高迎祥落網後被立即押送進京，紫禁城內的崇禎皇帝聽聞闖王高迎祥落網，頓時龍顏大悅，為了一吐胸中的惡氣，更為了告慰老朱家的列祖列宗，崇禎皇帝拍板將高迎祥在太廟前千刀萬剮，在京五品以上官員都必須去觀刑。
潁州官員因擒獲高迎祥有功，皆官升一級，而潁州知州吳世濟升任江北巡撫，李煥則升任遊擊將軍，統領江北四鎮官兵。
隨著高迎祥的落網，整個闖軍形勢急轉直下，特別是滁州一戰，闖軍折損嚴重，又沒有了高迎祥這個帶頭大哥鎮場子，各個頭目誰都覺得自己有資格去爭一爭闖軍大頭領這個位置。
外有盧象升這個強敵，再加上內耗嚴重，闖軍被盧象升開始一一剪除，十三家闖軍頭領也就隻剩下張獻忠，羅汝才等寥寥數人而已，當然還有一人異軍突起，那就是闖王高迎祥的外甥李自成，此人接過高迎祥的闖王名號，繼續與盧象升周旋。
隨著盧象升的步步緊逼，再加上西北的洪承疇出關配合，僅剩的幾路賊軍被逼入絕境，眼看就要斬草除根之時，京城出事了。
崇禎九年九月，東北的建奴繞過山海關，借道蒙古從娘子關攻入北京城，北京城再一次陷入建奴的包圍之中。
建奴已經不是第一次攻入北京城，崇禎皇帝也不是第一次當甕中之鱉，所以還是老規矩，召集天下兵馬進京勤王，此時手握重兵的盧象升自然就在被召集的名單之中。
此時此刻，闖賊已然陷入絕境，再加把勁就可徹底肅清闖賊之禍，可天命難違，無奈之下，盧象升隻能放棄繼續追剿闖賊轉而帶兵進京勤王。
作為剛剛升任江北總兵的李煥自然不能在這個時候拖後腿，立即調兵與盧象升一同北上，李煥和盧象升一起配合在宣府大破建奴，為了自己能睡個安穩覺，也為了穩住北方邊關的形勢，崇禎皇帝不願意再讓盧象升返回南方，而是命盧象升擔任宣大總督，負責整頓宣大防線。
盧象升和李煥一同進京，可沒想到最後隻有李煥一人返回南方，二人分別時，盧象升向崇禎皇帝推薦李煥，由李煥返回南方後繼續負責清剿闖賊。
麵對盧象升的請求，崇禎皇帝立即提拔李煥為正一品的平賊將軍，但對於江南剿匪事宜，崇禎皇帝則委派了熊文燦接替盧象升的六省總理，返回南方後的李煥隻能在熊文燦麾下效力。
靠著吹牛逼上位的熊文燦一到任徹底推翻了盧象升的剿匪戰略路線，由以前的斬盡殺絕改為剿撫並用，如果是真的剿撫並用倒也無話可說，可熊文燦是借著剿撫並用的由頭撈銀子。
銀子給到位的闖軍頭目就是撫，銀子沒給到位的闖軍頭目自然就是剿，各路被逼到絕路上的闖軍聽到天底下竟然還有這種好事，自然喜不自勝，紛紛給熊文燦送上白花花的銀子，而熊文燦也是大筆一揮，給張獻忠等闖軍頭領辦理了招撫手續。
看著昔日的闖賊搖身一變成為了和自己一模一樣官兵，江淮地區的剿匪大業功虧一簣，李煥不禁氣的衝到總理府，抽出鞭子想給熊文燦一個教訓，最後因為冒犯上官，李煥差點被罷官，最後是江北巡撫求請方才免遭此劫。
經此一事，李煥徹底在江南官場邊緣化，成了人人避之不及的官場瘟神。
不過是狼終究要吃肉，崇禎十一年，過了幾天安穩日子恢複了些許實力的張獻忠等人脫去官服，重新扯旗造反，當然造反之前還不忘將他給熊文燦送禮的細節公之於眾。
如此一來，熊文燦成了最大的悲劇，不僅丟官罷職，還被錦衣衛鎖拿進京，最後落得個身首異處的下場。
最後江淮局勢眼看無法收拾，崇禎皇帝隻能讓李煥掛帥收拾殘局，李煥和洪承疇一起配合，在函穀關大破闖軍，李自成被殺的隻剩下十幾人，最後逃入商洛山中。
早已見慣了官場黑暗的李煥此時也明白過來，如果沒有了闖賊，那他這個平賊將軍自然也毫無用處，所以養寇為重才是正道，對於商洛山中的李自成，李煥自然也沒有趕盡殺絕。
崇禎十三年，東北的滿清再一次殺入北京城，聽到京師報警，盧象升立即帶兵馳援，可沒想到的是，紫禁城內的崇禎皇帝和首輔楊嗣昌卻想著議和，因為受到楊嗣昌和高起潛的排擠，盧象升僅僅帶著五千人迎敵，最後寡不敵戰死沙場。