永曆十六年十一月，朱慈煊移蹕昆明，複昆明為雲興府，殮永曆帝後衣冠，築陵西山。十二月，朱慈煊於滇京登基，改元昌武，以明年為昌武元年，大赦天下。
又任命各部院堂官，基本搭起了朝廷的架子，但是朱慈煊沒有任命閣臣，而是重開五軍都督府，李定國任天下兵馬都元帥，賜尚方寶劍。以吳三省那嵩功大，加吳三省兵部尚書，封那嵩忠勇侯，有功者人人升賞。清點府庫，得銀四百七十餘萬兩，朱慈煊命各兵人人賞銀十兩，軍官等而加之，一下子便支出上百萬兩，至於士兵能不能拿足十兩，朱慈煊目前還控製不了。
此時，明軍格局已翻天覆地，目前明軍軍頭眾多，隻是名義上受晉王節製，他這個皇帝便舉重若輕起來，隻要不損害這些軍頭的實際利益，他們在明麵上給予了朱慈煊足夠的尊重。加上李定國這個最大股東精忠事君的情況下，朱慈煊逐漸能夠行使皇帝的真正權力。
他任命晉王係官員江國泰為戶部尚書，工部尚書。厚葬總兵高應鳳，封其幼子為益陽侯，其所部士兵，得生者不足二百，無論死生，皆如高總兵所諾，賞銀百兩。複祈三升鹹陽侯，仍領舊部。
各地降卒三萬餘人，除了編入各軍外，征求晉王之意後，揀選精壯三千，以高應鳳殘部為骨幹，組建天子親衛，以沐雲馬延分任左右衛指揮史，除了兵甲全部精良外，李定國還特意撥過來火銃一千門，其中五十門還是購自外夷，專門裝備吳三桂家丁的自生火銃。
滇京光複後，明軍開始按月計餉，月俸每兵一兩六錢，將官不等。如此，土司兵除外，明軍在冊近五萬，月餉達十萬兩。
臘月，貴妃索林卓瑪生大皇子朱和垣，冊封皇貴妃。劃撥無主之地，以供皇貴妃隨行族人耕種安家。
明永曆十六年，清康熙元年末，清廷得知吳三桂兵敗的消息，大為震動。削去吳三桂親王銜，降為平西王，罰俸一年，撤其節製雲貴之權。又令四川總督李國英統川貴贛三省兵馬，剿滅叛軍，擒殺偽帝。占據川東鄂西的夔東義軍，獲得喘息之機，免遭覆滅命運。
昌武元年，散落在雲貴的各路義軍，陸續來投，明軍忙著招兵擴軍，整訓士卒。清軍則轉運糧草輜重，集結兵馬。雙方互不侵犯，進入短暫的停戰，但內心都很清楚，這是暴風雨來臨之前平靜。
明廷也恢複了每日的朝議，禮製如前，所有奏折，軍政相關的一律先送五軍府先議，議出結果後，重大事項送朱慈煊禦批生效，其餘則李定國可以自行處置。因此朱慈煊可以說是相當空閑的。
朱慈煊雖然貴為皇帝，但是和其他穿越者比起來，行動多有不便，那麼多眼睛盯著，連出宮都不容易。即使有些想法，但是如果過於新奇，自己沒有力排眾議的實力，說話不可能管用。這一年多耳濡目染，朱慈煊收獲頗豐，同時也看到軍隊和朝製多有弊端。但是他也明白，製度改革非一朝一夕，更不是大明目前的處境可想的，生死存亡之際，對大明這條破船大刀闊斧的改革隻會加速它的沉沒，更別說他也沒有推行改革的力量。
重建不行，朱慈煊還是決定能夠在細微處修修補補，能讓這艘船晚沉一天也好。