胡斯至馬丁·路德的宗教改革
公教會掌權數百年，在15世紀時，具有自由思想的人士終於發出了反抗的聲音。第一波反抗，是今天捷克的胡斯[2]，他是一個神學院出身的學者，眼看著公教會以出賣“贖罪券”聚斂財富，他提出了質問：審判世人的權力，是在上帝，這一權力並沒有委托給教會，當然更沒有委托給教皇和主教；末日還沒有來臨之前，也不過是人的教士，怎麼有權力預知上帝的判決，而發出免罪的“贖罪券”？而且，上帝的獎懲是按照行為的好壞，怎麼可以拿金錢來代替行為，預先購買上帝的赦免？他的論點——上帝造人，上帝是每個人的神，神和人直接相通，並不需要另外一個人（無論他是教皇還是主教）作為中介——直接地觸怒了教會。當地的主教逮捕了胡斯，要他認罪，否則就處以火刑。胡斯在點燃的火堆上還說：“我沒有犯錯，我的意見都是《聖經》上的教誨。”今天捷克的布拉格廣場上，還有胡斯被焚燒的紀念雕塑。胡斯死了，他提出來的意見卻傳到了各方。
一百年後，馬丁·路德[3]，一個日耳曼教會的教士，也提出同樣的主張，寫了九十五條疑問，張貼在教會的大門口，質問天主公教會的專擅和對教義的扭曲。馬丁·路德的行為，獲得中歐若幹日耳曼封君的支持，從那時起，各地不約而同地掀起了宗教改革。在西歐，以瑞士為基地，先後有茨溫利[4]和加爾文[5]，最後成為勢力龐大的加爾文教派。今天的許多新教教派，其實大多數和加爾文教派有相當的關係。他們主張神和人之間直接交流，經過教會，卻不一定經過任何教士個人。人可以從《聖經》中直接接受神的教訓，甚至神可以直接啟示世人，由世人將這些新的啟示再提醒給其他的世人。加爾文教派和其他新教會，不再隸屬於羅馬的教會，而是以相當民主的方式，成立由教眾支持的地方教會。他們的教士由神學院訓練，終極的權威是《聖經》，而取得教士資格卻必須由已經具有教士資格的若幹教士共同按牧[6]，承認他的教士資格，其情形很像今日大學裏麵的博士考試。另一方麵，馬丁·路德的教派成為一個日耳曼地區的路德會[7]，其組織和基本的教義，其實和公教會並沒有太大的不同，也有主教和總主教，隻不過沒有教皇罷了。
依托王權獨立的英國教會
英國又是另外一個情形，英國的國王亨利八世因為個人行為受到公教會的指責，甚至要將其逐出教會之外。這個所謂“排門律”的處罰，在中古時代是非常嚴重的，因為被處“排門”的人士不僅不再有朋友，甚至連家人都可能不再理睬他。亨利八世作為一個國王，認識到英國孤懸於大西洋之外，教會力量鞭長莫及，而且英國是一個多民族的國家，這些民族百姓多多少少還保持了一些所謂異端的原始信仰，於是，他悍然不理睬教會，在英國自立了一個英國聖公會[8]，由坎特伯雷大主教[9]作宗教領袖，和代表政權的英國王權彼此依存，獨立於公教秩序之外。
在西歐，尤其在法國南方，也有一群反對公教會的人士，他們成立了胡格諾教派[10]，各自以地方教會獨立存在，不再接受公教會的指揮。除了上麵這四五個主要的反公教力量以外，歐洲各地有著各種反對公教的小教派，而且多少都和各地的封建領主相互合作，從天主公教會爭取獨立和自主的權力。