時值日本大正時期。傳說太陽下山後，有惡鬼出沒吃人，亦有獵鬼人斬殺惡鬼、保護人們。
賣炭少年灶門炭治郎，他那平凡而幸福的日常生活，在家人遭到惡鬼襲擊的那一天發生了劇變。母親與四個弟妹慘遭殺害，而與他一起生還的妹妹禰豆子亦異變成凶暴的鬼。
為了為家人報仇雪恨，也為了讓變成鬼的妹妹重新恢複成人類，灶門炭治郎在獵鬼人的指引下，與尚存理性的妹妹踏上了旅途。
經過兩年艱苦的劍技磨練與賭命試煉，灶門炭治郎與妹妹禰豆子，成為了獵鬼人組織的“鬼殺隊”中的一員。
………………
鬼殺隊，是擁有數百名隊員，未被政府認可卻已經存在了許久的古老組織，自古被稱為“獵鬼人”，已經存在了千年之久。
起初“鬼殺隊”是以討伐存活千年以上的鬼之始祖——鬼舞辻無慘為最終目的而成立的組織，千年以來一直在不斷討伐著無慘及其手下的諸鬼，守護著人們的生命安全。
大約400餘年前的戰國時期，在以繼國兄弟為首的一批使用起始呼吸·日之呼吸的劍士的活躍下，鬼殺隊成功將鬼舞辻無慘逼入了絕境。但由於繼國嚴勝中途背叛了鬼殺隊而投靠了無慘，化身為了劍之鬼——“黑死牟”，導致其弟弟繼國緣一不得不令無慘逃脫，而鬼殺隊針對無慘的圍剿計劃也功虧一簣。
雖然令無慘逃脫，但是繼國緣一帶來的呼吸法使得鬼殺隊擁有了一項對付鬼的利器。雖然無法使用日之呼吸，但鬼殺隊的其他柱還是以日之呼吸的原理為基礎，創造了「水」、「雷」、「炎」、「岩」、「風」五大基礎呼吸法。
在此之後，鬼殺隊的成員們又根據這五大基礎呼吸法創造了「花」、「蛇」、「霞」、「戀」、「音」等多種多樣的派生呼吸法。呼吸法的出現使得鬼殺隊的實力大增，並在與鬼的戰爭中逐漸取得了優勢。
在1868年的明治維新之後，因為武士階級被政府取締，武士刀被禁止，且由於組織並未被政府承認，所以鬼殺隊隊員不能再在大庭廣眾之下攜帶日輪刀行動，隻能在暗中完成滅鬼的任務。
鬼殺隊曾多次遇到瀕臨覆滅的危機，因此400多年前流傳下來的許多信息（如斑紋）因此中斷。
組織構成為幹部與一般隊員。
幹部，鬼殺隊高層由產屋敷家族的當主一人，和最高階的“柱”級幹部隊士九人組成。柱合會議是由當主主持的，由全體柱成員一同參加的決策會議，一般重大的事情都會在這個會議上宣布。
一般隊員，分為甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十個階級。新隊員在接受分散各地的培育師訓練後，通過“最終選拔”——在囚禁著鬼的藤襲山待上7日並生還，即可入隊。每名隊員都會配發隊服和日輪刀，並通過會說話的“鎹鴉”進行聯絡以及傳達討伐鬼的任務。
大正時期的鬼殺隊，也就是灶門炭治郎成為鬼殺隊的一屆劍士，鬼殺隊擁有著除最早一批武士外最強的九位柱級劍士。
水柱——富岡義勇
蟲柱——蝴蝶忍
炎柱——煉獄杏壽郎
音柱——宇髄天元
戀柱——甘露寺蜜璃
霞柱——時透無一郎