出川邸自宅布置本陣，6月受到義政的要請授與牙旗。宗全在5月進行評定，於五辻通大宮東布置本陣。兩軍在布置位置的關係細川方被稱為“東軍”、山名方稱為“西軍”。‘応仁記’記載東軍兵力有16萬，西軍有11萬以上，但是兵力亦被稱過多。
在京都集結眾將領，由北陸到信越、東海、九州築前、豐後、豊前的大半、關東地方、東北、九州部份勢力正在留意戰況。
最初，號稱官軍的東軍將西軍從內裏和花的禦所周邊驅逐，皇室為了確保義政在有利的情況下決定進軍，6月山名軍以數萬兵力上洛，於8月由周防大內政弘和四國的河野通春七國的軍勢、以水軍身份入京、西軍的勢力開始回複。在相國寺之戰後，由於兩軍的激戰下，出現不少死傷者，最終此戰不分勝負。
應仁元年8月29日，義視突然離開東軍並逃到伊勢國投靠北畠教具。義視離開原因可能為武衛騒動以及因文正政變而被追放的宿敵伊勢貞親試圖恢複義政政權。這可能是當時義政與義視之監護人勝元傾向廢義視而立義向為將軍的主要原因。
沒有履行將將軍職位讓位給義政之承諾，義視為了就任將軍開始催促勝元注視，時仍出家的義尚。義視在義尚誕生的時候已經在將軍府之處。
之後，留在伊勢國一段時間的義視，在勝元和義政遊說下返回東軍，但又再次逃走到比睿山。被義尚擁立的勝元，事實上已經將義視追放。應仁元年11月23日，西軍在比睿山迎接被擁戴為“新將軍”的義視，試圖與東軍對抗。
但是由於兩軍皆無法占優勢，實際交戰的情況隻是少數。文明年間屬於東軍的足軽骨皮道賢在後方以遊擊戰攪亂，其實亦包括了強盜集團的部隊。
長期的戰亂以與盜賊橫行使京都市街地荒廢。由於守護大名的介入，使戰線拉長，眾人名不能在京都附近進行戰場。這導致東西軍的厭戰氣氛增大。
1473年（文明5年）有較大的變化，3月18日山名宗全以及在5月11日細川勝元相繼死亡，12月19日義政將將軍讓位給義尚後隠居。1474年（文明6年）4月3日，宗全之子山名政豐以及勝元之子細川政元達成了議和。
之後仍然有殘存勢力繼續進行小規模戰爭，1477年（文明9年）11月11日政弘撤回到周防國撤收以致西軍在事實上已經瓦解。11月20日，幕府為了祝賀“天下靜謐”進行祝宴，使維持了十年的應仁之亂終於完結。
社會變化應仁之亂促使了將軍與守護大名的沒落，就像斯波氏守護代朝倉孝景（另一守護代為織田氏）得到守護大名的地位足為象徴、真正擁有實力者的身份日漸上升。這種稱為下克上的效應不斷在全國擴散，守護大名們轉化為戰國大名，日本的室町時代步入戰亂期，時人稱為戰國時代。殘存下來的莊園製度等舊製度開始迅速崩壞、持新的價值觀的勢力開始登場。
應仁之亂結束後政長與義就的戰爭依然在山城國繼續，受到不斷戰亂之苦的人民以國人為中心團結在一起、得到細川勝元的後繼者細川政元為後盾、發起山城國一揆把兩派趕出山城國。
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