奢崇明叛亂被平定的消息傳回京城的時候，已經是十月末了。因為生產力的落後和因製度腐敗導致的社會組織力的低下，此時的信息傳播速度相當緩慢。
十月十六日，奢氏服誅，安氏被手下族侄所殺，餘部皆降。朝廷的對策還沒有商議完，叛亂就已經結束了，雖然有些尷尬，但這是好事。
於是，朝廷的大臣又開始了討論。隻不過對象從如何平叛變成了如何論功行賞以及怎樣平定事情的餘波。
秦良玉加太子太保，族弟秦翼明升任都督同知，賞金五百，各地援川平叛部隊各有封賞，不再詳述。
朝廷的大臣們還沒忘記什麼是重點，論功行賞的事情讓禮部內部討論下就行了。如何處理西南叛亂的餘波才是重點。
雖然奢崇明已經死了，但惡劣的影響仍在繼續。西南的土司響應朝廷號召，率領各地土兵參加平亂的不少，但是也有更多的則是做了牆頭草，在那裏觀望局勢，甚至有一些頭腦不清楚的私底下與奢氏、安氏叛軍暗中溝通，有投效之意。
雖然朝廷天兵銳不可當，僅僅一月就將逆匪拿下，用強大的武力震懾了肖小之輩。但不穩定因素，並沒有因此消失，西南已經恢複了表麵的和平，但空氣中仍然充滿著緊張。許多土官恐懼著朝廷的報複，朝廷也對各地土司的“強則侵寇，弱則卑伏，不侍恩義”不滿已久；表麵上大家推杯換盞、齊聚一堂，慶祝著平叛的勝利，但實際上雙方的狀態是互相防備，劍拔弩張。
奢崇明這個“火星”已經被澆滅了，是西南地區作為“火藥桶”的本質並沒有改變。
內閣對事件處理的案件已放在了西苑昭和殿的桌子上。（沒錯，朱由校在向老祖宗嘉靖皇帝學習，經常在西苑辦公。）朱由校仔細的翻看了一遍。對此有些不滿。
大臣們的建議十分的中規中矩，廢除永寧宣慰司，改為縣製，朝廷派流官治理，其餘參加叛亂的大小土司也是如此，至於其他的牆頭草便當做不知道，冷處理了。
大臣們如此態度是很好理解的。雖然在此次叛亂中叛軍已經攻陷了重慶，震動全蜀，但畢竟與曆史上拉據十餘年不同，僅僅進行了一個月就平定了，寧王都要比他持久，所以還不足以那麼的震動中央。而且好不容易快速的平定了叛亂，已是萬分幸運，哪有道理沒事找事，自找煩惱呢。
每個朝代到了後期，鬱總是偏向於保守的，不再年輕時的激進，大明自然不例外。大臣們都是老成持重的，對於一個帝國來說，穩定足以壓倒一切。但朱由校並不滿意這樣，他並不希望大明在穩定與沉默中走向死亡，它需要的是革新，盡管這需要付出一定的代價，會有很長的一段鎮痛期，但這值得。
“改土歸流”是一項必須完成的事情，這可以說是曆代穿越者與鍵政人士的共識，朱由校也不例外。
“永壽，叫人把這一封函還給內閣送去。”
這是朱由校第一次將內閣的意見發回重擬，他有些緊張，十分好奇內閣的反應。明朝內閣對皇帝“不合理”的詔旨，可以拒絕草擬，封還執奏。皇帝不滿內閣意見發回重擬時，如果內閣認為自己的意見正確，可以拒絕重擬，以原票封進。
從朱由校登基以來，他一直與那個保持著良好的關係。嗯，近一年來內閣還從未對他封還執奏過，還有自己也一直支持著內閣的決定。朱由校並不希望這次意見分歧成為自己與內閣關係轉為惡劣的開端，雖然他並不需要“眾正臨朔”，但也不至於弄得像嘉靖與萬曆那班，君臣互相視為寇仇。
“劉公，這是陛下叫人送來的函。您看看吧！”
建極殿內，被稱作“劉公”的老者站起身來將信封接過，他就是當代內閣首輔劉一燝。看到這是自己送給皇帝的意見，他就明白發生了什麼，皇帝正是年輕氣盛的時候，而且今上並不是一個喜歡守成的君主，他歎了口氣，搖搖頭將紙章扔進了取暖的火爐中。
“劉公，你這是何意？皇上說什麼了？”
身旁的大臣，不知所以。連忙問了起來。
“無妨。咱們再擬一份計劃吧。對於西南子問題，聖上很有主見。”
“那聖上的意思是。”
“還能有什麼呢，一舉盡全功之力，改土歸流！”
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