三日軍焚屍滅跡與萬人坑的形成
大屠殺後第二天，日軍按計劃運來大量的汽油，把屍體集中到山崖底下，焚屍滅跡。據說當時還有不少沒有死的，斷了胳膊，斷了腿，受重傷走不動的，也同死屍堆在一起，澆上汽油焚燒。在平頂山慘案遺址紀念館內，有一具匍匐著向外爬行的男性屍骨，從他的姿態中不難看出受傷後艱難地向外逃生的情景。然而，他也未能逃脫屠殺後焚燒現場的厄運。時間過去這麼久了，他仍然保持著逃生的姿態，在作長久的、無望的努力。
漢奸翻譯於慶級在事件後的五六天，與日本憲兵鐮田光次去了平頂山，他如此描繪了人間地獄般的平頂山村的景況：“各家四壁兀立，屋子幾乎燒光了，院內亂七八糟，小缸打破了，牛馬已經死了，可還拴在食槽上。豬死的到處都是……，在途中看到滿地莊稼還沒有收割，……牲畜與人的屍體開始腐爛，死人豎七橫八，咬牙切齒。衣服和人的皮膚燒得發黑，每個人已經認不出模樣，臭味四溢。平頂山上有一個日本兵把守。鐮田對我說：‘周圍有兵把守，不讓外人去看。如果被看見後泄露出去，就有問題了。’我問他死屍怎麼辦，他說：‘以後再想辦法。原來想用火燒掉，但燒的效果不行。’我問他槍怎麼能把房子打著火呢？他說：‘用燃燒彈打就著火。’”
偽縣總務科長林喜嶽事後“曾親眼看到在栗家溝有一個孕婦，因為火燒而腹部爆裂，胎兒掉在外邊，那種情形是非常淒慘的。……到了平頂山下，日本在鄉軍人、警察、守備隊人擋住，不準上去，沒看見。但看到山溝裏流下來的水都是血沫子。”
日軍對平頂山、千金堡、栗家溝等村進行屠殺與焚燒後，害怕消息傳出，引起輿論的譴責，嚴密封鎖消息和現場。但駭人聽聞的平頂山大屠殺仍然不脛而走，首先在撫順市區引起了巨大的騷動。人們奔走相告，紛紛逃難，礦工更是舉家逃離，撫順南站登車逃難者人山人海，十分擁擠。市街上出現了廉價拍賣金銀首飾，綾羅綢緞，器皿家具，人們以此換取盤纏，準備逃難。據1933年版的《滿蒙年鑒》，1932年9月末，撫順市人口統計，比上月減少1183戶，人口減少5985人。一時社會動蕩，人心不安，影響所及，撫順各炭礦處於停產或半停產狀態，農田裏的莊稼無人看管，無人收割，直接影響了侵華關東軍在經濟、軍事等方麵的利益。
針對屠殺後引起的如此嚴重的後果，日偽當局采取了銷毀罪證與所謂安撫善後的措施。據於慶級供詞：“在平頂山事件二十多天前後，日偽首腦於煤礦會議室召集了一次善後會議。出席人員有川上、小川、日本警察署長、煤礦土地係主任、山下、園田、夏宜、於慶級（以翻譯的身份參加）等。會議由煤礦庶務科長主持。首先他說明會議目的是為了防止真相外傳和安定人心（主要是礦工），其次他提出應當處理的時間時說：大刀隊由於日本守備隊及警察機關的努力，已在撫順縣基本肅清，治安已基本恢複。平頂山的事也應處理等。以後由煤礦提出善後處理意見，經大家討論，確定了以下幾項原則：
1.死屍由煤礦負責處理，埋在犧牲現場。
2.栗家溝由於犧牲過多，剩餘不多，故不建屯。栗家溝的廢址由煤礦處理。
3.經費由煤礦負擔。
4.具體執行（如調查發款）由撫順縣政府處理，並按照以下辦法：
A.沒有犧牲者，隻對損失房屋、牲畜、物品，根據情況賠付。
B.人犧牲一部分，其他房屋、牲畜、物品損失者，除物品按人數賠償外，其他按A項。
C.全部犧牲而有其他家族者，除補發物品賠償外，其他按A項。”（注：於慶級供述資料，存撫順市博物館。）
這次會議的內容主要是銷毀遺跡與所謂安撫善後，安撫工作由偽縣政府負責，銷毀罪證由煤礦負責，偽縣政府協辦。會後，各機關根據會議部署，采取了具體的措施。㈠對屠殺現場再次進行銷毀。據於慶級供詞：第二次焚屍用了三天時間，但對屠場的第二次滅跡處理還未能把罪證徹底消除，於是日軍守備隊調動部分礦工去放炮崩山掩蓋。
礦工韓凱、付少孟參加了放炮崩山，掩蓋屍體的工作。韓凱的外孫張憲春於1972年2月，把韓凱生前的證言整理並提供：“我（韓凱）當時在西露天礦工作，是打眼工。平頂山事件發生後的一天，我到礦上幹活，剛到礦上就看見一個叫田××的鬼子和一個漢奸在一起說什麼，礦上還停著兩輛汽車。那個鬼子看見我們就叫喊起來，讓我們‘統統到那邊幹活’，當時我們也不知道上哪去，就被日本鬼子逼上了車。上車後，日本鬼子拿著上了刺刀的槍押著我們，怕我們跑了。我們的眼睛都被黑布蒙著，什麼也看不見。一下車才知道是到了平頂山。下車後，日本鬼子叫我們去打眼放炮，不去要槍斃，……上山後往下一看，滿溝滿地都是死人。上山後，日本鬼子讓我們每個架打三、四個眼，五個架共放二十多炮。有些地方把死人蓋住了，有些地方沒有蓋上。日本鬼子就讓我們拿鐵鍬埋，一直幹了一整天，……天黑了，我被送回礦上，我的家屬都在礦上等著，……家屬著急了，也不知道是幹什麼去了，就哭天喊地的等候在礦上。”（注：韓凱證言資料，存撫順市博物館。）
付少孟介紹：“平頂山慘案後，小鬼子殺完了人妄圖掩屍滅跡。在慘案後的一天中午十二時，由日本守備隊、煤礦負責放炮的小鬼子，讓我們去放炮，其他的什麼也沒說。我們負責放炮的幾個人被鬼子逼上汽車，到了平頂山。那裏有日本守備隊五個頭目，並有日本兵數人。去的時候不知道是掩埋屍體，因為當時鬼子騙我們說是上班。到山上放炮的時候，我親眼看到一片殘缺不全的屍體，早已被日本人澆上汽油燒得不成樣子，而且也埋了大部分，但還有一些屍體露在外邊，屍體橫七豎八，草都染黑了，氣味腥臭。日本鬼子何等殘忍。當時放炮用電盒子，一共放了六炮，炮眼五米多深，放炮時間共約二十分鍾，把山崖上的土炸下去，把掩埋的不徹底的屍首深埋起來。當年到平頂山放炮的一共四個人，我隻記得一個叫韓凱……他是早上去的，我是中午十二時去的。”（注：付少孟證言資料，存撫順市博物館。）
日軍一方麵著手處理屠殺現場的同時，為了躲避外界輿論的譴責，對栗家溝、平頂山、千金堡等三村製定了偽裝計劃。對於偽裝計劃的實施，偽撫順縣總務科長林喜嶽的證詞補充了內容。林喜嶽是代表偽縣政府參與銷毀罪證的主要負責人，他的供詞在這方麵是很具體的：
“平頂山屠殺事件發生後，夏宜偕外事秘書於慶級同煤礦、憲兵隊、守備隊各方麵商討善後處理方法，以毀滅平頂山事件的實際情況，防止暴行昭著。……因為平頂山屬於煤礦區域內，歸日警管轄，由煤礦負責，以日幣二萬元工費，將平頂山燒毀的牆壁等殘存的遺跡盡數鏟除，不留絲毫痕跡，將所餘磚瓦石塊均推運入廢棄采煤洞內，以充填坑道……為了消滅痕跡，日本守備隊用了三十二桶汽油，把平頂山的屍體全都燒掉，並炸下半壁土山，掩蓋痕跡。同時以守備隊的名義，命令夏縣長，盡速在栗家溝和東西兩個千金堡的廢墟上做成假房子。之後，把那些假房子都拍了照片，企圖表明這三個地方沒有遭受過破壞。”
在憲兵隊翻譯王長春案卷中，林喜嶽的證詞是：“……由奉天派來一個常守臣，和我負責東西千金堡和栗家溝三處，將燒掉的房子用高粱秸蓋上以後照了像，說平頂山村、栗家溝和東西千金堡三個村沒有燒殺。常守臣在撫順住了幾天就回省了，實際就我一個人負責。”
千金堡村民胡明甲對此也有證詞：“日本強盜為了殺人滅跡，將平頂山村全部修平，填上砂土，種上樹籽，到了1933年春天，長出了青草，看上去像青草地一樣。”
針對屠殺後引起的社會不安，人心惶惶，日偽當局采取了所謂安撫善後，力圖蒙蔽民眾，平息輿論。在宣撫活動中，則顛倒黑白，把日軍的一切罪行都嫁禍於義勇軍身上。
在事件後一周左右，1932年9月24日，《盛京時報》登出了《出布告，安定民心》為題的報道：“本月十五日午前一時許，胡匪數百人襲擊楊柏堡等采煤所，當時雖然經擊退，但一時未及遠去，仍盤踞於附近村落。友軍為剿遺匪起見，有忍痛焚毀村莊民房之舉，徹底清源，情非得已。現此事業經告一段落，而一般鄉民，不知真相，難免驚慌。夏縣長有見及此，特出布告，藉以安定人心，茲錄其布告如下……”
出此布告，未見有效，於是10月6日《盛京時報》以《布告災村，限期收獲》為題，又報道了偽撫順縣政府所發出的布告：“……現當五穀告成，應各回本村安心收獲，勿再徘徊歧途，心存觀望。本縣即日委派要員，分赴各災村，插旗設所，招撫難民，各該民等，應至插旗處報道，速速歸來。本省業已電省，請領巨款。為該民等妥為籌食宿方法，俾各存民樓，並由縣限定至本月一日至十日，為登記報道期限，……本縣業經商得友邦各省局，同情援助，此後保障絕無危險。各村民等速即安心各理生業，勿存疑懼，自誤前途。為此布告，仰各凜遵勿違。切切此布。”
布告發出後，日偽當局發起假慈悲，發放了所謂的撫恤金。李晉卿是參加發放救濟金的工作人員之一，據他證詞：“1932年10月，由日偽人員調查平頂山事件後，遇難生存者發放慰問金，經管財務的人石塚將錢裝入口袋封好。當時我無事可做，石塚讓我經手發錢，讓我看過證明書後，核對無誤，把錢發給人家，並在收據上蓋上領款的印章。在我的記憶中，錢口袋不過四十份，錢數不知。”（注：李晉卿證詞資料，存撫順市博物館。）
李晉卿關於錢口袋四十份的發放數額在平頂山事件的幸存者中得到證明。幸存者揚zhan有證明：“據我回憶，到栗廣枝那裏登記的有四十八人，跟我一起跑出來的難友有八人，即高慶雲、小馮、施永貴、趙德中和他的一個孩子、王德富、小賣店老王和我。”張慶芬證明：“聽說當時到千金堡衙門領錢的有四十多人。”田廷秀說：“除我以外，五口人全死了。事後，一個死者給五元，活的給十五元，我領了二十五元，礦務局的一個老頭給辦的。”