唐代的玄奘法師（公元596—664），在《大唐西域記》卷一裏，有這樣一段記載：“梵衍那國，東西二十餘裏，南北三百餘裏，在雪山中也。人依山穀逐勢邑居，……伽藍數十所，僧徒數千人，宗學小乘說出世部。王城東北山阿有立佛，石像高百四五十尺，金色晃耀，寶飾煥爛。東有伽藍，此國先王之所建也。伽藍東有金俞石釋迦佛立像，高百餘尺，分身別鑄，總合成立。城東十二三裏伽藍中，有佛入涅槃臥像，長千餘尺，其王每此設無遮大會。”玄奘法師所記錄的那兩尊大佛，就是曾被全球關注的阿富汗巴米揚（Bamian）的那兩尊大佛——大的高五十三米，公元五世紀所造；小的三十六米，公元三世紀所造。玄奘法師至此時，這兩尊大佛早已有二百至四年的曆史了。
2001年2月底，阿富汗“神學士政權”（即現在我們所稱的基地組織，伊斯蘭極端恐怖勢力——塔利班（Taliban）。），在基本教義領袖奧瑪爾（MohammedOmar）的推促下，命令摧毀全境所有佛像，包括首府喀布爾博物館裏的收藏亦不赦免，於是，這些極其珍貴的千古文物就此毀於一旦，成為人類曆史上的又一重大浩劫。許多人認為，毀佛是一種做給美國人看的泄憤：美國將“神學士政權”設在紐約，用以和聯合國聯絡的辦公室勒令關閉，從而惹火了“神學士政權”的激進派，遂有了這次泄憤之舉。同年9月11日，美國紐約世貿大廈雙子樓遇襲，世界又一次為之震驚。隨後，美國總統布什下令全國進入緊急狀態，在國防部長和五角大樓的建議下，美軍入侵阿富汗，阿富汗戰爭爆發。從此以後，美國開始陷入戰爭的泥潭，而日本更以此為借口不斷擴充自己的軍備，其國內的右翼勢力開始強力反彈，同時台灣當局也借勢而為，**勢力之沉渣再次翻湧而起……世界時局變得愈發複雜，撲朔迷離起來。
其實，位於五角大樓的AWSMND（注：AmericanWarriorSystemresearchcenterofMinistryofNationalDefense，美國國防部戰士係統研究中心）在背後操縱了這一切，所謂“大規模殺傷性武器”就是他們編造的廣為人知的謊言。在魔童島事件後，AWSMND一直傾力於改進後的基因戰士的實戰運用，他們通過獲取的幸存數據，進一步強化了其秘密組織SCS的十位使徒，其中一個使徒因為很好地融合了Louis的改造顯性基因，被秘密派往中國大陸尋找Lydia和Boss的下落。這個使徒便是十二使徒之首——Alfreid。
他的這次行動代號為“AppleOfSodom”。Sodom，位於死海附近的一座城市，傳說其地生產一種奇特的蘋果，外型極其誘人，然而一旦摘取下來，便化為灰燼無影無蹤。AppleOfSodom，固被喻為人類的“失望之源”。
我們的故事，就從這裏開始了。
2001年2月17日，又是一個比較寒冷的冬日。阿富汗巴米揚山區的一個小村落裏，21歲的哈辛正隨著父親穆罕默德·阿傑姆幹著些雜活。冷風吹起陣陣沙石，讓這個本來就安靜閉塞的小村莊顯得更加蕭瑟。阿富汗位於中亞南部，為內陸國。北與土庫曼斯坦、烏茲別克斯坦和塔吉克斯坦為鄰，東北同中國接壤，東和東南與巴基斯坦毗，西與伊朗交界；屬大陸性氣候，夏季炎熱，冬季則幹燥寒冷。而巴米揚作為一個小鎮來說，現在的寒冬著實讓人難以忍受。當哈辛把醃製用的瓦罐全部整理好時，父親已經把泥磚砌成的儲藏室打掃幹淨。這時，一個相貌猥瑣的青年來到了老阿傑姆的跟前，哈辛知道，這家夥是個走私販子，叫薩耶拉，專門收集佛像之類的文物拿去靠巴基斯坦邊境的黑市倒賣，是個極其討厭的家夥。這次來肯定又是為了父親祖傳的佛入涅槃臥像，那是用罕見的白玉精雕細琢的極品佛像，薩耶拉已經垂涎已久了。