朝廷的政策在朱棣的掌控下，由內閣、六部協力商定，隨即通過1936處驛站，下發到全國各地，讓地方三司長官照做。
直到洪熙朱高熾上台後，為了答謝楊士奇、楊榮、楊溥等一眾支持者……為他坐過牢的支持者。
於是他給三楊等人加了銜，內閣大學士品級低?沒事，我，朱高熾，讓你們兼領六部尚書銜，這品級不就一下子上來了！
到了宣德朱瞻基時期，內閣進一步完善，天下大大小小的事情，先在通政使司彙總，然後由司禮監呈報給皇帝。
皇帝看過後再交由內閣草擬意見，司禮監負責批閱，最後由六科校對，沒問題的奏章就此下發執行。
此後，經過一百多年的發展，到了萬曆朝，張太嶽為首輔後，大小事務皆入內閣，六部尚書徹底成了擺設。
張居正：什麼首輔?什麼宰相？我都不是，我隻是攝政王！
朱元璋：……淦！(-`ェ´-怒)
趙匡胤@朱元璋：大家快閃，老朱破防了！
嬴政：……還真是遵守祖製的好兒孫啊！
劉邦：怪不得明朝皇帝多才多藝，原來竟如此清閑。
李世民：能玩兩百多年的製度，還是有可取之處的，別光盯著壞處看啊！
劉徹@李世民：喲，這就迫不及待維護朱老四了！
李世民@劉徹：……你放屁！(*≧ｍ≦*)
雍正：原來……李二跟朱老四才是……抱歉，打擾了！
朱棣@雍正：……你大爺，你個補刀狂魔，瞅準機會就要背後給俺一刀是吧？
雍正：嘿嘿嘿，你發現了啊！
朱棣：……特麼……俺＊＊你個＊＊！
言歸正傳！
朱瞻基讓人詬病的第三點，裁撤奴兒幹都司，召回流官。
奴兒幹都司，為明朝在黑龍江下遊設置的管轄黑龍江、烏蘇裏江流域等地的最高地方軍政合一機構。
事情還要從洪武八年說起，這一年，朱元璋在東北地區設置了遼東都指揮使司，簡稱遼東都司，以管轄東北地區。
到洪武二十八年，明朝總兵官周興、莊德等人率軍進駐腦溫江、忽刺溫河、斡朵憐一帶，興建奴兒幹等衛所，派兵駐紮。
永樂七年，明朝決定升奴兒幹衛為奴兒幹都指揮使司，簡稱奴兒幹都司，駐守奴兒幹城，這個曾經的元朝征東元帥府故地。
奴兒幹都司為地方最高一級的軍政合一機構，直接隸屬於明朝中央，明朝在此設立機構的同時，還不斷開通驛道，保證文書傳遞、貢賦糧餉的運輸。
顯然，在朱元璋、朱棣時代，明朝是有拿下東北全境的野心的，且在不斷開拓領地。
永樂九年至宣德八年，太監亦失哈十次受命前往奴兒幹都司巡視，並且修建了永寧寺。
巔峰時的奴兒幹都司，管轄範圍包括：鄂嫩河以東、庫頁島、外興安嶺以南、日本海以北、圖們江上遊，以及黑龍江流域和烏蘇裏江流域等廣大地區。
也就是現在吉林、黑龍江全境，以及內蒙、西俄的一部分地區。
明朝在此設立了許多衛所，其中一百多個是永樂、宣德年間所設，其餘衛所是宣德朝之後設立，萬曆朝，達到384衛，24所。
萬曆後期，東北地區逐漸被努爾哈赤所領導的建州女真吞並、進行統治。
當然，需要說明的是，明朝對於東北的統治方式為羈縻，也就是封賞當地少民領袖為官，讓他們帶著部落子民為明朝守邊。
也就跟明朝西南地區的土司差不多，允許土司世襲，但是朝廷有權征用土司兵馬，要求土司為朝廷效力……當然，東北這些羈縻地區，明朝對他們的統治僅僅限於王朝強大時期。
到後來，萬曆時期統治就失效了，畢竟都造反了，什麼皇帝？不認識！
這跟明朝西南土司完全屬於兩個極端，西南那些土司可是明亡後依舊為朝廷效忠，戰至最後的。
比如秦良玉的石柱白杆兵，土司白再香、雲貴更不用說，永曆小朝廷的大本營就在這地方。