第二天醒來之後，燕皓重新回到了底城。剛一到底城，他就被希爾科攔住，帶到了試驗基地。交談之後，發現希爾科用人體作生化實驗，二人理念不和，大打出手。但生化體某些單項數據比燕皓還高，他隻能先行逃離。
逃離途中，燕皓忽然發現馬可斯與希爾科同流合汙，在無人巷道狙擊他，重傷之下，燕皓坐船逃離了皮爾特沃夫，來到了下遊的港口，一個叫做守望之海的地方，在這裏，他碰見了張鐵牛和附體鐵牛的阿傑。交談之後，燕皓知道了這現在是阿傑的‘過去’。
但既然阿傑出現了，燕皓就疑惑孫悟空為什麼沒有來。阿傑告訴他孫悟空之所以沒有過來，是因為他體內沒有了命竹，假丹也不被壹號智腦認可，所以孫悟空沒辦法偷渡過來。而阿傑自己可以過來，是因為鐵牛命竹通脈之後，海克斯的力量化作了他的一條主要脈絡。
再之後，燕皓借助未來海克斯科技的力量，以塔利斯家族少主的名義，重新回到了底城，並且成為一名議員。為了完成任務，他把蔚抓過來，處決之時聽從阿傑的意見，讓他成為一名底城執法官，戴罪立功。與此同時，範德爾身死希爾科的實驗室，生化科技被被燕皓連鍋端起，希爾科不知所蹤，場景1-2開啟。
第二階段來臨，兩個阿傑合為一體，提前開啟了超神基因的研究，黑默丁格研究有成，擁有神體之後可以窺見未來，不知所蹤。燕皓和鐵牛學習海克斯理論之後，擁有了數千種海克斯賦予的天賦能力，但這些理論泄露，被某些議員透露給希爾科，再度現身之後他同樣擁有了不凡的能力，場景1-3開啟。
希爾科通過某種能力改變了自身基因，湮沒的王朝恕瑞瑪再度複蘇，皮城和底城大戰變成了兩國之戰。楚小刀原本處於王朝深淵之下，依附希爾科之後改變基因，完全魔化並且時空。阿傑提議用海克斯和百城聯邦壓製心魔的辦法，幫助楚小刀，但效果不大，最後，眾人沒有辦法，隻能將楚小刀殺死，回到了現世。
現世之中，楚小刀精神出現了問題，沒有辦法解決，隻能等到太乙戰院開學。之後，眾人戰院的老師竟然有賀毓秀，他一出手，暫時解決了楚小刀的問題。再之後，眾人知道了所謂的虛擬世界，其實都是真實的，隻不過世界位格比較低。高考之前可以以意識穿越過去，但之後就必須以真實肉身穿越過去，生死危機直線提升。但要保證現實世界安穩正常，就必須把命竹修煉之法傳遍諸天萬界，壹號智腦也會以此作為考核。往後四年裏，燕皓、楚小刀和鐵牛作為鐵三角，穿越了無數世界，突破通脈境畢業。
燕皓突破通脈境之後，金丹大成，掀起了百城聯邦的變革。與此同時，燕騰衝來襲，想要祭拜太乙山祖師，但因為當年內丹魔道，不備允許，由此拉開了一場大戰。太乙宗主和燕騰衝實力強勁，沒人能夠參與到戰鬥中，壹號智腦發現二人戰鬥的餘波對世界破壞力極強，準備製止，關鍵關頭被賀毓秀背刺，無數經曆過的低位格世界全都浮現在天空之中，大恐怖降臨，現實世界被迫與他們融合。