後金破東路明軍，無論在爭取時間上或以智取勝上，都更為驚險和富有傳奇性。
三月二日奴爾哈赤擊敗北路明軍，經過整二日無休息的作戰之後，至此已能輕鬆地對付東南兩路明軍。
三月三日，後金軍休息整頓，奴爾哈赤在尚間崖宰牛祭天，感謝上天恩德，晚上，奴爾哈赤決定自己率騎兵四千防禦都城赫圖阿拉，以備萬一南路明軍乘機反撲，因為都城赫圖阿拉防禦空虛，人心惶恐。
為對付東路明軍，奴爾哈赤先派遣蒙古人部隊，三月三日他已派去兩千人，三月四日又派遣一千人。
三月四日一早，後金軍主力開始撤離尚間崖，至三月五日，後金軍的後衛也已撤離完畢。
三月四日晚，奴爾哈赤抵達赫圖阿拉後，作了一個重要決定，就是再一次集中主要兵力打東路軍，用少部分兵狙擊南路軍的進攻。他命令代善等率領主力前去迎戰東路軍。奴爾哈赤自領四千兵力守都城，防止東路明軍突襲。
從寬甸進攻赫圖阿拉的明軍，距離最為遙遠，在主將劉綎率領下，二月二十九日出發，行軍速度相當緩慢，因為此路山險道狹，荊棘叢生，馬不成列。
至三月七日劉綎已進至深河，連克牛毛寨、馬家寨等十餘寨，深入二百餘裏，軍隊士氣很高，但後勤補給跟不上和朝鮮軍也不積極，養子劉招孫以孤軍乏食請求退兵，劉綎誓不返旌，此外對兩路明軍敗沒的消息一無所知。
劉綎在給楊鎬的塘報上說：斬獲真夷八十五級，生擒夷漢八十八名。
遊擊喬一奇亦稱：夷賊精兵五百餘騎，直逼對山應戰，連誘連退。
當時奴爾哈赤派往部隊為五百騎，其任務是遲滯劉綎軍的進展，其中牛錄額真兩人，兩人當場戰死，當時後金國內空虛，如東路軍兼程急進，可能改變戰局，至少可迫使奴爾哈赤同時兩方應戰。
但是，後勤問題和聯軍失和，導致錯失戰機。
在劉綎浩浩蕩蕩帶領兵馬至阿布達裏岡。
代善率領後金軍，出瓦爾喀什密林，發現了明軍，繼續前進，也被明軍察覺。
明軍迅速布陣，距赫圖阿拉約八十裏，這裏群峰高聳，層巒起伏，林木叢生。
此時明軍果斷的采取防禦，盛陳火器，後金軍攻擊數次，未顯功效。
代善領軍占領東部山崗，從東麵的高山往下衝。又派出側翼部隊抄襲明陣地之西南角。
蒙古部隊則滲入東路明軍的前、後部隊之間遮斷其聯係，至此東路明軍才開始動搖。
隨後，皇太極又攻前路明軍的東北角，最後代善再實施中央突破戰術，將東路明軍前部三麵被圍，東路明軍前部才全麵地潰亂。
明軍主將劉綎戰死，養子劉招孫為救劉綎亦英勇戰死。
後金軍乘勝向南行至富察甸，發現那裏有明軍主力和朝鮮援軍。
這是康應乾所領的一支明軍，代善遂命令他的部下吃了炒麵，馬飲了水，然後即向這些明軍發起了進攻。他們看到明軍執竹竿長槍，身著鎧甲，朝鮮步兵著紙短甲，在富察之野排列一層層的鳥槍和大炮，向後金軍施放。
後金軍舍生忘死向前衝擊，火藥的濃煙與行軍的塵埃把寂靜的曠原弄得雲霧濛濛，但最後天氣幹預，大風突起吹向明軍，火器全部不能使用，東路軍主力被殲，監軍康應乾僅以身免。
此路最後一個戰役是阿敏領後金軍進攻喬一琦所部明兵及朝鮮援兵。這些朝鮮兵看到戰場上流血犧牲的慘狀，想到他們並非心甘情願為明朝作戰，就請求投降了。
代善與諸弟及大臣商議，同意朝鮮領兵的都元帥薑弘立派副元帥金景瑞到後金來投誠。明軍遊擊喬一琦血戰三晝夜，投到朝鮮兵營，未曾想到他們已經和後金站到一起了，朝鮮兵要捉拿他送給後金，這位大明的喬遊擊不肯作戰俘，寫了一個小紙條，托家丁轉交在遼東的兒子，以弓弦自縊，被朝鮮軍官發現救下了他，他又挺身投崖而死。
其餘的明軍都被朝鮮兵執送給了後金，朝鮮軍實際上是不戰而降，至三月初八，東路明軍全軍敗沒。
指揮這場戰爭的楊鎬聽到西北兩路軍傳來的噩耗，他感到這場戰爭沒有勝利的希望，就急命東南兩路軍撤兵。
但命令還沒有到，東路明軍已被後金殲滅，隻有南路明軍的遼東總兵李如柏，天生就謹慎，行動也特別遲緩，接到命令回軍，沿邊趕赴沈陽，兼防開原、鐵嶺，四路之中這是保全完整的一支。
此後，李如柏一直受到指責。
楊鎬兵敗之後立即引咎辭職，朝廷仍姑令策勵供職，極力整頓以圖再舉。
薩爾滸、尚間崖及阿布達裏岡戰事失利消息傳至京師，大明都城米價立即陡漲。
明金第一次決戰，以後金的全勝而結束。這次戰爭，實際是在三個戰場作戰，其中薩爾滸戰役投入的兵力最多，打得最激烈，影響到後來的兩次作戰，所以稱為薩爾滸會戰。
這場戰爭從開始到結束，隻有七天時間，楊鎬率領的九萬多明軍損失超過了一大半，文武將官死了三百多人，這就是曆史上著名的薩爾滸會戰。