學園都市是麵積占據東京都西部三分之一的都市，居住著230萬人，其中八成（180萬）以上是科學勢力的代表：學生。擁有世界上最尖端的科技，一般認為領先外界約30年。學園都市的由統括理事長亞雷斯塔·克勞利花費50年的時間創建，由“統括理事會”全權管理。由於技術、研究多數都是高度機密事項，學園都市內的警戒體製非常嚴格，對人員進出有嚴格的限製。
學園都市是一個由二十三個學區構成的巨大的教育機構的集合體，以發掘超能力而提供特殊的教育課程，主要靠從外部招收學生。除了教育機構，還有麵向學生研究設施，生產、商業設施，國際展示場，國際機場等等在都市內生活的所需要的生活設施都齊備。
學園都市雖然與外部隔離，但是在某些特定時段會向社會公眾開放。學生家長及社會人士可以在這些時段裏進入學園都市進行參觀，而且還有現場電視直播能力者互相戰鬥的場麵！現在已經明了的“特定時段”有：大霸星祭（9月19日到9月25日）和一端覽祭（時間不明，大約在10月末11月初的樣子）。
學園都市的學生，大部分居住在學校的宿舍中，並在各個學校中接受能力開發。學園都市的學生大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以範圍和威力分為無能力者（Level0）、低能力者（Level1）、異能力者（Level2）、強能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、絕對能力者（Level6），實際絕對能力者隻是理論上存在進化為Level6的可能，並沒有哪一個角色成功進化為Level6。並每隔一定時間會進行身體檢查，重新測定一次，但學生中的六成是無能力者，而學園都市中超能力者也隻有七人。
學園都市內不存在警察，隻有風紀委員（Judgement）和教師自願參與的警備員（Anti－Skill）維護治安。另外還有直屬學園都市上層的暗部組織，是“光明”與“黑暗”並存的城市。
學園都市某研究所內。。。。。。
女人身著男式的白色西裝，胸前的扣子散落著，露出了裏麵貼身的黑色薄毛衣。
微微揚起下巴，女人略帶得意的看著麵前巨大的圓柱形玻璃容器，隱藏在圓形鏡片後疲倦的雙眼此刻也綻放出驚人的神采。
容器中，少女毫無防備地靜靜得漂浮著，飄灑的茶色長發從身後微妙得遮住少女曼妙的曲線。
少女是學園都市黑暗的產物，第三位「超電磁炮」的軍事量產克隆人，統稱「妹妹們」。
「哇，好像真正的人類耶！」
女人身後，第一次見到「妹妹」的小研究員好奇地看著少女驚訝地叫著。
「那當然咯。。。」
女人伸手按下開啟的按鈕，隨著容器的晃動和「哢哢」的機械齒輪轉動的聲音，容器內的***迅速的排盡，失去浮力支持的少女無力的跪坐在容器底部，灰色無神的眸子包裹著微微擴散的瞳孔驚慌得打量著四周，茶色的長發隨著頭部的轉動輕輕地***著。
終於，少女在小研究員仿佛「某雙馬尾的腹黑百合女看到正在洗澡的姐姐大人」一般的目光中嬰兒般委屈地哭了起來。
女人輕勾嘴角，向著滿臉問號的小研究員解釋道。
「不過如你所見，在這種狀態下的精神年齡就跟新生兒一樣。既無法理解語言甚至無法用自己的力量走路。」