說完這番話後，博格剛想狡辯，就被黑暗之主抓起來按在了手術台上，他可不想聽博格說話，現在的主要任務是找回智能武器。
忍者們那邊也不太好，他們也意識到了，可能是黑暗之主在搞鬼，可是他們親眼看著黑暗之主被勞埃德打敗啊！
不過他們也沒閑心思考這些，因為麵前飛來了一架戰機，把槍管對準了他們，讚讓寇把自己扔了出去，恰好落在戰機上。
手中的智能武器散發出光芒，一刀劈下戰機的外形改變，也不再攻擊忍者們。
“我明白了，一定是智能武器入侵了戰機的係統現在是讚在控製它”傑不愧是科技迷，第一個意識到了智能武器的作用。
他們駕駛著戰機去找妮雅他們，趕來的時機剛剛好，救下了他們後，一群人立馬離開。
忍者們讓尼雅先把孩子們送回學校，他們一部分人去找勞埃德，另一部分人保護平民。
自忍者們從博格的公司離開後，整個忍者城的機器都發了狂，開始到處攻擊市民。
吳大師去保護市民，傑和凱負責天空，讚和寇負責地麵。
在凱用智能武器控製住一架飛機後，麵前出現了博格的影像。
影像告訴凱，黑暗之主作為一種病毒，入侵了他們的係統，請務必保護好智能武器，且給他們的忍者服，會幫助他們避開麵部識別係統。
其餘的忍者們也各自用智能武器獲得了一輛載具，繼續跟機械怪物們纏鬥。
妮雅在送孩子們回到學校後，立馬去找了勞埃德和沈玲瓏：“不好了，忍者們有麻煩了……”
吳大師此時已經被機械怪物們包圍，凱看見了他，但是在這裏沒辦法降落。
吳大師眼角餘光看到了一個消防栓，他越過機械怪物打開消防栓，強勁的水流把他衝上了天空，抓住了讚的飛機。
五人趕忙開始撤離，黑暗之主不會允許智能武器離開忍者城，於是調動了全城的機械怪物來追捕他們。
眼看著讚的戰機就要被逼停，關鍵時刻，勞埃德趕來救下了讚。
“黃金忍者，我們又見麵了”城市中的屏幕上全部顯現出了黑暗之主的臉，“黑暗之主，我能打敗你一次，就能打敗你第二次”勞埃德望向他。
“別誤會，我可不想打仗，我隻想要你的力量”勞埃德剛剛用黃金能量擊中過的地方開始泛起金色光點，並且開始全部朝著其中一個機器人彙聚過去。
勞埃德又想用黃金力量時，被吳大師阻止，勞埃德的力量隻會讓黑暗之主變得更加強大，所以隻能逃。
“機器人不能長時間在高空飛行，而黑暗之主能控製的戰機數量有限，離開這裏”勞埃德對忍者們說。
見狀寇扔掉了他的機器人跳上了傑的戰機，黑暗之主識別出了全部的智能武器，都在吳大師那裏，於是放棄了其餘人，轉而全部去抓捕吳大師。
吳大師在城市上方飛躍著，緊接著就被智能怪物堵在了一棟房頂上，他散開自己手中懷抱的布，裏麵空無一物。
黑暗之主氣的不輕，經過回放，發現智能武器全部被凱帶走了。
“幻影忍者，你們給我等著！！！”他咆哮著發布了全城通緝令。