劉恒除了用拉攏的手段鞏固自己的權勢外，打擊重臣也是他的一項重要措施。
這方麵主要體現在對大功臣周勃的處理上。
周勃因為擁立劉恒有功，每次退朝後，出來時總是很驕橫的樣子，似乎不把新帝放在眼裏。
而劉恒對他更加有禮，經常目送他離去。
有大臣勸說劉恒，不該對周勃這樣重禮，有失君主的身份。
從此，劉恒的神色變得越發嚴肅，而周勃則越來越敬畏。
周勃的屬下及時提醒他：小心功高蓋主，引火燒身。周勃如醍醐灌頂，猛然醒悟。於是辭去了右丞相的職務，漢文帝也很快答應了。
一年後，因為陳平謝世，劉恒任命周勃做丞相，但僅十個月後，他又以列侯應歸封國為借口免除了他的相職。
當時，很多的列侯都住在長安，這給京城的糧食供應增加了很多負擔，所以，劉恒就下詔命，讓列侯們到自己的封國去生活，即使朝廷恩準留在京城，也要將自己的兒子派到封國去。
但很多人找各種各樣的借口留在京城，這使劉恒很生氣，便讓丞相周勃帶頭做表率，免了他的丞相職務。
再後來，有人舉報周勃身披盔甲，懷有謀反之心，劉恒馬上把他抓捕。周勃趕忙通過帝舅薄昭向劉恒說明自己因懼禍才束甲，決無謀反之心的實情。劉恒在重新調查後，沒有發現周勃謀反的事實，便釋放了他。
劉恒知道自己在漢廷並無雄厚的政治基礎，有的宗室認為他是“摘桃派”，僅僅是依靠一批老臣的擁戴而登上皇位的，他所麵臨的是不斷壯大和日益驕橫的諸侯王勢力，所以他首要的任務是采取恩威並施的兩手策略來鞏固皇權。
除了保留舊有的諸侯王之外，漢文帝又立了一批新的諸侯王。同年十二月，立原趙幽王劉友之子劉遂為趙王；徙封原琅邪王劉澤為燕王。後來，又立劉遂之弟劉強為河間王；朱虛侯劉章為城陽王；東牟侯劉興居為濟北王；立皇子劉武為代王，又徙封為淮陽王，後徙封為梁王；劉參為太原王，後徙代王；劉揖為梁王。
翌年正月，劉恒即位三個月後，根據群臣的建議，劉恒立長子劉啟為太子。這樣，自漢高帝以來，預立太子就成為漢家的定製。同月，劉恒立竇氏為皇後。
由於漢初大力推行無為而治，休養生息，對諸侯王勢力的惡性發展起了催化作用。諸侯坐大，開始形成“尾大不掉”之勢，劉恒的即位，使得劉氏宗室內部在皇位繼承問題上產生了尖銳的矛盾。
文帝三年，由於認為劉恒在皇位繼承後的利益分配不均，濟北王劉興居率先發動叛亂，開啟同姓諸侯王武裝反抗漢廷之先例。劉恒立刻派兵鎮壓，叛軍很快土崩瓦解，劉興居被俘自殺。
又三年後，皇弟淮南王劉長又舉起了叛旗。但尚未行動，即被朝廷發覺。劉恒派人傳訊劉長入京，罷去他的王位，將他發配蜀郡。途中，劉長絕食而死。
兩起叛亂雖被平息了，但漢初諸侯王勢力的惡性發展，實際上已成為對抗中央朝廷的分裂勢力。朝廷中一些有識之士，認為到了非從根本上解決不可的時候了。
賈誼就是其中突出的代表。時年28歲的賈誼上《陳政事疏》（《治安策》），提出兩點：第一，親疏不是主要問題，即同姓諸侯王不比異姓王可靠。第二，是強者先反叛，弱者後反叛，在這樣的封國條件下，最後都是要威脅中央集權政權的。賈誼提出解決的辦法就是“眾建諸侯王而少其力”，即分割諸侯王國的勢力，從而達到中央集權的目的。