倭寇入侵朝鮮之後的暴行，肯定會激起朝鮮民眾的激烈反抗。因此，在同一時期，倭寇的困境更甚於明軍。孤軍深入的加藤清正部在明軍攻克平壤的形勢逼迫下，被迫於二月底撤退到京城駐防。而由於天氣逐漸轉冷和義兵活動進一步活躍，再加上倭寇戰線過長，給養問題因為運輸困難的一再加劇而越來越難以解決，同時士兵死逃亡事件也不斷發生。
倭寇將領伊達政宗在其給母親的信中說：“在這個國家裏，人們由於水土不服，死亡相繼。”
由此可知，倭寇的減員情況極大，而且很大一部分是屬於非戰鬥減員。
初入朝鮮時，倭寇數量為九萬六千餘人，當各隊重新集結於京城時，隻有不到五萬三千人，減員四萬三千餘人，占總數的百分之四十五。
平壤戰役之後，小西行長減員一萬一千三百餘名，隻餘六千六百人，減員近三分之二。
倭寇部隊的嚴重減員，使倭寇將領和士兵都逐漸產生了厭戰情緒，甚至連極端主戰派的加藤清正，在鹹鏡道時也接見了宋應昌派去要求釋放朝鮮國二王子的使者，並約定回京城後再行接觸。
當集結於京城的倭寇將領向豐臣秀吉彙報了倭寇的困境後，豐臣秀吉被迫作出自漢城撤退，鞏固沿海根據地，並自蔚山經東萊至巨濟島一線，修築十八城堡以作久留之計。同時，準許其部下與明軍進行議和交涉。
到了此時，朝鮮倭亂實際上已經結束。
萬曆二十一年，日本撤出漢城，退守釜山，並將虜獲的臨海君和順和君兩位王子送還，倭亂暫時告一段落。
倭亂是結束了，可另一場續統之爭卻才剛剛開始。
萬曆二十三年，因為在倭亂中的優異表現，朝鮮宣祖冊封光海君李琿為世子，並上表大明朝廷請求批準。
而大明王朝的答複是：“繼統大義，長幼定分，不宜僭差”……這意思表達的就非常明確了——就是不許。
本來像這樣的事情，隻要不影響一直以來的宗屬關係，大明王朝一般是不會擅加否定的。而朝鮮本來也是走“程序”的成分更大一些。隻要得到父王的認同，光海君李琿認為自己繼承王位恐怕已經是板上釘釘的事情。
沒想到大明朝廷竟然不準，而且是那麼的一點兒不留餘地……無論是誰，被這麼生生地剝了麵子，都要有些反應，光海君由是對明朝暗有怨言。
萬曆二十四年、三十三年，朝鮮又先後兩次上表請求易儲。其時大明王朝也正為立儲的事情鬧得雞飛狗跳，遂均不許。
宣祖末年，宣祖仁穆王後已經生有一子（就是永昌大君，一六零六年出生），這是嫡子，身份高貴，即使年齡再小，於國家毫無寸功，可就是憑借著嫡子的身份，一出生就占據了統續的製高點。而宣祖屢次以光海君請為世子，是棄嫡立庶，與儒家宗法觀念不合。