自從誇父大羿的事情後，妖族跟巫族勢不兩立，妖族太古天庭有帝俊與東皇太一兩位大能坐陣，巫族除去水之祖巫共工與火之祖巫祝融後，還剩十大祖巫。
正麵剛的話，妖族稍遜一籌的，不過妖族有著兩大寶物，一為帝俊伴生法寶河圖洛書，二是東皇太一的伴生法寶混沌鍾，帝俊從河圖洛書中領悟出混元河圖大陣，東皇太一從混沌鍾中領悟出周天星鬥大陣。
此二陣為妖族天庭的立庭之本，其中還有其他太古洪荒妖神，如：鯤鵬、英招、計蒙、畢方、窮奇、開明、陸吾、饕餮，白澤、飛誕、飛廉、九嬰、呲鐵、商羊、欽原、鬼車等，還有當時不怎麼出名的太古人族，實力可謂是強大的離譜。
女媧氏為妖族之主，可惜已經成為聖人，即使是妖族聖人，也不能逆了天數，隻能旁觀，不能插手。
巫族雖然缺失了兩大祖巫，但是也不弱，有帝江，句芒，蓐收，玄冥，後土，強良，燭九陰，天吳，翕茲，奢比屍這十大祖巫。而在在損失兩大祖巫之前，十二祖巫就已經在演練一種身化盤古的陣法，其名為十二都天神煞大陣，陣成可化盤古真身，實力堪稱一絕。
再加上一些巫族部落首領，除去誇父與大羿這兩大巫，還有其他太古洪荒大巫：九鳳、風伯、雨師、蚩尤、刑天、相柳、於兒、禺虢等等
雖然比起妖族天庭來說，人數少了些，但是實力才是根本，整體來說兩邊的實力都差不多。
因為實力差不了多少，所以雙方都沒有大打出手，都是一些小打小鬧，但這隻是暴風雨前的平靜，小摩擦多了，漸漸就開始發生大摩擦，雙方投入的戰力也越來越強。
在摩擦之間，妖族到處捕殺人族，煉成殺巫劍，再把罪名安在巫族身上，加劇了巫妖兩族的爭鬥。
從小部落衝突，到大部落衝突，再到大巫，妖神出手，死的死，傷的傷，最後終於出動祖巫級別的戰力。
其中，空間之祖巫帝江遭仙道圍攻而殞，巫族剩餘九大祖巫：木之祖巫句芒、金之祖巫蓐收、時間之祖巫燭九陰、雷之祖巫強良、天氣之祖巫奢比屍、風之祖巫天吳、電之祖巫弇茲、雨之祖巫玄冥、土之祖巫後土。
最終九大祖巫帶領大巫殺向妖族天庭，在缺失三大祖巫的情況下，布置十二都天神煞大陣對抗妖族天庭的周天星鬥大陣與河圖洛書大陣。
當時因為雙方前麵的摩擦，導致妖族的周天星鬥大陣不全，結合了東皇太一的功力加上太陽星與太陰星為主星陣眼，又打造了三百六十五杆大周天星辰幡，後打造一萬四千八百杆小周天星辰幡等等，然後將大量的神魔之力結合在一起，最終才能展現出陣法的威力。
可惜當時的妖族天庭已經沒有如此多的人數去完整陣法，所以最後與十二都天神煞大陣同歸於盡，雙方為此死傷殆盡，妖族的鯤鵬祖師看局勢不妙，趁帝俊不注意盜走河圖、洛書，遠遁而去，祖巫中最厲害的玄冥祖巫帶著大巫九鳳殺進天庭，東皇太一攔截，最終與玄冥祖巫同歸於盡。
活下來妖族要麼隱藏起來，如白澤，飛廉，九嬰，要麼歸附玄門，如重明，陸吾歸於道教。由於九鳳乃祖巫強良胞妹，玄冥祖巫巫術後人，巫族殘餘勢力以九鳳為首。
之後，人巫兩族主張以和為貴，不料巫族首領九鳳被顓頊偷襲算計，中了軒轅劍後重傷（也就是妖族捕殺人族煉成的殺巫劍，被玉清淨化怨氣後給了軒轅），逃進了洪荒星空，不知所蹤。
之後蚩尤為首跟軒轅爭奪天地主角，九戰九勝，最後還是九天玄女幫助軒轅大敗蚩尤於逐鹿。大巫刑天不服皇帝，刑天手拿戚，幹，飛上天庭去和皇帝爭個高低。
刑天左手握著青銅方盾，右手拿著大斧，直殺到黃帝的宮前，黃帝見刑天殺過來，頓時大怒，拿起寶劍就和刑天搏鬥起來。兩人從宮內殺到宮外，從天庭殺到凡間，直殺到常羊山旁。
黃帝趁刑天不防，揮劍向刑天的脖子砍去，刑天招架不及，頭顱被斬落下來，落到地上的頭順著坡向常羊山腳下滾去，被斬首的刑天蹲下身子，想找回自己的頭顱。由於失去眼睛，他沒有看見自己的頭就在他身處的常羊山腳下。
黃帝擔心刑天找到頭顱後會恢複原身再和自己交戰，就拿起手中的寶劍向常羊山劈去，常羊山被劈成了兩半，刑天那碩大的頭顱就勢滾進山穀，之後那兩半山又合二為一，把刑天的頭顱埋葬在裏麵。
刑天知道黃帝已經把自己的頭顱埋進山腹，但是他並沒有氣餒。他站起來，依然右手拿斧，左手持盾，向著天空胡亂揮舞。陷入黑暗的刑天暴怒，以兩個**當做眼睛，張開肚臍做嘴，繼續與黃帝搏鬥。最後刑天被魔火燒得魂飛魄散，隻剩肉身。
至此，巫妖兩族退出洪荒天地。