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感到時機逐漸成熟的周瑜，於靖康五年十一月下旨，改中央官製為“三省六部製”。
三省即中書省、門下省、尚書省。“中書取旨，門下封駁，尚書奉而行之”，是三省分工原則，從而彼此製約，以掌管國家大政。
中書省主要負責秉承皇帝旨意起草詔敕，起草之責主要由中書舍人負擔。中書令為中書省的長官，副長官為中書侍郎。作為皇帝身邊最為親近之人，體察上意、善傳旨意這些皆是重要的能力，周瑜自是要任用才德兼備之人，一番斟酌之後，周瑜任命孫權為中書令，劉巴為中書侍郎。
門下省的長官為侍中，副長官為門下侍郎，主要職官有給事郎。門下省主要負責糾核朝臣奏章，複審中書詔敕，如認為不當，司以封還和加以駁正，稱“封駁”。駁正之權主要由給事中掌握。
按周瑜之旨意，門下省有諫諍之責，以匡正皇帝的過失，其長官須得剛正不阿，不畏權貴，周瑜看遍朝中百官，卻尋不到曆史上輔佐唐高宗的魏征這一類寧死也要諫諍的人才，故此周瑜隻得以才能、資曆等來衡量選人，最後任命魯肅為門下省侍中，虞翻為門下侍郎，以青年才俊司馬懿、陸遜、趙谘等人為給事郎。
尚書省統管六部，其長官尚書令權責極大，為示恩寵，周瑜特將此職位封給了一直為其出謀劃策立下大功的賈詡，尚書令的副手是左右仆射，分別由陳宮和諸葛瑾擔任。
仆射之下有左右丞、左右司郎中、員外郎、負責都省職事，這些重要的職位，周瑜都一一親自選定人員，以老帶新，充分考慮了人員的繼承性，確保職位不會出現空缺。
尚書省下設有的六部，分別為：吏部，負責考核、任免四品以下官員。戶部，負責財政、國庫。禮部，負責貢舉、祭祀、典禮。兵部，負責軍事。刑部，負責司法、審計事務。具體審判另有大理寺負責，重大案件組織刑部、禦史台、大理寺會審，謂三司審。工部，負責工程建設。
可以說，吏戶禮兵刑工這六部，是統治管理全國的實打實的核心部門！這六部的負責人，官職稱尚書，副職稱為侍郎。周瑜為了這六部的負責人選，可謂是花費了很多精力！
前期一直支持周瑜霸業的江東世家大族，肯定是不能不予考慮，當擇其才高者上位。平定中原之後歸附的人才，出於安定人心以及朝政平衡的考慮，也必須選出合適人選擔當六部之要職。這些年月，經過藏書院的培養、在荊揚一帶管理地方的青年官員，也有表現優異的，當提拔至朝廷予以重用。
吏戶禮兵刑工六部每部的長官為尚書，副長官為侍郎，周瑜最終確定的六部主要官員如下：
吏部尚書：張昭，吏部侍郎：諸葛亮
戶部尚書：呂範，戶部侍郎：步鷲
禮部尚書：陳群，禮部侍郎：蔣琬
兵部尚書：甘寧，兵部侍郎：高順
刑部尚書：法正，刑部侍郎：袁渙
工部尚書：劉曄，工部侍郎：費禕
三省六部架構及主官人選一定，則朝廷中樞的官製格局便已確定，在運轉了三個月之後，中央官製終於理順，周瑜隨即開始了地方官製的變革。
那就是行省製。
在真實的曆史上，行省製是在元代早期開始的，由元世祖忽必烈創立並推行。