這年冬季，鮮卑乳軍大敗漢軍。漢靈帝就召蔡邕，說：“近來朝中無有直言之臣，朕知你經學功底深厚，故特召你，希望你不要藏匿，暢所欲言，直陳要害。為了保密，可用皂囊封上奏折。"
得到如此信任，蔡邕認真而為，奏言婦人、宦官幹政是萬惡之源，彈劾張顥、瑋璋、趙玹等一大批貪贓枉法的權臣，同時舉薦一些人品正直的官員。漢靈帝看了此奏，嘆息不已，起身如廁，不想奏章全文被近侍曹節偷窺，曹節就向那些被彈劾的權臣泄漏，致使這些官員無不仇恨蔡邕。
不久，朝中有人控告蔡邕與其叔父蔡質有罪，要求將他倆虛以棄市。漢靈帝予以準許。中常侍呂強憐憫蔡邕無辜，於是替他向靈帝求情，漢靈帝也想起之前自己要求蔡邕上奏、並承諾保密一事，於是下詔免死，舉家流放朔方，即時下內蒙一帶。蔡邕仇人就雇刺客刺殺蔡邕，刺客反被蔡邕所感勤，棄刺遠遁。仇人就賄賂沿途官員毒殺蔡邕，受賄官員反而告誡蔡邕一路提高警惕。蔡邕因此平安到達流放地五原。
蔡邕流放前，正在修撰《東觀漢記》。現在有了時間，就續著了《律歷意》、《禮意》、《樂意》等十意。漢靈帝愛憐蔡邕才高，第二年大赦時赦免蔡邕，準許他返原籍。
蔡邕一家準備啟程回郡，五原太守王智為他送行。酒足飯飽，王智起舞，邀蔡共舞。蔡邕不理，王智覺得削了麵子，大怒而罵："罪犯也敢輕侮於我？"蔡邕不理，振衣而走。王智就密告蔡邕誹謗朝廷。當年被蔡邕寫入密奏彈劾的權臣，如獲至寶，力促漢靈帝殺了蔡邕。蔡邕害怕這次難以幸免，逃命江海，遠走吳會之地，於是也就成全了上虞曹娥廟的一段佳話。
公元190年，董卓專擅朝政。聞聽蔡邕名盛，董卓召其入朝為官。蔡邕不屑董卓人品，連拒三次，董卓遂以"不入朝就戮全家"相脅。考慮到編纂《後漢書》所需，蔡邕屈從。董卓雖是一介暴君，但對蔡邕十分尊重，隻要蔡邕提出要求，必予解決。董卓被呂布戟死後，暴屍街頭，蔡邕前去哭祭，惹惱司徒王允，結果下牢。蔡邕乞求願受宮刑，以完成《後漢書》之纂，但被王允拒絕並毒死獄中。蔡邕死後，墓築時下河南省禹州箕山逍遙嶺背麵。
蔡邕一生多有佳作。但因戰乳連年，原稿難存。曹操救助蔡文姬歸漢後，被有著驚人記憶力的蔡文姬默寫了出來。
蔡邕書於曹娥碑背麵的"黃娟幼婦，外孫齏臼"八字字謎，後來被楊修和曹操先後破解。"黃絹"是一種餘，對應"絕"字；“幼婦“是少女，對應"妙"字；外孫是女兒之子，對應"好"字；"齏臼"是一種容器，對應"辭"字。連起來就是"絕妙好辭！"
曹娥廟因此名聞遐邇，各位讀者，不妨拔冗一遊。