1946年8月23日出生於浙江省餘姚縣橋頭鎮，在家鄉讀完小學。
1957年—1963年，先後就讀於上海新會中學、晉元中學、培進中學至高中畢業。其間，曾獲上海市作文比賽首獎、上海市數學競賽大獎。
1963年考入當年最難考的上海戲劇學院戲劇文學係，但入學後以下鄉參加農業勞動為主。
1966年夏天遇到“**”災難，家破人亡。父親餘學文先生因被檢舉有“錯誤言論”而關押十年，全家八口人經濟來源斷絕；唯一能接濟的叔叔餘誌士先生又被造反派迫害致死。1968年被發配到軍墾農場服勞役，每天從天不亮勞動到天全黑，極端艱苦。
1971年9.13事件後，周恩來總理為搶救教育而布置複課、編教材。從農場回上海後被分配到複旦大學魯迅教材編寫組，但自己擇定的主要任務，是冒險潛入外文書庫獨自編寫《世界戲劇學》，對抗當時的“八個革命樣板戲”。
1976年初，編寫教材被批判為“右傾翻案”，便逃到浙江省奉化縣大橋鎮半山一座封閉的老藏書樓研讀中國古代文獻，直至當年10月“**”結束，下山返回上海。
1977年—1985年投入重建當代文化的學術大潮，陸續出版了《世界戲劇學》《中國戲劇史》《觀眾心理學》《藝術創造學》《Some Observations on the Aesthetics of Primitive Theatre》等一係列學術著作，先後獲全國優秀教材一等獎、上海哲學社會科學著作獎、全國戲劇理論著作獎。其中，獨自在災難時期開始編寫的《世界戲劇學》，出版至今三十餘年仍是全國在這一學科的唯一權威教材，直到2014年一年內還被三家不同的出版社再版。
1985年2月由上海各大學的學術前輩王元化、蔣孔陽、伍蠡甫等資深教授聯名推薦，在沒有擔任過副教授的情況下直接晉升為正教授，是當時全國最年輕的文科正教授。
1986年3月，因國家***在上海戲劇學院舉行的三次民意測驗中均名列第一，被任命為上海戲劇學院副院長、院長，為當時全國最年輕的高校校長。主持工作一年後，即被***教育司表彰為“最有現代管理能力的四名院長”之一。與此同時，又出任上海市谘詢策劃顧問、上海市寫作學會會長、上海市中文專業教授評審組組長兼藝術專業教授評審組組長。被授予“國家級突出貢獻專家”、“上海十大高教精英”等榮譽稱號。
1989年—1991年，幾度婉拒了升任領導職位的征詢，並開始向國家***遞交辭去院長職務的報告。辭職報告先後共遞交了二十三次，終於在1991年7月獲準辭去一切行政職務，包括多種榮譽職務和掛名職務。辭職後，孤身一人從西北高原開始，係統考察中國文化的全部重要遺址。當時確定的考察主題是“穿越百年血淚，尋找千年輝煌”。在考察沿途所寫的“文化大散文”《文化苦旅》《山居筆記》等快速風靡全球華文讀書界，被稱為“印刷量最大的現代華文文學書籍”。他也由此成為國際間最具影響力的華文作家之一。
1991年5月，發表《風雨天一閣》，在全國開啟對曆代圖書收藏壯舉的廣泛關注。
1992年2月開始，先後被多所著名大學聘為榮譽教授或兼職教授，例如複旦大學、上海交通大學、同濟大學、上海大學、中國科技大學、西安交通大學等。
1993年1月，發表《一個王朝的背影》，首次肯定少數民族王朝入主中原的特殊生命力，重新評價康熙皇帝，開啟此後多年“清宮戲”的拍攝熱潮。
1993年3月，發表《流放者的土地》，首次揭露清朝統治集團迫害和流放知識分子的凶殘麵目，並介紹不屈的“流放文化”。
1993年7月，發表《蘇東坡突圍》，刻劃了中國文化史上最可愛、最可親的人格典範，揭示中國知識分子所必然麵臨的一層層來自朝廷和同行的酷烈包圍圈，以及“突圍”的艱難。此文被兩岸三地的報刊廣為轉載。
1993年9月，發表《千年庭院》，首次用散文方式梳理了中國古代最優秀的教學方式——書院文化。
1993年11月，發表《抱愧山西》，首次向海內外係統描述了中國古代最成功的商業奇跡——晉商文化。由於中國傳統文化曆來輕視商業文明，因此，全文一開始就抱持著一種隔代的慚愧心態和追尋心態，為當時正在崛起的經濟熱潮尋得了一個古代範本。此文發表後一時讀者無數，連很多高官也爭相傳誦。
1994年3月，發表《天涯故事》，首次係統地論述沉埋已久的海南島文化的曆史框架，並把海南島文化歸納為“生態文明”和“家園文明”，主張以吸引旅遊為其發展前景。
1994年5月—7月，發表長篇作品《十萬進士》（上、下），首次清理千年科舉製度對中國文化的正麵意義和負麵意義。
1994年9月，發表《遙遠的絕響》，描述魏晉名士對中國文化的震撼性記憶。由於文章格調高尚淒美，一時轟動文壇。
1994年11月，發表《曆史的暗角》，首次清理“小人”在中國文化中的隱形破壞作用，以及古今君子對這個龐大群體的無奈。發表後在兩岸三地引起巨大反響，被公認為“研究中國負麵人格的開山之作”。
1995年4月，應邀為四川都江堰題詞“拜水都江堰，問道青城山”，鐫刻於該地兩處。
1996年1月，應邀為道教勝地茅山題詞“大道巍峨”，鐫刻於該山山壁。
1996年7月，多家媒體經調查共同確認餘秋雨為“全國被盜版最嚴重的寫作人”，他的著作的盜版量大約是正版的十八倍。由此被邀請成為“北京反盜版聯盟”的唯一個人會員，並被聘為“全國掃黃打非督導員（督察證為B027號）”。