戰場隨著鼇拜被殺，清軍好不容易鼓舞起來的士氣，隨之徹底衰竭。
在明軍的全力反攻下，節節敗退的清軍，很快就潰逃了起來。
漢軍都統石廷柱，在亂軍之中，被陳德射殺。
另一名漢軍大將劉之源，則死在了郝搖旗的刀下。
戰後，有一萬餘清軍投降，三幹人被俘，七幹人被殺。
“三軍入城，嚴肅軍紀，救濟百姓，整頓治安。”
在各軍打掃戰場的同時，朱雲飛率領中軍人馬，進入漢中城。
進入城池之後，見到滿目蒼夷，破敗的街道，一個個貧窮饑餓的百姓。
朱雲飛當即下令：“虎大威，立即接管城池，建立粥棚，安頓百姓。”
在漢中安民休整了幾天，朱雲飛留下漢中守備營守備譚旨鎮守漢中。
朱雲飛繼續率軍，西出陽平關，並派出郝搖旗率領左翼騎兵，迅速占領了陳倉關。
與此同時，朱雲飛向武關道的張勇，李過下令。
讓二人率領神武軍，武衛軍進駐藍田關，潼關，對關中長安進行了合圍。
而這個時候，李定國率領安西軍，從成都南下，一路攻占雅州、建昌州、對退往黎溪州的孫可望、艾能奇所部。
進行了窮追猛打，退入黎溪州的孫可望，艾能奇，遭遇連續失敗下。
所部僅剩下萬餘將士，在退無可退的情況下。
不久之後，孫可望、艾能奇在堅守了一月後，於五月五初五端午節當天，在黎溪州開城投降。
這會，已經率軍進駐陳倉關的朱雲飛。
接到李定國的戰報後，並沒有明確做出指示。
“孫可望、艾能奇，依律處置即可，本督堅信律法公平，斷不會冤枉任何一人。”
得到朱雲飛的指示，李定國一時也有些犯難。
雖然他向來與孫可望和艾能奇不和，但畢竟同為張獻忠義子。
也算是有手足之情。
要是處以極刑，難免會被人指責，他為了榮華富貴，用昔日兄弟頭顱邀功情感。
可要是不處置，又會被人詬病。
“李提督，你我是軍人，現在孫可望和艾能奇勢窮投降，那就是犯人。”
“我們何不把他們交給巡撫衙門處置？”
李來亨見李定國犯難，隨即給他出了個主意。
這樣孫可望和艾能奇的死活，那就跟他沒有關係了。
“不錯，李監軍所言有理。”
李定國茅塞頓開，隨即下令派人，把孫可望和艾能奇一行人，送往了成都，交給了巡撫汪兆麟處置。
汪兆麟昔日在張獻忠帳下，可沒少被狂妄跋扈的孫可望羞辱。
收到人犯，當即下令打入大牢，讓有司衙門審訊，最後判了斬立決。
雲貴川三省內亂平定，朱雲飛隨即上書朝廷，加封了王應熊衛太子太保，樊一衡衛太子少保，晉封伯爵。
前往京城授封，黔國公沐天波，被賜姓朱天波，改奉為江陵王。
朝廷隨後下詔，正式任命萬元吉為雲貴川三省總督。
三省總督衙門，設立在重慶府。
同時還任命了揭重熙為三省巡按，加上左都禦史，負責三省監察大員。
巡按府同樣設立在重慶府。
雲貴川三省提督衙門，也設立在重慶府。
李定國擔任三省提督，兼任安西軍提督總兵官。
自此雲貴川三省的中心，圍繞重慶這座城池展開。