東漢的政治組織與西漢基本相同，而稍有損益。光武帝即位後，為緊縮開支而裁減官僚機構，減少官員名額，每年節省俸錢開支以億萬計。
東漢的中央政府，還是以三公九卿組織而成的。但在新皇帝即位之時，則以太傅或太尉錄尚書事，總攬政務。光武躬政，以尚書台總領紀綱，職無不統。禦史台也合並在少府下麵。侍中在西漢本是加官，到東漢設立侍中寺，獻帝時給事黃門也並入侍中寺，成為少府下麵的一個機構。
西漢時，有太師、太傅、太保，稱為上公，而東漢則僅有太傅一人，也稱上公。《東漢會要·職官一》雲：“太傅，上公一人。原注說：掌以善導，無常職。”光武帝以卓茂為太傅，封褒德侯，食邑二千戶，賜幾杖車馬。此後，每當新皇帝即位，輒置太傅錄尚書事，總攬朝政。錄尚書事這一官稱創始於西漢，武帝曾以張子孺為錄尚書事。東漢時趙熹、鄧彪、張禹、馮石、馮魴、桓焉、趙浚等均任錄尚書事，死即除其官。漢靈帝時，以陳蕃為太傅錄尚書事，被殺後，又以胡廣繼任，這是例外。東漢末，董卓曾在長安自尊為太師，位在太傅之上，但死後即除其官稱。太傅有屬吏，據《漢官》記載有長史一人，秩千石，掾屬24人，令史、禦屬22人。
上公之下是三公。東漢以太尉、司徒、司空為三公。光武帝初即位，置大司馬，至建武二十七年（公元51年）才改大司馬為太尉。《後漢書·百官一》載：“太尉，公一人。原注曰：掌四方兵事功課，歲盡即奏其殿最（最，表示政績優異，殿，表示政績下等）而行賞罰。”凡國家有大事，即與司徒、司空共同商議。牟融、徐防均以太尉錄尚書事，與太傅參決政事。這說明太尉除主兵政外，也兼管民政。太尉分領太常、衛尉、光錄三卿。其屬吏有長史一人，秩千石，總管各曹事務。諸曹掾、史、屬24人。在諸曹中，西曹主府中官吏的任用；東曹主二千石的遷轉和任用；戶曹主管民戶、祠祀、農桑；奏曹主管奏議；辭曹主管辭訟；法曹主管郵驛日程期限；尉曹主管卒徒轉運事；賊曹主管盜賊；決曹主管刑法；兵曹主管兵事；金曹主管貨幣、鹽鐵；倉曹主管倉穀。此外，還有黃閣，主簿錄省眾事，為閣下諸吏之長。又有令史及禦屬23人，閣下令史掌管儀仗執事；記室令史掌管上章表報書記；門令史主管府門。其餘令史掌管各曹文書。
光武即位，初置大司徒，《漢官儀》說：“王莽時，議以漢無司徒官，故定三公之號曰大司馬、大司徒、大司空。世祖即位，因而不改。”建武二十七年（公元51年），去“大”，稱司徒。《後漢書·百官一》載：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、遜順、謙儉、養生送死之事，則議其製，建其度。凡四方民事功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。”若國家有大事，即與太尉、司空共同商議。司徒主人，掌教化，分領太仆、鴻臚、廷尉三卿。屬吏有長史一人，秩千石。掾屬31人（《漢官目錄》作30人，此據《後漢書·百官一》），令史及禦屬31人。光武帝即位，依武帝故事，置司直，居丞相府，助督錄諸州，建武十八年（公元42年）省置。漢獻帝建安八年（公元203年），複置司直，但不隸屬司徒，掌督中都官，不領諸州事。
司空，公1人。光武即位置大司空，建武二十七年去“大”，為“司空”。《後漢書·百官一》雲：“掌水土事。凡營城起邑，浚溝洫、修墳防之事，則議其利，建其功。凡四方水土功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。”國有大事，則與太尉。司徒共商議。司空主地，分領宗正、少府、司農三卿。獻帝建安十三年（公元208年），改司空為禦史大夫，職如司空，不領侍禦史。其屬吏有長史1人、掾屬29人、令史及禦屬42人。
東漢初年，征拜三公多是知名經師，當時皇帝勤於政事，好明察，僅以尚書協助自己處理政務，不以實權交給三公。並且對僅有考課任務的三公，還課其殿最，往往以小過而免退之。例如宋弘為大司空，在位五年，因考核上黨太守無所依據而坐免官。伏湛行大司徒事，以冬祭高廟，因河南尹與司隸校尉在廟中爭論，而湛不舉奏，坐免官。趙熹為太尉，明帝永元三年（公元60年），以考核中山相薛修事不實，坐免官。馮魴為司空，永平四年（公元61年）以考核隴西太守鄧融事，聽任奸吏所為，坐免官。更有甚者，至於詰責誅斥，例如韓歆為司徒，因好直言，無所隱諱，光武帝不能容忍，把他免官，遣歸鄉裏，並下詔責之。韓歆惶恐不安，與其子嬰皆自殺。其後歐陽歙、戴涉為大司徒，皆以罪下獄死。
西漢時，以太常、光祿勳、衛尉、太仆、大鴻臚、宗正、大司農、少府為九卿。光武即位，沿西漢舊製，也置九卿。其所職掌，也與西漢略同，隻是機構的裁並，屬官的精簡，有異於前。此外，東漢的九卿，分別隸屬於三公。《通考·職官考》說：
太常、光祿勳、衛尉三卿，並太尉所部；太仆、廷尉、大鴻臚三卿，並司徒所部；宗正、大司農、少府三卿，並司空所部。
東漢九卿之長均加“卿”字，其秩皆中二千石。此外，東漢九卿與西漢不同者還有：
（一）“光祿勳”設中郎將（五官中郎將，左中郎將，右中郎將，虎賁中郎將，羽林中郎將。東漢末還有東、北、西、南中郎將）。
（二）“少府”設尚書令一人（秩千石）、尚書仆射一人（秩六百石）、尚書6人（秩六百石）。“尚書”在西漢成帝時，初分四曹：常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹（一說五曹，多一個三公曹），東漢初分為六曹：改常侍曹為吏曹，又把主客曹分為“南主客曹”與“北主客曹”。“尚書”又設左右丞2人（秩四百石），《後漢書·百官三》載：“掌錄文書期會，左丞主吏民章報及騶伯史。右丞假署印綬，及紙筆墨諸財用庫藏”；侍郎36人，每曹6人（秩四百石），掌作文書起草；令史18人，每曹3人（秩二百石），後增劇曹3人，合為21人。可見尚書組織之龐大。
從表麵上看，東漢的中央職權，似乎是三公、九卿在行使，其實並不如此，實際的權力掌握在尚書台手中，所謂“三公”隻不過是充當傀儡而已，雖然他們分管了九卿，但都不能發號施令。《後漢書·仲長統傳·法誡篇》說：光武皇帝，慍數世之失權，忿強臣之竊命，矯枉過直，政不任下，雖置三公，政歸台閣（即尚書台），自此以來，三公之職，備員而已。
東漢中央官製與西漢官製最突出的區別，就在於尚書台的組織。尚書之官稱創始於秦代。不過在秦時，所謂尚書，隻是少府的屬吏，其任務僅僅主管在朝中傳達詔令，當時皆以文人為之，至漢武帝改尚書為中書，以宦官任之。成帝時，再恢複尚書舊名，尚書的由來雖然已久，但至西漢末，在中央政府中並不重要，隻不過是宮廷收發而已，地位極低。至東漢光武帝，為了推行絕對的獨裁政治，對於自己欽命的三公，也不信任，把國家的大權全部集中到自己手中。為了處理政務，那些侍從左右的尚書，便是他最好的助手。自此以後，尚書的權威日益高漲。《通考·職官考》雲：至後漢，則（尚書）為優重，出納王命，敷奏萬機，蓋政令之所由宣，選舉之所由定，罪賞之所由正，斯乃文昌天府，眾務淵藪，內外所折衷，遠近所稟仰。非常清楚，所謂尚書台，就是皇帝宮廷的辦公廳。