在行政方麵，孔尚想采用以後隋唐時期的三省六部法，畢竟在這個時代實行是什麼後世的民主政治都是扯蛋，在生產關係和生產力還沒有達到那種高度，人民還沒有那種政治覺悟之前，隻會使得天下大亂。
孔尚暫時隻借鑒了三省六部製的一部分體製，進行了禮、吏、刑、兵、戶、工六部的分工，省去了三省繁瑣的政令審核製度，並不是說他不好，相反三省製是一種製約官員以權謀私的好方法。但對於現在豫州軍一個州加一個郡，上層官員可以隨時了解到民間的消息，這樣政府的首要目標就在於高效率的辦事能力，而沒必要增加這樣的機構以使得行政過於冗雜繁瑣。
在孔尚的改革裏，六部又有微小之處區別於後世。六部的負責人都稱為主管。
禮部，主要負責現在與各諸侯國之間的外交，很孔尚後麵改革中的教育，科舉事宜，有口才出眾的鍾繇管理。
吏部，孔尚改革中關鍵的一環，主要負責對官員的監督，審查，彈駭和推薦，對於吏部主管這個位置，孔尚思慮再三，這個人必須能接受自己的思想，明白改革的精神所在，他才能為改革提拔合適的人才，由於暫時沒有合適的人選，孔尚隻好自己兼管。
刑部，掌管民間的各種訴訟的審核和最終判定，了解和處理民間的各項糾紛，荀彧是誠信君子，所以孔尚將吏部交給他掌管。
兵部，是後世情報部門和參謀部門的集合，不僅要負責收集天下各地的情報還要適時製定出恰當的戰略方案，鑒於兵部的任務在這個時期是最重要的也是最繁重的，所以孔尚將目前自己手下兩個最傑出的謀士郭嘉和司馬懿都放在了這裏，由司馬懿主要負責收集情報，郭嘉負責製定計劃。
戶部，也就是財政部，它將對豫州軍領地內的各項財政收支進行獨立核算，並負責征收各種賦稅，並派人審核各種建設的投資，這個部門當然荀悅是掌管。
工部，提出合理的建設意見並負責各種工程的建設、維護等，另外，孔尚還將工商業的發展也納入到工部的管理範圍之內，以陳群那傑出的行政能力絕對是這個部門長官的首選。
六部直接對孔尚負責，地位平等，互相監督、幫助而又互不幹涉。
在經濟方麵，孔尚在農業方麵實行了屯田製，即由政府提供土地和農具，耕牛，種子等，而無地的流民提供勞力，糧食的收成上交三成給政府。實際上這三成隻是農具種子的本錢。而在政府登記耕種三年以上的就可以獲得你耕種的土地。
由於黃巾起義的破壞，使得大量的良田成了無主的荒地，卻也是的孔尚實行屯田製小了很多阻力，這個時代的百姓能擁有一塊自己的地是多麼高興的事，孔尚的屯田製就給了他們這個希望，因此豫州軍的領地裏很快就聚集了大量的流民。屯田製看似對政府的收入並沒有好處，但孔尚這招實際上為以最快的速度恢複生產力打下了基礎，而且如此低的稅收做到了藏富於民，為工商業的發展奠定了市場基礎。
至於工商業，孔尚沒有過多地觸動這時候占統治地位的封建地主，而隻是做了一些引導工作。經過無數次試驗，孔尚終於找到了高爐煉鋼的方法和玻璃的配方，而根據他的回憶在汝南郡的平頂山找到了一個很大的煤礦。
冶煉的大量鋼鐵初期主要是進行兵器和鎧甲的改造，這個時期的冶煉水平還停留在鐵器的製造上，優質的鋼鐵使得豫州軍的裝備水平飛躍了一大步，冠絕諸侯。因而也派生出冶金行業。