很早以前，已有過介紹，無論是在平時,還是在戰時,太平軍常設的最高軍事指揮機構是聯合作戰司令部,也就是以黃旭居首的中軍首腦機關,它是在黃旭的倡議下成立的，而它的主要職責就是統率和指揮太平軍的所有行動,包括訓練,對敵攻擊….等等.
聯合作戰司令部之下，則轄有太平軍各部,而各部的職責在平時與戰時的具體劃分,卻又各有不同.
在平時,聯合作戰司令部下轄的太平軍以軍兵種作為劃分的界限,主要包括普通步兵,重裝步兵,輕騎兵,重裝騎兵,弓箭手獨立大隊,火器營,工兵營,後勤保障大隊,情報處,特種作戰分隊等幾部分,每一部都由主將統領,副將協助.
普通步兵,重裝步兵,輕騎兵,重裝騎兵,以前的主將是郭破天,副將呂擎天,郭破天死後,由黃旭暫代了一段時間,保平安與崔敏回來之後,他們奉黃旭之命，接替郭破天統率最核心的步騎兵，郭破天的副將呂擎天則被安排去了弓箭手獨立大隊及火器營做了楊宜清的副將。
黃旭如此不計前嫌地重用保平安與崔敏,完全是為了結交保平安之心,他太了解保平安了,雖然保平安已經答應重新出山,但卻並不代表他會竭盡全力地幫自己,而想讓保平安傾其所有,毫無保留,死心踏地地追隨自己,為自己奉獻一切,黃旭隻能出狠招,這個狠招就是給予保平安最大的信任,讓保平安掌管做為太平軍核心主力的步騎兵,他完全有信心,隻要此招一出,保平安一定會誓死相報,事後的一切證明,他的安排是對的.
自那次的軍中事變不成之後,保平安便解甲歸田,過起了普通人的生活,他本以為這一生就這樣了,但是,讓他萬萬沒想到的是,黃旭竟然可以不計前嫌,重新啟用他,自那時開始,他心中對黃旭就充滿了感激之情,而更令他沒想到的是,黃旭除了授予他輔佐曾國藩的重任之外,更是讓他出任太平軍核心軍兵種的主將.
保平安豈能不誓死以報.
而弓箭手獨立大隊及火器營的主將,以前是李秀成,副將楊宜清,由於天王洪秀成十分賞識李秀成,所以,他將李秀成調回了京城，委任他擔當大內總事務長及九門提督的重任,而楊宜清則承黃旭之命接任了主將一職,統率被稱之為軍中重器的弓箭手獨立大隊及火器營，由呂擎天出任副將。
情報處與特種作戰分隊最早的負責人是黃旭,而黃旭在出任主帥之後,就將情報處交給了劉玉華與姚大洪管理,而將特種作戰分隊指派給了東方不惑與田小二帶隊.
工兵營,後勤保障大隊的主副將則保持不變,仍是由餘一龍,段一虎,朱衣點,傅忠信幾人分別統率.
以上的這些安排,都還是湘楚軍沒加入之前做下的,而在湘楚軍加入之後,黃旭又重新做了統一的部署,將原湘楚軍與原太平軍的人馬打亂之後，又重新進行了編排,而各軍兵種的主副將也重新做了任命。
這些任命的核心內容除了原太平軍所有將領保持原職不變之外，主要賦予原湘楚軍的得力幹將,諸如胡林翼，羅澤南，彭玉麟,曾三,劉坤一,江忠源,曾國荃等人更多的統軍之責.
為了使羅澤南等人更好地融入到太平軍中,黃旭提出采用雙主將的方法領導全軍，也就是將湘楚軍的幾員幹將塞進了新太平軍的體係之中.
譬如說,胡林翼，羅澤南，彭玉麟,劉坤一等四人,分別位同保平安,楊宜清,餘一龍,朱衣點，做主將,共同執掌不同的軍兵種,而曾三,江忠源,曾國荃則被黃旭簡拔為中軍護衛將軍,也等同於受到了重用.
總之,黃旭的安排讓所有人都皆大歡喜,也讓全軍的士氣達到了一個新的高度.
說完以上的這些安排，我們再來重溫一下這太平軍的一些軍階.