對於李泰的這種態度，李世民也不知道是真沒看出來還是假裝沒看出來，反正他顯得十分感動，為此還特別誇獎了李泰，說他顧念兄弟之情，結果惹的李治等幾個小的都在背後腹誹不已。
李承乾謀反一事證據確鑿，相關人等大都也已經認罪，唯有侯君集軍功卓著，別人不好審問，李世民也念在對方於國有功，所以不想讓他被人審問，所以就親自去見了對方，結果侯君集一開始還死不認罪，直到後來李世民讓賀蘭楚石對他當麵對質，賀蘭楚石是侯君集的女婿，早在之前就已經認罪，而且還主動交待了許多事，相當於後世的汙點證人，所以他這一出麵，這才讓侯君集啞口無言，終於承認參與了謀反之事。
隨著侯君集的認罪，太子謀反案也終於最後定案，再無翻身的可能。最後參與謀反的侯君集、趙節等人全都被處死，漢王李元昌也是參與者之一，但是李世民念在對方是自己的兄弟，所以想要免除他的死罪，但沒想到卻被高士廉和李績等人反對，結果最後被賜死，算是落了個全屍，同時漢王的爵位被收回，全家被貶為庶人。
另外除了這些參與謀反的人外，其它還有相當一部分的東宮屬官根本對謀反之事一無所知，比如張玄素、於誌寧等人，不過他們做為輔佐太子之臣，身負著教導太子的責任，現在太子做出謀反之事，他們也有責任，所以大部分都被貶了官，隻有張玄素等少數幾人因為時常勸諫，所以才被免於處罰。
太子黨羽被清算之後，最後就剩下太子李承乾還沒有被定罪，說起來也有些可笑，謀反的主犯還好好的在東宮裏呆著，可是一幫從犯卻殺的殺貶的貶。之所以出現這種情況，主要還是朝堂上為如何處置李承乾的問題，而吵翻了天，有相當一部分人認為，謀反是罪無可恕，無論什麼人都要被處死，哪怕是太子也不例外。
不過也有一部分大臣認為，太子雖然有謀反之意，但卻並沒有真正謀反，所以可以法外開恩，免除一死，不過太子之位卻是要收回，而且還要給予相應處罰。持這種觀點的人也不在少數，其中以長孫無忌為首，畢竟再怎麼說他也是李承乾的親舅舅，平時雖然不喜歡對方，但這時候卻也不想讓這個外甥身死，否則他妹妹長孫皇後還不知道會有多傷心。
對於這兩種觀點，李世民自然比較傾向於第二種，畢竟他本來就是個護短的人，當初最不喜歡的兒子李佑起兵造反，他也沒殺了對方，現在這個從小就受自己器重的大兒子也犯下相同的過錯，難道就因為他太子的身份，就要被處死嗎？
不過李世民雖然不想處死兒子，但卻又不好明著支持長孫無忌，所以隻好就這麼拖著，最後那些要求處死太子的人也看出這裏麵的玄機，再加上又實在不好再拖著了，所以隻得妥協。最後結果是李承乾的太子之位被廢，並且被貶為庶人。
本來李世民還想故計重施，也把李承乾給送到李恪那裏，但是李承乾畢竟是太子，身份不是李佑可比的，李世民的這個想法一經提出，立刻遭到大部分朝臣的反對，認為廢太子不能離開大唐境內，以免再出什麼事端。不過李世民的腦子轉的倒挺快，直接叫杜荷嚴加看管，杜荷直接對外公布太子被幽禁在一個很秘密的地方。誰也別想找到他。而李承乾已經準備發配到活土匪那裏。
隨著李承乾被發配到西域，整個謀反案也終於落下帷幕，不過這件事雖然結束，卻是另外一件事的真正開端，那就是太子之位究竟該由誰繼承？