故事是在火箭隊被RED小智擊敗後，RED小智成為關東地區冠軍神秘消失的三年後。若葉鎮本是一個風平浪靜的日子，但是今天非常不一般。因為外號捉蟲少年光一的假想情敵阿金從若葉鎮研究室空木博士手中領到了火球鼠，在空木博士的幫助下準備踏上神奇寶貝旅行之路實。
阿金的機遇太讓光一羨慕了，火球鼠那可是非常稀有的神奇寶貝，火球鼠不但若葉鎮沒有，附近郊區沒有，甚至吉野市也沒有，光一長這麼大壓根沒見過這隻神奇寶貝。
光一可和什麼都不做，坐等有初始精靈的阿金不同，自己的寵物小精靈來的異常不易。
因為光一沒有初始的寵物小精靈，家裏是種田的，所以根本就沒錢給光一買好的精靈或則是好的精靈球。光一省吃節用買了N個最差的紅白精靈球，因為沒有初始精靈光一根本就抓不到寵物小精靈，所以隻好拚命的抓傳說中最弱小的綠毛蟲，終於有一天光一非常幸運的抓住了一隻綠毛蟲。再通過光一拚命的訓練綠毛蟲，虐待其他的野生綠毛蟲，終於自己的綠毛蟲進化了。光一這些年除了讀書學習神奇寶貝知識外，就是訓練綠毛蟲，和綠毛蟲之後進化的鐵甲蛹，耗費了光一大量的時間和心血。
這天是光一的從鐵甲蛹進化成巴大蝶的日子，而且還學會了念力和催眠粉，實在太幸運了。光一從若葉鎮的郊區剛回來，本來打算好好在自己喜歡的可愛小夥伴琴音麵前好好炫耀一番，打擊打擊阿金。可是剛回來，路過研究所，就從窗戶外看到阿金從空木博士手中拿到一隻神奇寶貝，而且答應空木博士去旅行，幫助空木博士完成研究，實在太幸運了。
另外，阿金居然從空木博士的研究所拿到的是一隻火球鼠，剛好克製自己的巴大蝶，雖然現在是打不過自己的巴大蝶，但是火球鼠進化了，巴大蝶肯定不是對手，到時候自己恐怕永遠隻是一個捉蟲少年了，太可怕了。
光一煩惱了一天，晚上都睡不著覺。長夜漫漫，無心隨眠。若葉鎮的晚上，靜悄悄，走道上空無一人。光一走著走著，不知不覺來到了空木博士的研究所。暗道，“唉……為什麼阿金運氣這麼好，讓博士這麼器重，我隻能做一個默默無聞的捉蟲少年！”
就在這時，一道黑影從研究所的窗戶溜了出來，那黑影興奮的囔囔自語說著。“哈哈，這研究所的防盜措施太弱了，竟然讓我這麼輕易的偷到了裝有神奇寶貝的精靈球！”
“……”光一看到黑影，有些害怕，不過自己擁有巴大蝶，巴大蝶已經不是曾經的鐵甲蛹或者綠毛蟲了，它新學會了念力和催眠粉的能力，可是相當的厲害，就算我是捉蟲少年，也不是普通的捉蟲少年！！！
“嗯？什麼人……”黑影轉身看到一位年紀與自己相仿的少年正目瞪口呆的看著自己，黑影切了一口，拔腿就跑。
“可惡！怎麼見到我就跑，你肯定是小偷吧，休想跑……”光一瘋狂的追了上去，可是若葉鎮這個屁大點的地方一到晚上黑燈瞎火，很快漸漸黑影就快要沒有影子了。光一靈機一動，想到巴大蝶又複眼特性，視力秒殺人類，靠它一定能找到黑影小偷。
“出來吧，巴大蝶！”光一將一直隨身攜帶的形影不移巴大蝶召喚出來，喊道：“巴大蝶，快追上他……”
巴大蝶很機靈的叫了一聲，讓後精確無誤的帶著光一追向黑影，因為黑燈瞎火，黑影沒有手電筒，有也不敢用，所以速度並不是很快。而光一因為有了巴大蝶的帶領，速度不是快了一點點，終於追上了，在一個無人的小樹林旁，黑影退無可退。