朱棣的無禮舉動引起了群臣的憤怒，戶部侍郎卓敬多次上奏，要求就地解決朱棣，建文帝竟然以燕王是自己的至親為由拒絕了這一正確提議。卓敬氣得跳腳，大叫起來：“楊堅、楊廣兩人難道不是父子嗎？”
但建文帝仍然拒絕了他的提議。
朱棣就這樣在京城逛了一圈，風風光光地回了北平。而齊泰和黃子澄竟然結結實實當了一回看客，平日在地圖上運籌帷幄、決勝千裏的所謂謀略家就是這樣的水平。
當然，建文帝手下並非都是一些如齊泰、黃子澄之類的人，事實證明，他還是有許多得力部下的。
在這場鬥爭中，建文帝並非不堪一擊，他也使用了很多權謀手段，特別是在地下工作方麵，可謂卓有成效。
建文元年初，朱棣派長史葛誠進京城朝見皇帝，其實這個葛誠也是個間諜，他的真實目的是打探消息，但朱棣萬沒有想到的是，此人竟然被策反了，而策反葛誠的正是皇帝本人。
葛誠一到，建文帝便放下架子，以九五之尊對葛誠禮遇有加，估計也親切地詢問了他的家庭收入情況並鼓勵他好好工作之類。葛誠十分感動，皇帝竟然如此看重自己！他一時頭熱，就主動交待了燕王朱棣的種種不法行為和自己的間諜身份。然後他光榮地接受了建文帝地下工作者的稱號，表示回去後一定努力工作，並及時做好情報信息傳遞工作，爭取早日將燕王等人一網打盡。
一顆釘子就這樣紮下了。
如果說葛誠是一個小間諜，那麼下麵要介紹的這位就是超級間諜，更具諷刺意味的是，此人並不知道自己做了間諜。
這個人就是朱棣的老婆、大將軍徐達的女兒。
將門往往無虎子，如常遇春的兒子常茂、李文忠的兒子李景隆都是如此。但事情總有例外，徐達之子徐輝祖就是一個例外。他雖然出生名門，卻從不引以為傲，為人謙虛謹慎，熟知兵法，而且效忠於建文帝。
他利用裙帶關係，走夫人路線，在與他的妹妹聊天時了解到了很多妹夫朱棣學習工作的情況，並通報給了一直以來都對朱棣關懷備至的朱允炆。
就這樣，朱棣的很多絕密情報源源不斷地傳到了朱允炆的耳中。
其實在這條戰線上，朱棣的工作也毫不遜色。他的情報來源比較特殊，主要是由朱允炆身邊的宦官提供的。朱元璋曾經嚴令不允許太監幹政，作為正統繼承人的朱允炆對此自然奉為金科玉律，在他手下的太監個個勞累無比又地位極低，其實太監也是人，也有自己的情感傾向，他們對朱允炆十分不滿卻又無處訴苦。
正在此時，救世主朱棣出現了，他不但積極結交宮中宦官，還不斷送禮給這些誰也瞧不起的人，於是一時之間，燕王慈愛之名在宦官之中流傳開來，大家都甘心為燕王效力。
朱允炆從來沒有正眼看過這些他認為很低賤的人，但他想不到的是，就是這些低賤的人在某種程度上決定了這場鬥爭的勝負。
除了這些太監之外，朱棣還和朝中的兩個人有著十分秘密的關係，此二人可以說是他的王牌間諜，當然不到關鍵時刻，朱棣是不會用上這張王牌的，他要等待最後的時刻到來。
四月，朱棣回到北平後，就向朝廷告病，過了一段時間，病越生越重，居然成了病危。這場病並不是突發的，而是醞釀了相當長的時間。因為在即將到來的五月，朱棣有一件不想做卻又不得不做的事情。
五月，是太祖朱元璋的忌日，按照禮製朱棣應該自己前去京城，但朱棣敏銳地感覺到如果這次再去，可能就回不來了。可是老爹的忌日不去也是不行的，於是他派長子朱高熾及另外兩個兒子朱高煦、朱高燧代他祭拜。一下子派出三個兒子，除了表示自己重視此事外，另一個目的就是告訴朝廷，自己沒有異心。