朱由檢沒批準，而是好言相勸，慰留一番，同時準許魏忠賢的對食奉聖夫人客氏出宮到私人宅第居住。
同年9月4日，司禮監掌印太監王體乾請求辭職，朱由檢不允。
9月25日，魏忠賢上書請停止建立生祠，朱由檢批準，詔令以前的生祠保留，不再新修，誇魏忠賢不居功自傲。
還是同年9月，閹黨成員上書彈劾閹黨重要成員崔呈秀，讓崔呈秀非常不安，請求回家守孝，朱由檢批準。
崔呈秀走後，魏忠賢成為第二個被彈劾的對象，朝臣、士子紛紛上書彈劾，尤以貢生錢嘉征言辭最激烈，給魏忠賢列了十條滔天大罪。
魏忠賢嚇壞了，跑朱由檢麵前去大哭，朱由檢沒啥反應，可能還有點想笑，隻把彈劾他的奏章讓人誦讀給魏忠賢聽。
在這之後，魏忠賢就以身體不適為由，請求辭職，朱由檢順勢批準。
同年11月，朱由檢在一切準備妥當之後，正式下旨將魏忠賢的罪狀昭告於世，貶魏忠賢到鳳陽祖陵管理香火，客氏送到浣衣局收管。
魏忠賢出京了，人走還不忘裝叉，帶著大量隨從，招搖過市，威風不減。
於是朱由檢下令把魏忠賢逮捕回京，魏忠賢提前從心腹李朝欽那裏得到了消息，兩人痛飲一番後自縊而亡。
這就是朱由檢除掉魏忠賢的全過程，通體沒覺得朱由檢哪裏幹得有多聰明，給人的感受有且隻有一個——樹倒猢猻散！
朱由校這顆大樹倒了，依附他而存在的自然隻能跟著消亡，除非他們能找到新的依靠，但顯然，沒找到。
曾經勢大時得罪的人太多，一朝勢微，樂於踹一腳的人自然也是絡繹不絕。
魏忠賢死後，客氏被杖殺，崔呈秀自縊，隨後，朱由檢召回各地的鎮守太監，平反天啟朝東林黨的冤獄，毀去《三朝要典》，將魏忠賢及其同黨255人定為——逆黨！
魏忠賢和客氏被淩遲戮屍，其黨羽要麼被處死，要麼被削籍，要麼充軍，反正就一句話——撥亂反正！
毀了官員們頭上的懸空利劍，官員們自然是拍手叫好，也因此，朱由檢在當時的口碑非常好，個個誇他天縱英武！
除掉魏忠賢後，朱由檢兢兢業業幹工作，勤奮努力圖中興，試圖挽回明朝的衰落，實現中興偉業。
能誇嗎？自然能誇，誇他勤奮、誇他節儉，除了這倆優點……找不到了！
他很勤奮，每天雞鳴而起，夜分不寐，宮裏從來沒有宴飲、舞樂！
他不僅堅持常朝，而且除了盛暑嚴寒之外，都會去文華殿召見重臣，討論政事。
他從來不懈怠於批閱奏章，往往大半夜還在批閱，甚至淩晨三五點還在下達聖旨。
他的勤奮，可不僅僅是在明朝著稱，就是放眼曆朝曆代，他也算得上最勤快的那一類人。
但方式錯了，再勤奮好像也於事無補，比如對於奏章的錯誤，他跟朱元璋就是兩個極端。
朱元璋看奏章要求大臣們有事說事，盡量精簡，朱由檢不同，他喜歡勾畫錯別字，讓大臣們把字寫對。
這就很迷惑，你一個皇帝，不著眼大臣們的事務敘述，你去追究錯別字……吃太飽了嗎？
更絕的是，在幾位依附魏忠賢的內閣大臣黃立極、施鳳來等人相繼被彈劾去職後，朱由檢居然用抽簽的方式來挑選新的內閣大臣……
炸裂，實在炸裂，這跟傳說中朱元璋投奔義軍前找周德興卜卦有啥區別？主打一個聽天由命是吧？太六了！
這就暴露了崇禎，或者說封建朝代許多皇帝的致命缺點，不會看人、用人。
開國皇帝基本對於世間的規則，各處規章製度都有了解，也深入了解過民間疾苦，知道國家的需求，知道人心複雜。
亡國之君則是生於溫室，從小到大學的就是仁義道德，禮儀製度，對於人心複雜不清楚，對於百姓需要什麼不了解，這就是差別，這就是對比。
苦難不值得歌頌，但是忘記苦難，失去了對於窮困的想象，那是真的壞事。