燕子磯一役，太平軍損失慘重，兩個鎮江營幾乎全軍覆沒。
被李義和陰差陽錯救下的三位首領，石達開，洪秀全，楊秀清退離戰場後，迅速與後方的蕭朝貴彙合。
在此之前，蕭朝貴麾下的軍隊與清軍援軍交纏中，已經損耗了接近百分之四十的兵力。
現在整個太平軍隻生下三千多人左右，其中由迅猛龍機甲組成的機動隊，不到50台。
如果繼續與清軍糾纏下去，恐怕最後會被磨掉最後一兵一卒，在楊秀清的提議下，洪秀全下令，全軍立即向易守難攻的紫金山撤退。
紫金山在英軍登陸時，曾被英軍占領過，這個時候，清軍還來不及派軍駐守，是奪取它的最佳時機。
三千人的大部隊，說多不多，說少也不少，要是一直在一起行動，恐怕遲早會被回過神的清軍圍剿。
幾位年輕的首領經過會議後，決定將三千人的營隊劃分為四個小隊，分別由洪秀全四人領導，從四個方向挺進，最後於紫金山合流。
這時，距離基因化體彈發射還不到三天時間，已經稀釋的毒霧依舊在江寧附近飄蕩，無數生靈包括人類在毫無知覺的情況下，被毒霧侵襲而死。
當日，李義和曾向清政府發出緊急通告，毒霧在蔓延，然而，這些大清的官員，卻因為轄區和職責問題相互推卸責任，最後導致民眾疏散嚴重滯後，數以萬計的人在這場毒霧中犧牲。
他們中有老人，有婦孺，這些老人和婦孺很多都是丈夫被征兵，而留守在家的。
一聽說自己的父母和妻兒被毒霧奪走生命，而自己身後的清政府卻毫無作為，這一陣子不少來自江寧府附近各縣村的士兵相繼嘩變，逃離了清軍大營，投奔太平軍。
與清軍的冷血相比，太平軍雖是被清軍逼迫在撤退，沿途卻沒有放過任何一個需要幫助的普通百姓，太平軍，上至將軍下至小小的通訊兵，全部加入了救人引導群眾疏散和驅散毒霧的隊伍之中。
不知不覺中，等洪秀全他們於紫金山彙合時，大家都嚇了一跳。
原來不到三千人的部隊，在這不到七天的時間裏，陡然增加到了三萬，這三萬士兵之中，有一半是從清軍嘩變前來投奔的，另一半則是半途救下的百姓中，自願加入太平軍的年輕人。
除此之外，由於受到毒霧的襲擊，不得不遠離家園的難民們，比起投奔清政府，他們全部選擇跟在了太平軍後麵，盡管是些老殘婦孺，也有接近10萬人之巨。
為了不影響軍隊的正常運作，行軍過程中，老人們自覺擔負著看管孩子的重任，而年輕的婦女們，她們或許不能上戰場，但毫無疑問，她們是世界上最好的後勤人員。
三萬士兵換下的髒衣服，她們全部包辦下來，在軍隊駐紮休息時，她們就找沿途的河川和小池塘，三五成群地洗著那幾十籮筐的衣服。
不僅如此，三萬士兵們的口中食物，也由她們一手包辦，在軍糧缺乏的時候，她們想盡辦法，將米飯變為饃饃，配合她們辛苦采摘的野菜，寧願自己不吃，也盡可能讓每一位士兵都能飽著肚子。
在撤退過程中，太平軍曾數次遭到清軍的圍追堵截，但都成功擊破敵軍，這一串串勝利的戰果，毫無疑問，與太平軍背後的這群團結一致、無私奉獻的後勤娘子軍有著深切的關係。
紫金山位於南京東郊，又稱鍾山，自古被譽為江南四大名山，有“金陵毓秀”的美譽。它主要有三峰，主峰海拔448.9米，周圍約30公裏，三峰相連形如巨龍，山、水、城渾然一體，雄偉壯麗，氣勢磅礴，古有“鍾山龍蟠，石城虎踞”之稱，早在三國與漢朝就極負盛名。
太平軍，軍民一起約13萬人就駐紮在紫金山之上，在占領紫金山之後，洪秀全下令三萬大軍兵分五路，其中四路開向紫金山四周的炮台駐守，以防清軍來襲，剩下的一路留下鎮守中軍，作為親衛軍。
此外，太平軍將位於紫金山主峰上的靈穀寺作為臨時司令部使用，親衛軍亦駐紮在此。
盤守在紫金山，不知不覺過了數天。
山下已經被從江寧主城內趕來的八旗軍，以及從各地聚集而來的綠營軍（地方軍）所包圍。清軍這邊的統帥正是兩江總督牛鑒，副指揮則是曾經的欽差大臣，現在已經是戴罪之身的伊裏布和耆英，三人因受太平軍叛亂影響，被火冒三丈的道光帝命令帶領大軍去討伐叛軍，如果沒能戰勝，將提頭去見皇帝。