鋼板假麵人哥布紐緊緊抱住迪迦，企圖和迪迦同歸於盡，時間一分一秒地流逝，迪迦和TPC基地都危在旦夕，絕望關頭，迪迦奮力掙脫了哥布紐的束縛，抬起哥布紐衝出了海麵，但是飛到半空的時候，迪迦的能量耗盡，彩色計時器熄滅，迪迦消失在了半空，而哥布紐也發生了劇烈的爆炸，劇烈的爆炸令遠在外太空亞特蒂斯號上的宗方等人也肉眼可見。這是迪迦首次未消滅敵人便提前消失。
這時，從機械島內衝出了成群的小型哥布紐，它們成群結隊地向亞特蒂斯號襲來，在哥布紐的撞擊下，亞特蒂斯號受到嚴重創傷，為了為麥格斯炮的充能爭取時間，新城和堀井不得不駕駛勝利飛燕號出去迎戰。
另一邊，大古與哥布紐的殘骸漂浮在海麵上。在昏迷中，之前擊敗過的怪獸又一一在眼前浮現，之後，基裏艾爾人以預言家的身份再次出現在大古麵前，基裏艾爾人又開始對大古進行了嘲諷，他嘲笑大古自認為是地球的守護人，如今卻不得不接受失敗的命運。大古非常氣憤，但也不得不麵對自己失敗的事實，他開始迷茫，自認為已經沒有資格以光之巨人的身份守護地球。這時，幽憐從身後走出來，她語重心長地告誡大古：人類即將步入一個嶄新的新時代，光的力量也在不斷得到傳承，此刻的人類必須齊心協力一起迎接這個新時代，如果隻單單依靠光之巨人的力量，人類仍會不可避免地重蹈超古代文明的覆轍。
大古拿出了閃光棒凝視，他似乎又對自己的力量有了新的理解，此時，野瑞從遠處駕駛著汽艇過來，他們帶著哥布紐（基加）的殘骸返回了基地。
在太空中，麥格斯炮的能量已經充滿，宗方準備對機械島進行新一輪攻擊，但就在他們啟動麥格斯動力係統時，機械島仿佛磁石一樣將亞特蒂斯號吸入了內部，亞特蒂斯號就這樣與地麵失去了聯係。
八尾博士猜測發生的一切可能與麥格斯動力係統有關。
野瑞對哥布紐的殘骸進行分析後發現，哥布紐的每一塊碎片都是儀態電腦，野瑞將計算機與哥布紐的碎片連接後與其展開對話。哥布紐道出了他們襲擊TPC基地目的：原來，有人將指令植入了他們體內，命令他們一旦麥格斯動力係統被啟動，就展開行動將擁有麥格斯動力係統的文明摧毀。
八尾博士無論如何也不願相信自己苦心研究出來，引以為傲的麥格斯動力係統居然會是導致一切災禍的根源，但大古忽然明白了一切：麥格斯動力係統很可能並非八尾博士原創的東西，它很可能早就存在於宇宙中，被發現是遲早的事，某些未知文明擔心別的文明掌握了麥格斯動力係統後會對自己不利，於是先發製人將掌握麥格斯動力係統的文明消滅。
這時，野瑞忽然想到，每次麥格斯動力係統一啟動，機械島就會馬上做出反應，隻要逆向啟動麥格斯動力係統，就能抵消掉機械島的力量將亞特蒂斯號救出來。
大古馬上駕駛著白雪號登上了機械島，展開營救行動。他成功與被困在亞特蒂斯號內的麗娜等人取得了聯係，並相互配合以相反方向啟動了麥格斯動力係統，機械島上的大門果然打開了。
迪迦一時無法逃離機械島，這時，堀井心生一計，他嚐試將麥格斯動力係統的能源連接到麥格斯炮傷用來消滅哥布紐，但八尾博士認為麥格斯動力係統的力量過於強大，不希望隨便把它用到武器上，此時，掘井拋出了自己的論調：科學技術的價值完全取決於它的使用者。
掘井說服了八尾博士，於是他們把麥格斯動力係統的能源連接到麥格斯炮上，他們發射了麥格斯炮擊中了哥布紐，迪迦得以脫離險境，在飛離機械島之前，他將白雪號投向了亞特蒂斯號，營造了大古還在飛機中的假象。迪迦快速飛向太空，並從遠處向機械島發射了哉佩利敖光線，將機械島炸毀了。
就在即將成功的時候，機械島上的物質組成了一台巨大的機械生命體哥布紐，哥布紐向白雪號走來，企圖破壞這次救援行動，大古跳出機艙，變成迪迦與哥布紐展開戰鬥。
哥布紐遠比迪迦強大，迪迦使出渾身解數也不是其對手，一度被打倒在地。哥布紐看見迪迦倒在地上後準備重新與機械島結合，迪迦趁機會飛向天空逃離機械島，卻被哥布紐拽住了雙腳，幸虧當時林焱看到迪迦陷入危機變成了奈克瑟斯來幫忙了。機械島被成功消滅，大古和林焱也順利回到了亞特蒂斯號和眾人彙合，司令室的眾人也鬆了一口氣。但八尾博士卻感到一些失落，他原本引以為傲的新技術，居然是宇宙曆史中早已存在的東西。此時，野瑞走過來安慰八尾博士，雖然麥格斯動力係統是宇宙中早已存在的東西，但八尾博士仍然非常出色，人類是需要不斷向前邁進的。八尾博士也從失落中走了出來，他下定決心一定要向世人證明麥格斯動力係統並非邪惡的力量，隻要人類把好關，它將是人類邁入新領域時代的重要成果。