STS（音巢）在南鎮最高秘密基地中，四處透露著金屬光澤且密布各種長短不一電線的房間裏，昔日的拳皇……草薙京正靜靜的漂浮在一個巨大圓柱形透明的玻璃容器中。。ｃ
八神，老頭子，小雪，真吾……你們在哪？我在哪？
一陣劇烈的爆炸聲打斷了這份寧靜。
“大人，外圍的防線已經被攻破了，西頓（怒隊隊長，上尉）他們大約會在一分鍾後攻破到草薙京本體的位置！”
身著深褐色長大衣的Krzald（KOF99的BOSS）猛然一抬腿，一陣罡風浮現，下一秒，眼前的士兵已經被Krzald的圓規龍卷（街機出招表236A/C）削成了遍地碎肉。
“朅~該死的西頓，居然趁K突襲總部的時候找到了這裏，真讓我小看了這幫大兵了，哼哼……不過這樣遊戲才好玩不是嗎？”
Krzald按下耳後的通訊器說道“清除草薙京本體的記憶，輸入給草薙京4號。”
另一邊，足足一尺來厚的鋼鐵大門被劇烈的爆炸炸開，西頓等人的身影在煙塵中隱隱浮現。
帶著墨鏡的克拉克隨意的拂去眼前的煙霧後，猛然發現了身在玻璃容器中的草薙京。
“長官，你看……”
縱然西頓冷靜也不由得激動起來“是……是本體，是草薙京的本體，快，趕快把他弄出來。”
而此時，Krzald的通訊器裏也傳來了消息。
“大人，草薙京的記憶已經抽取並傳輸給了草薙京4號，可是……”
“可是什麼？”
“草薙京的記憶不知道為什麼無法抽取，準確來說我們隻是複製了他的記憶。而且……西頓的人已經攻進了草薙京本體的實驗室，他們正在設法釋放草薙京。”
Krzald猙獰的臉上嘴角微微上弧“毀掉草薙京本體並炸毀實驗室，我們得不到的他們也別想得到。”
“可是大人，伊格尼斯（STS的幕後領導者，KOF2001最終BOSS）大人那裏怎麼辦？”
“一切由我負責。”
“那好吧，大人……”
（這裏說明一下，為什麼Krzald敢不將伊格尼斯放在眼裏，因為Krzald是ZRO零號的直屬，所以不需要對別人負責，而此時ZRO零號正準備反叛，打算殺死伊格尼斯跟正牌ZRO以達到取代他們的目的。ZRO零號是KOF2000最終BOSS，正牌ZRO是KOF2001的中BOSS之一，其他三個中BOSS分別是黑獅OGP，飛賊四天王之首的龍，複活後的古力查力度。）
整個南鎮仿佛發生了九級地震，房屋不斷變成廢墟，天空落下的碎石將一個個設法躲避的行人砸成了肉醬，此時的南鎮猶如人間煉獄……
“薇普，這次KOF99你跟克拉克他們去參賽。”
“是，長官。”
這正是在最終爆炸前順利逃出的西頓等人。
而Krzald正在另一所基地中跟ZRO零號對話。