二是規模小、產業化程度低，仿、改製品種泛濫市場。企業生產規模普遍偏小，缺乏龍頭企業、各自為戰，抵禦市場風險的能力十分有限。製藥企業是一個高技術、高風險、高投入、高回報的產業，而這些小企業用於新藥物的開發研究投入微乎其微，技術附加值極高的新製劑的開發也處於落後狀態。因此，為了生存需要，“進行有限的仿製”便成為許多企業選擇的捷徑。
目前，我國新藥的審批條件是，隻要符合安全、有效的標準就有可能獲得批準，有沒有優勢和特點並不在審批考慮的範圍內，這使每年都會有大量新藥上市，其中仿、改製品種占有很高比例，新藥不“新”。
三是缺乏知識產權保護意識，使“洋中藥”大舉進入華夏國市場。目前。許多中醫藥企業、研發機構和科研工作者不諳專利，缺乏品牌意識，結果導致不少我國科技工作者的發明反而由外國人搶先申請了國際專利，如青蒿素、六神丸、牛黃救心丸等，使“洋中藥”大肆入侵，給我國中醫藥的發展帶來巨大衝擊和經濟損失。
四是缺乏完善的中醫理論、標準和規範。與西醫的“對抗醫學”不同，中醫屬於“平衡醫學”，它是依靠藥物、非藥物療法調整人體機能，達到治療的目的和效果，強調的是整體調理、綜合治療。具有鮮明的個xing特點。但是，一直以來，人們對醫藥療效的認識，普遍是以西醫藥的標準來衡量，國際標準也是按西醫標準製定。目前我國還沒有一個完善的評價中醫藥療效的辦法和指標，實際上是借鑒西醫的評價體係。這不符合中醫的治病機理，也不能充分體現中醫藥的特點和優勢。
要發展中藥一是要保持中醫藥的特se。科技部農村與社會發展司生物技術與醫藥處調研員鄒健強接受記者采訪時說，事實證明，用西方的科學方法。比如還原論來研究天然藥、傳統藥並不太成功。基因組合的研究證明，每個人之間都有個體差異，中醫藥的特點是個xing化的、動態的，特別是複方中藥。倡導對人體機能的整體平衡、綜合調理等，不是簡單的抄襲。把豐富的自然資源和曆史經驗的知識轉變為華夏國發展自己民族醫藥產業的優勢，突出並保持其特se是非常重要的。
二是製訂中醫藥的標準和規範，包括中藥材的生產、質量控製、流通規範。中醫藥學名詞術語的標準化和釋譯規範，中醫藥療效及安全xing評價規範、國家藥典和中藥審評標準等，把中醫藥科學的內涵客觀地表達出來。因為隻有在規範和標準條件下研究、開發出來的產品才具有穩定xing、可靠xing。因此。突出中醫藥特se和優勢的標準化過程十分重要，而如何處理中醫藥個xing化和標準的問題也是醫藥專家必須正視的重要課題。
三是要積極改進中醫藥能夠滿足現代市場需求的行醫方法。中醫已經有2000年的發展曆史，但是，直到今天，中醫藥僅占中國醫療服務市場和中藥產業市場的1%。因此，要提高、改善中醫藥的醫療服務、產業技術水平，以適應現代生活的快節奏。盡管中醫采用獨具特se的“望聞問切”的診斷方法，但現代醫學發展到今天，已經不能隻靠感官。作為一門科學，如果需要被人廣泛認識和掌握，能夠在使用的基礎上總結其規律，把經驗轉化為知識，進而上升為理論指導十分必要。
我國具有豐富的天然藥物資源，然而由於過度開發等原因，一些中藥材資源瀕臨枯竭。中藥行業的發展高度依賴於資源的可持續和合理利用。中藥資源應該在保護的基礎上合理利用，建議從以下幾方麵對中藥資源加以保護：1加強中藥種植的區域規劃，實施中藥資源保護和合理利用工程。以保護瀕危稀缺中藥資源為核心，以中藥優質種源繁育、野生資源的撫育、人工種植養殖技術為重點，充分利用荒山、沙漠，配合退耕還林還草和西部開發的戰略部署，保障中藥資源的可持續利用。2運用高新技術，提高育種水平，開展種子質量評價和研究；發掘新的藥用資源、代用品等資源的綜合利用研究。3加強中藥資源監測和信息采集網絡建設；開展重點中藥品種的全國中藥資源普查。
由於基礎研究薄弱，創新能力和評價體係的缺乏，目前我國還未能建立適合中藥特點的質量控製標準體係。我國中藥技術標準體係不健全，不僅不利於中藥產業本身的發展，也阻礙了中藥的國際化進程。建議從以下幾方麵加以重視提高：1開展對中藥種子標準的研究，填補該領域的空白；加強對種植技術和加工技術的研究，完善中藥材生產技術標準；繼續加強中藥材多指標控製質量標準研究，全麵提高中藥材質量。2加強中藥飲片標準和提取物標準的製定，盡快使中藥的原料與國際接軌；研究國外發展植物藥的模式和策略，研究適合於中醫藥特點的新藥注冊標準和簡化注冊程序。3加強中成藥生產全過程質量保證體係的建設，應用多指標、先進的科學技術和手段開展綜合質量評價體係建設；加強中藥製藥設備和機械的研究，全麵提高適合中藥生產的現代化和自動化水平。4加強中藥質量綜合評價新模式的研究。多角度開展中藥技術標準的設立和完善。5建立適合於中醫藥特點的安全xing評價標準。