趙昺在掌權之初就開始建立自己獨立的情報機構，這十多年來從無到有，從弱到強，也頗具規模。對內基本上已經覆蓋了江南地區的重點州縣，並對要害部門及重點人物進行監控；對外觸角從兩軍對峙的戰場，到蒙元境內的兩個都城已經建立完善的情報網，並開始向軍事重地滲透，對蒙元上至政治動向和兵力調動及政經情況基本上已經能做到適時監控。
同樣蒙元對己方的情報收集工作也未停止，不但利用遺留在江南的部民和舊官獲取情報，也利用逃過打擊和審查的降官向己方的政府機構滲透，且不斷的收買對己方不滿的各階層人士實施破壞活動，同時向江南派遣探子直接參與行動。
據趙昺所知總管兩淮軍政的伯顏就在江北設有一個專門針對宋朝的諜報機關，負責間諜和反間諜事務，事無巨細，都要其先行審閱後才付諸實施。這個機構權力很大，甚至操有生殺大權，可以不經請示便抓捕、審訊和處決中低級官員，權力堪比冷戰時期美國的CIA與FBI的集合。
蒙元派遣到江南的間諜，主要都是從沿江軍事分界線上的漢民中招募，另外被擄掠到江北的驅口也是重要來源之一，這些人本就是宋人，從口音、行止及生活習慣與當地人無異，又在這個信息傳遞緩慢和戰爭剛剛結束的混亂時期，實在難以一一加以甄別，很容易以流民的身份重新獲得戶籍，甚至分得土地潛伏下來。從而通過募兵和科舉混進軍隊和官府。
另外蒙元派遣的間諜為了方便他們活動，自然都要以各種身份作為掩護，其中比較常用的身份，就是商人和僧人兩種。當下蒙元兩國雖然沒有在邊境線上設置榷場進行交易，但是並沒有禁止蕃商通過海上入境參與跨境貿易。這便給蒙元派遣諜報人員提供了可能，尤其是他們可以利用附屬於他們的高麗海商充當探子，他們可以堂而皇之地在江南收集情報。
喬裝成僧人的蒙元間諜往往以“出家人雲遊四海”的名義在宋朝境內活動，或者到江南寺院或道觀出家後潛伏下來搜集情報。對此趙昺沒有什麼好辦法，隻能令寺院和道觀對新近收留的宗教人士進行詳細登記，報與主管部門，並知會當地官府。
這些蒙元情報人員不但會將收集的軍事情報傳遞回國，還會重金購買己方官僚文人的詩賦政論，通過解讀以獲取情報，了解宋朝的政治動向。而京城中的各種公開發行的小報也是他們重點收集的對象，裏邊不僅有民間的瑣事，也有朝廷發布的政令及官員發表的觀點，從中自然能夠收集到所需的情報。即便在當代，許多國家的高級間諜也不會通過打打殺殺去竊取情報，而是隻需翻翻報紙，看看新聞就能夠從中找到想要的東西。
除了這些方式，酒樓茶館及青樓瓦肆，驛館碼頭這些人員出入頻繁之地，也往往是信息交換的場所，隻要留心一樣能從隻言片語中獲得有用的信息，自然也是探子們經常出入之地。而與現代一樣，那些打著外交使團入境的使者也往往肩負著收集情報的責任，也是其進行情報活動的幌子之一。
雖然宋朝在反間諜方麵通過種種方式嚴防死守，限製外來人員的活動，但是並不能完全斷絕敵方間諜的活動。即便有長江險阻也不能完全阻斷他們的往來，畢竟數千裏的江岸上不可能時時有人監視，這個任務在現代也是難以做到的。而蕃商雖然被限製在某些城市中進行交易，可來自各地的本土商人同樣可以為他們帶來想要的消息。
所以趙昺隻能通過對軍隊進行教育的同時，還以嚴格的紀律進行約束，並在軍中建立專門機構實施反製。而政府部門則是利用嚴格的準入製度，對進入核心部門的人員盡心審核，背景不明的人員是無法進入的，且重點人元也會受到事務局的監控。
最難以保證不泄密的還是軍器監和將作監兩個掌握著火器生產和研發的機構，出於人性化的考慮，趙昺沒有像過去一樣對工匠們進行囚禁式的管理。而兩個機構有工匠已經隨著軍隊的擴張，在其中工作掌握一定機密的人接近二萬人，外圍協作人員更多。