袁崇煥斬殺毛文龍後，命人用棺材埋了毛文龍。第二天，用肉酒等祭品祭奠他說：“昨天殺你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出於同僚、友人的感情。”並為他落下了淚。接著分撥毛文龍的士兵二萬八千人為四協，任用毛文龍的兒子承祚、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉光祚為首領。收回毛文龍的敕印、尚方寶劍，令繼盛代他掌管。又犒勞軍士，傳檄安撫各島人民，全部廢除了毛文龍的苛政。回到鎮上以後，把毛文龍一事上書報告皇帝，末尾說：“毛文龍作為大將，不是我可以擅自誅殺的，所以我謹席橐待罪。”當時是崇禎二年（1624）五月。莊烈帝突然聽到這個消息，大吃一驚，但想到毛文龍既已死去，當時又靠著袁崇煥，所以就以讚揚的態度下詔書褒獎他。不久又傳旨公開毛文龍的罪行，用以穩定袁崇煥的心；毛文龍埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。袁崇煥又上書說：“毛文龍一介匹夫，不守法竟至於這種程度，是因為海外便於作亂。他的部隊連老帶幼一起算有四萬七千人，假稱十萬，並且中間有很多百姓，兵還不到兩萬，擅自設將領千人。現在不便於再設總帥，就以繼盛代行其事，這樣算來是方便的。”崇禎回答可以。
其實丁酉誌認為：袁崇煥斬殺毛文龍，完全是利益鬧得，後來還成為崇禎殺袁崇煥的一大罪狀之一，袁崇煥斬殺毛文龍之後雖然毛文龍手下的凶兵悍將沒有異動但是肯定心裏不服從後來毛文龍手下的孔有德、耿仲明、尚可喜都降金就可見一斑。估計袁崇煥也知道毛文龍原來的手下並不服從自己，正好自己這個時候跟他保證能運來糧食，便讓自己的心腹大將何可綱，把原來幫毛文龍運糧的淮安水軍交給了自己，一是因為自己好控製沒有根基萬一背叛殺起來也簡單不用報備畢竟自己隻不過是一個村子裏的小小秀才，二來呢萬一自己運會去糧食也能幫他解決一個大問題，三呢，把本來就不服從自己的軍隊弄出去還有可能帶給自己利益而且這個軍隊戰力並不強，原來也是搞運輸為主的所以也不怕他們背叛，就算背叛消滅起來也容易，所以說袁崇煥就是抱著試一試的態度把這支跟雞肋一樣食之無味，棄之可惜以前專門給毛文龍跑運輸的淮安水軍交給了自己，自己能運糧回去最好，運不回去也無傷大雅，實在不行還能以延誤軍機之名把自己砍了都不用動用尚方寶劍的。
雖然這支淮安水軍對袁崇煥來說沒什麼大用但是對丁酉誌卻不異於雪中送碳，天上掉餡餅，隻要自己能夠收服這支水軍讓他們為自己所用，那麼自己所有計劃都可以實施，畢竟自己現在有糧有錢，如果再有了這支水軍那真的是如虎添翼，因此不論多困難自己都必須收服這支水軍。
來到登州府港口淮安水軍營地前的丁酉誌讓人進去通報就說袁督師讓他準備了些禮物來犒賞大軍，並有重要事情需要跟營地長官彙報，因為不清楚淮安水軍的態度，丁酉誌並不敢一上來就大張旗鼓的說是來接收水軍的。