就在當天晚上，香港和九龍同時炮聲大作。入夜時分，香港島方向的夜空已被炮火映紅。李雲經意想不到的慘劇終於發生了，就在這聖誕之夜，日本軍隊迅速地占領了香港。更讓李雲經震驚的是，英國總督居然在重兵壓境的形勢下，掛起了示降的白旗並宣布向日軍無條件投降。
翌日清早，當李雲經看到門前大街到處都是淋漓的鮮血，橫七豎八躺滿了遇害的香港市民屍體時，他氣得雙眼迸火，恨不得衝上大街和那些手持刀槍的日本兵拚個你死我活。莊碧琴在後牢牢把他抱住，百般相勸，方才把他拉進家中。李雲經雖然進了家門，可他氣得臉麵發白，渾身戰抖。突然“哇”地一口，噴出一口熱血，然後他一個踉蹌跌倒在地，就不省人事了。
自此，李雲經病情突然轉重。剛到香港時他隻是不住地咳嗽，那時李雲經對此病並沒有引起注意，隻認為這是感冒的後遺症。但他沒想到這無休止的咳嗽原來可能危及自身的性命，嚴重的時候，甚至可讓他不時咳出血來，最為嚴重的一次，竟然吐出了大半盆鮮血。後來，在莊碧琴和莊靜庵的多次勸說下，李雲經才不得不前往瑪莉教會醫院求醫。醫生的診斷很快就出來了，原來李雲經是得了嚴重的肺病。在當時的中國，肺病曾經被稱為肺癆，一般被視為難以治愈的絕症，即便英國人辦的教會醫院，在當時也難以用藥物加以醫治。所以，當李雲經聽說自己的病被判定死刑後，他的心情忽然變得沉重。日本人占領香港以後，李雲經的病情愈加嚴重起來。雖然病情轉重，但李雲經仍然堅持上班，直到那家商行因戰事緊張而倒閉為止。到了1943年深秋，李雲經的病情越來越嚴重，身體也越來越消瘦，到了臥床不起的程度。
莊碧琴和她兄長莊靜庵為救他一命，在香港和九龍遍請名醫調治。怎奈當時的醫療條件極差，盡管英國醫生進行了多種治療，也難以讓病人膏肓的李雲經起死回生。
在父親住院期間，李嘉誠盡心侍奉，哪怕是刮風下雨，也阻擋不了他去醫院探望和照料父親的孝心。他每天都極早到醫院，逗留到最後時限才肯離去。在父親的病榻前，李嘉誠從未表現出絲毫的哀傷，以免父親掛慮。當父親問他有什麼話要說時，李嘉誠以堅定的眼神望著父親，充滿信心地說：
“你一點也不用擔憂，我絕對不會讓你失望的。”
當年初冬，李雲經已經進入彌留狀態，微細的脈搏，宛若遊絲一般，到了最後，水米幾乎都難以人口。就在李雲經病逝的前一天晚上，他忽然振作起精神來，以沙啞的嗓音召喚身邊的妻子，示意她把兒子叫到床前。李嘉誠當時已經15歲，生得虎頭虎腦。見爸爸氣若遊絲地躺在燈影裏喘息，他竭力忍住不哭。
李雲經無限愛憐地看著兒子，他用於瘦的手輕輕撫摸兒子的前額，好一陣，他才說了一句話：“阿誠，爸對不起你了，這個家就交給你了……”李嘉誠的眼淚終於撲簌簌地滾落而下。他知道父親的話就是對自己的最後叮囑，隻聽李雲經輕聲地說道：“不管什麼時候，你都要記住，做學問才是正理啊。有一天，我希望你能成才，成為一個對國家有用的人才……”
在缺醫少藥的境況下，李雲經於1943年在香港與世長辭。
李雲經身後遺下長子李嘉誠和次子、三子及一個女兒。妻子莊碧琴一個女人開始支撐門戶。李雲經死後，被安葬在香港羅湖邊上的沙嶺墳場。這裏是許多潮州人死後的安葬之地，沿著半山坡，排列著橫七豎八的一座座墳墓，李雲經的墓就建在半山之下。這座墳墓在李嘉誠長大成人以後，先後進行過兩次重建和複修，第一次是1952年，第二次是2006年。第一次修墓時李嘉誠在香港剛剛創業，並在宵箕灣創辦長江塑膠廠，當時他在原來父親土墳的基礎上，重新用水泥澆灌成一個墳墓的穹窿，然後在墳前立下一塊石碑，上刻紅色大字：潮州李公雲經之墓。
1
李雲經在世上的時間不長，從生到死儼然流星掠過天穹，在有生之年沒有留下任何痕跡，更不曾成就驚天動地的大業。可是李雲經的言傳身教卻成就了他的長子——中國現代著名企業家李嘉誠傳奇般的一生。