至於文職武官的評定標準製定也是十分必要的。文職武官雖然是武官，但幹的活是文職的活，自然不能用武將的評定之製，但軍事機構做事的要求和政務部門做事的要求還有些不太一樣，現在沿用的文官評定之製也不合適，必須製定新的製度。當然，他為了能夠不對文職武官的工作產生多少負麵影響，變化也不大。
所以不論文職武官還是武將都沒有提出異議，這個考評之製就通過了。
正如他們兄弟所預料的，徐家再次引起眾人的妒忌。你本來就是大明第一勳貴，徐暉祖又是新一代將領中立功最大之人，現在又這麼受皇帝寵信，不妒忌你妒忌誰？
徐暉祖也按照之前的謀劃，正式上奏折，請求準許他辭官。他今年才四十歲，告老自然不太合適，琢磨來琢磨去還是認為用傷病為借口最好，就以之前在伊吾之戰受了傷，一直沒好透，最近又有加重的跡象，難以處理大都督府的差事，所以請求辭官。
允熥接到徐暉祖請求辭官的奏折的時候即有些驚訝，也有本就在預料之中的感覺。說本就在預料之中，是因以徐暉祖之聰明與謹慎，早就該看出徐家有成為眾矢之的的跡象，上折子請求辭官十分正常。
說有些驚訝，是驚訝於他這個時間。他當初本以為回京後徐暉祖就會辭官，還打算挽留他，連挽留的折子草稿都寫好了，但徐暉祖卻並未辭官，之後大都督府的差事理順了，他還是沒有辭官，可現在卻辭官了。
允熥哪裏知曉，徐暉祖確實剛剛返回京城就打算辭官，但一來允熥隨即進行軍事改革，他這時辭官好似對允熥的改革不滿一般（雖然允熥自己並沒有想到）；二來徐膺緒的兩個兒子景珩和景璜也年滿十六歲，可以入衛所曆練了，他還得安排兩個侄子的前程，就沒有辭官。
之後等大都督府的差事理順後他又琢磨起讓徐增壽去南洋之事，想把增壽安排到南洋後再辭官，就又耽誤下來；等找到了將徐增壽調到南洋的合適借口，允熥又交給他製定武官評定之製的差事，他隻能將這個差事辦完後再辭官，也就是這次辭官的時間。
不過不管徐暉祖為何會拖到這個時候才辭官，他此舉都和允熥心意。雖然他打算打造一個貴族統治階層，但這也不是短時間內能實現的，他為了維護自己的統治，現在仍然隻能用傳統皇帝的那一套，不讓軍中隻有一顆將星閃耀，可此時徐暉祖這顆星星比其他人都更加耀眼一些。
所以允熥隻能暫時將他冷落一段時間，等其他的將星也如同他一般閃耀後，再任用他。
當然，作為禮節，徐暉祖的奏折允熥不能馬上批準，要挽留三次，三次之後才批準了他辭官的奏折。
此事在軍中影響不大。在辭官之前徐暉祖已經將此事與親近的武將說過，他們也都明白怎麼回事，不會因此以為徐家失了皇上的信任，有些慌亂的中下級武將也都被安撫好了，沒發生什麼事情；更何況其它勳貴也明白這是徐家以退為進，也不會趁機做什麼，所以相安無事。
見到徐暉祖上奏折以傷病為由辭官，耿炳文也趕忙上奏折辭官，請求在家養病，允熥也照例挽留三次後批準。
隨後允熥任命了新的都督同知。其中一人不出徐暉祖所料是藍珍。藍珍是大明最後一個追封王爺的勳貴藍玉之子，世襲國公，又幾次帶兵出征立功不少，新一代將領中是僅次於徐暉祖之人，擔任都督同知絲毫沒有爭議。
但他任命的另外一個都督同知的人選，卻在大都督府引起了一定爭議。因為他任命了張輔。張輔不論資曆或是功勞都與都督同知這樣的官職有些差距，許多將領都不太滿意，就連張輔自己也十分惶恐，上奏折請辭。
但允熥不僅駁了他的奏折，還將他叫到宮裏說話，讓他寬心做都督同知，不必擔心什麼。