占領典禮上震耳的炮聲嚇得島上的千餘名原住民四處逃散，西班牙人趁機奪取了他們的村落，還燒毀了他們留下的糧食。
隨即，西班牙人開始築堡，命名聖薩爾瓦多城。由於馬尼拉距離北台灣距離還是蠻遠的，遇到天氣不好等情況，補給船就不能按時到達。這使得登陸的西班牙人，很快陷入了困境之中。不少人因水土不服生病，或者因缺少食物，饑餓而死。幸存下來的人，隻好去捕捉野狗、老鼠等充饑。這種狀況持續了一段時間，直到有一些福建的中國商人來雞籠販賣糧食，情況才有所好轉。
1628年，雞籠的西班牙守將瓦爾德斯派軍攻占了淡水河口，並用泥土、蘆葦、竹子和木材等簡單材料建造了一個要塞，要塞布置了多門火炮，裏麵還有宿舍、倉庫、火藥庫等。西班牙把要塞命名為聖多明哥城。這個要塞倚山麵海，可以眺望整個淡水河口、控製淡水河的進出，是個很好的防禦工事所在地。
1629年的八九月間，西班牙人擊退了從大員島前來襲擊聖多明哥要塞的荷蘭人艦隊。
西班牙人擁有雞籠、淡水兩個據點後，發現從海路往來兩地很不方便。因此，他們希望能找到一條更便捷的往來路線。1631年3月，西班牙人派遣一支八十餘人的勘探隊，溯淡水河上行，發現台北平原，然後沿著基隆河北上，發現了到雞籠的路線。
1632年，一艘西班牙船隻遇到台風，漂到了今天的宜蘭地區海岸，遭到當地原住民噶瑪蘭族人的襲擊，船員50多人全部被殺。西班牙人隨後就展開報複行動，西班牙士兵和菲律賓呂宋島的土著們攻打該地，焚毀7座村落，殺死原住民12人。彪悍的噶瑪蘭人不肯屈服，於是退到了山裏麵，借助險要的地勢繼續抵抗。
正在台灣北部騎在原始土著居民頭上作威作福的西班牙人和他們的仆從——呂宋土著們，此刻做夢也沒有想到，他們的好日子就將結束了。
1632年10月10日，天氣晴好，黃複華轄下的水軍派出了一支浩浩蕩蕩的船隊，從今天浙江溫州洞頭縣南麵的黑牛灣出發了。洞頭這個海島縣，置縣曆史短，但開發曆史還是很悠久的。在這大明朝，洞頭屬於溫州府，隻是一個不受重視的海島。永昌堡一役以後，這裏自然就成為了黃複華的又一地盤。洞頭縣地處浙南沿海，甌江口外，該縣水道縱橫、港灣多，具有良好建港條件的岸線就長達三十餘公裏，其中包括橫穿洞頭列島中部的北水道，而南麵的黑牛灣更是靠近遠洋航線的最大天然錨地。
同時納入黃複華治下的還有得名於“晨霧繞島，形狀如環；上有流水，潔白如玉”的玉環縣的大部分區域。因為玉環縣東臨東海，西靠樂清灣，南部就與溫州市洞頭縣隔海相望。而且，明朝初期這裏隻是樂清縣玉環鄉，更是在明洪武20年，即1387年時，因為倭寇擾邊，大明政府徙居民為內地，今天楚門港以南的玉環本島等地全部被遷棄。
船隊的目標，正是台灣北部要港雞籠（基隆）。除了黃複華提供的詳細海圖和地圖，還有熟悉台灣海峽航道，經過仔細甄選的投誠海盜三人。
這支船隊的規模可不小，大大小小船隻共有二十八艘，加起來的排水量超過了兩千噸。領頭的主力艦隻有：一艘五百料的寧波府戰座船，兩艘仿製的烏艚戰船，兩艘四百料的武裝沙船，更有一艘排水150噸的鐵甲運兵炮艇，船頭裝載了一門射程超過六裏的大鐵炮。船隊光搭載的士兵就有五百人，還有移民一百人，以及許多的糧食物資。另外，船隊裏還有一個二十人的軍事觀察團，除了兩個朝鮮來的客人，其他人都是從東江來的。
出兵的日子也不是隨便選的，史書記載，1632年10月15日，海賊劉香侵犯福建。黃複華這隻小蝴蝶，還影響不了大天氣。從而可以推斷，10月15日及其前幾天的天氣必然是不錯的，加上已經出了7到9月的台風季節，應該不會碰到台風暴雨這樣的惡劣天氣了，這就可以最大限度地保證船隊的安全了。
果然，這支船隊一帆風順，於1632年10月13日的早晨，出現在了基隆附近的海麵上。