七日正午，李舜臣發現巨濟島玉浦泊有倭寇海軍戰艦五十餘隻，遂率領艦隊直衝倭寇艦隊，雙方隨即在巨濟島附近展開激戰。
由於朝鮮海軍在接戰前發射的“棒火矢”，倭寇艦隻中有二十六艘當場被焚，前來支援的大型艦隻也被擊沉了五艘。
當日激戰至落幕，雙方隻得收兵。第二天再戰，李舜臣所部又擊沉倭寇海軍大型艦九艘，中型艦四艘。倭寇一看，損失過於慘重，若不及時撤離，恐有全軍覆沒之虞，因此隻得倉皇逃竄。
玉浦海戰，是朝鮮軍自倭寇侵入以來的第一次勝利，同時也是倭寇入朝以來的初次失利。
倭寇頗不甘心，加之在玉浦海戰中，朝鮮海軍的秘密武器龜甲艦並沒有投入戰鬥，所以，倭寇感到朝鮮海軍也沒有其他什麼利器，初戰失利，隻不過是因為本方輕視的緣故。因此，倭寇海軍決心與朝鮮海軍再次決戰，以決雌雄。
五月二十九日，李舜臣率領戰艦二十三隻駛向泗川洋麵。倭寇海軍戰艦十三艘與倭寇陸軍炮火聯合進攻朝鮮海軍，雙方炮火十分激烈，戰況也是極為慘烈。
此番戰鬥，倭寇是下了決心要與朝鮮海軍決戰的，因此準備也是非常的充分。李舜臣被迫將龜甲艦投入戰鬥，而他本人也在指揮作戰時左肩負傷。
此戰，日艦十三艘被全部擊沉，而朝鮮海軍則全身而退。
六與初二，李舜臣在唐浦再次與倭寇會戰，日戰艦二十一艘，其中大艦如板屋船者九艘，中小船隻計二十一艘。在倭寇的戰艦中，有一戰艦高達三、四丈，外垂紅羅帳，四麵大書黃字，中間坐一倭寇將領。
李舜臣立即放出龜甲艦直衝大穿，火炮齊發，當場擊毀了該艦。紅羅帳下的倭寇將領立即斃命，其餘戰艦悉被焚毀。
戰爭結束後，從被擊毀的紅羅帳戰艦上，拾得寫有“太閣秀吉”字樣的金團扇，方始知道該倭寇將官為九州大名龜井真矩。
六月五日，李舜臣消滅了加藤部下的海軍戰艦三十三艘，六日與倭寇海軍名將來島通久艦隊交戰，全殲該艦隊，當場擊斃了來島通久。
倭寇海軍的接連慘敗，令倭國上下極為不滿。倭國海軍主將脅板安治立刻趕到倭寇海軍大本營，統率戰艦精銳，尋找李舜臣艦隊，試圖與其決戰。
脅板率領七十艘戰艦為第一隊，九鬼嘉隆率領四十戰艦為第二隊，加藤嘉明率領三十隻戰艦為第三隊，排開陣勢，企圖一戰消滅李舜臣海軍。
七月八日，李舜臣率領朝鮮海軍於巨濟島發現了脅板安治的日海軍第一隊，遂以計誘使日海軍出戰，將脅板艦隊引到閑山島海麵，雙方展開戰鬥。
此一戰，倭寇艦隻被毀三十九隻，脅板安治本人幾乎喪命。
十日，九鬼嘉隆的第二隊和加藤嘉明的第三隊，感到自己的兵力過於分散，很容易被對方分而殲之，於是就將他們所屬的兩支艦隊在加德島合流，試圖合力與李舜臣艦隊作戰。
九鬼嘉隆的旗艦高三層，四周插滿三曾錦旗以避弓矢。李舜臣再次試圖以計將日海軍誘出決戰，但九鬼接受脅板的教訓，不願意離開加德島，隻依山傍水地利用地形與李舜臣遊鬥。