同年三月十二日，朝鮮發生宮廷政變。李貴、李適、金自點等人，在仁穆王後和新崛起的南人黨勢力的協助下，召集軍隊在綾陽君的別墅內會合。
當晚，仁穆王後手下在慶雲宮內舉火為號，李倧率領李貴等人以救火為號打入慶雲宮，發動宮廷政變，將李琿綁縛，押到仁穆王後麵前接受訓斥，然後宣布廢黜其王位。
此次政變，史稱為“仁祖反正”。
宮廷政變後的第二天，即三月十三日晨，二十八歲的綾陽君李倧即位於慶雲宮之別堂，是為朝鮮李朝仁祖。
朝鮮仁祖李倧，字和伯，號鬆窓。李氏朝鮮第十六代君主，廟號仁祖，諡號憲文烈武明肅純孝大王。
令本人稍稍有些疑惑的是，朝鮮仁祖的得登大寶，幾於篡位。而史書也未見李倧如何請求大明王朝的冊封，也未表明大明王朝熹宗皇帝陛下朱由校，對於李倧幾近篡位的行為是如何的反應，這實在是不可捉摸之處。
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不管是“得位不正”，還是涉嫌“篡位”，對於外敵的入侵，後來的仁祖也與前任、或者與朝鮮曆任國王有著一脈相承的“行為規範”——在得到後金大軍南下、定州失守的消息，仁祖驚恐萬狀。他的第一個反應，就是將後妃送到江華島避難，以為自己下一步的行動準備好了歸宿。
有這樣的“主子”，“臣下”是如何的表現也就不難猜測了。
朝鮮將士無心戀戰，幾乎一觸即潰。阿敏所部乘勝前進，勢如破竹，很快就先後攻占了安州、平壤，至中和乃停止前進，安營紮寨下來。因為，此時仁祖也已經循著老婆孩子的足跡，逃往了江華島，並命使臣到後金營中投書求和。
雙方經過一個多月的談判，朝鮮迫於後金的軍事壓力，基本上答應了後金提出的入質納貢、去明年號、結盟宣、約為兄弟之國等要求，惟有永絕明朝一條不同意。
最後阿敏讓步，向朝鮮表示“不必強要”。同年三月初三，仁祖率領群臣和後金代表南木太等八大臣在江華島焚書盟誓。雖然阿敏在盟誓上署名了，但是對朝鮮誓文不滿意，便令八旗將士分兵擄掠三日，使朝鮮京畿道海邊一帶“盡成空壤”。
隨後後金撤軍到平壤，就奉皇太極命令不再後撤，揚言“大同江以西，不可複還”，又逼迫朝鮮簽訂了平壤誓約，其中包括在中江、會寧開市、索還後金逃人、追增貢物等等條款和事宜。
這次後金的入侵，在朝鮮曆史上被稱為“丁卯胡亂”或者“丁卯虜亂”。
丁卯胡亂之後，後金和朝鮮雖然“約為兄弟”，但這種盟約肯定不會那麼的“和睦”。本來嘛，這種刀槍威逼之下達成的所謂“盟誓”，向來就沒有和睦的可能。