明朝的官員群體暫時被安排得當，大順朝定鼎北京少了些許障礙，從另一個方麵來說甚至還夯實了一些基礎。不過，一個極為棘手的問題擺在了李自成的麵前，那就是：崇禎皇帝朱由檢、周皇後、太子朱慈烺還有一幹皇子公主，都不見了。大順軍的官兵們幾乎把紫禁城翻了個遍，也沒見到這些人的蹤跡。
李自成有些發慌，他知道，隻要朱由檢不死，大明王朝就會在帝國的某一個角落死而複生，重新站起來與新生的大順王朝作對。真到那時，自己這個脫胎於農民起義、夾在明清之間的大順朝到底能維持多久，也許隻有天知道。
“找到了！找到了！”幾個士兵簇擁著兩個太監一路緊跑過來，對著李自成激動地說：“陛下，我們找到大明皇上了！”
李自成剛還在惆悵，猛聽得部下已找到崇禎帝，耐不住內心的喜悅，激動地問：“在哪裏？趕緊帶過來。”
帶頭的兵士連忙應道：“陛下，大明皇上自殺了，燒成了一副黑炭，皇後也燒死了。”
“什麼！”李自成又驚又怒，瞪著一雙虎眼，問旁邊的太監：“你確定那是皇上？”
見李自成這般，太監早已嚇得魂不附體，撲通跪倒在地，一個勁兒地叩頭，顫顫巍巍地回答說：“是的-是的-是陛下-哦，不-是前明皇上和皇後娘娘。”說著，遞給了李自成一道黃絹。
李自成接過黃絹，見兩行字歪歪扭扭地擠在上麵：城破後，任賊殲分朕屍，勿傷百姓一人。
得到內宦的指認，李自成基本可以確定，失火的乾清宮中發現的兩具燒焦的屍體就是崇禎皇帝和他的皇後周氏。按理說，朱由檢死已見屍，對李自成來說毫無疑問是一件大喜事，日後他的大順王朝將免去諸多連綿不斷的麻煩。可是，不知道為什麼，他的心裏就是快樂不起來，還仿佛失去了什麼，空落落的。
入土為安，這是中國人最起碼的認知，即便他是此生最大的對手，即便他們曾經無時無刻不想致對方於死地。對待崇禎帝朱由檢，李自成也是這個想法。他令人將兩具燒焦的屍體抬出自己跟前，突然跪倒在屍身麵前大聲慟哭：“皇上呀！我是無奈起兵，實在是被逼得活不下去。我可是從來沒有想過要推翻大明逼死你啊！即便到了北京，我也是想著做個西北王，替陛下東征西討，平滅滿洲。可是陛下你咋就想不通尋了短見呢！你這樣讓我以何顏麵麵對世人呀！”
眾人見狀，也感受到冥冥的痛楚與傷感。有的人覺著，李自成是個重情重義的漢子，有膽識，有擔當，即便造反十多年甚至攻入了京都，竟然也保留著最樸實的君臣之分。但更多的人認為他是在演戲，演給誰看，演給大明朝的文臣武將們看，演給九門內外的京城百姓們看。不管他出自什麼動機，他還是做到了。
好半晌，李自成才克服了悲痛，在眾人的攙扶下艱難地站了起來。
“李岩，你過來。”由於悲傷過度，李自成說話的聲音有些許哽咽。
見李岩過來，李自成問道：“李岩啊，你是儒士，是咱的智多星，你說，這大明皇上，我們該怎麼辦？”
李岩，河南開封人，崇禎年間舉人，農民軍攻克洛陽後投奔李自成。與那些不通文墨的將領們不同，李岩是大順軍中少有的文士，一路走來，總是能在關鍵的時候為李自成出好點子，為大順軍贏得民心。比如，出了名的“吃他娘喝他娘，開了城門迎闖王，闖王來了不納糧”這首膾炙人口的民謠就是李岩親自編寫傳唱的。毫無疑問，在賦稅沉重的帝國北方，這首民謠的震撼力絲毫不亞於十萬大軍。
對於李岩，李自成有著出奇的信任，對於如何辦理朱由檢後事這樣的大事，當然要問他的意見。
李岩先是對著兩具燒焦的屍體鞠了一躬，轉過頭對李自成說：“古人不得已相互征伐之時，要是敵人的頭領以極其壯烈的方式殉國，都肯定是要厚待的。大明皇上雖然施重賦於人民，但現在已然殉國而去。死者為大，我們應當厚葬他。這是一。天下還有許多忠誠於明的勢力，如果我們對朱由檢處理不當的話，會招致他們的怨恨，恐怕一時間難以將他們收服，關外又有清軍和蒙古鐵騎，一旦南方不服我們，那我們就會陷入南北夾擊的危險當中。相反，如果我們厚葬了朱由檢，前明的文臣武將們將會從中看到我大順的誠意，自然而然地會前來歸降投奔。這是二。打天下靠民心，坐天下更要靠民心。我們在前明皇帝的問題上采取懷柔政策，可以最大限度地爭取京城甚至全國官民的支持，我軍所到之處將如洪水開閘、勢如破竹。這是三。有此三點，希望陛下能夠三思，厚葬前明皇帝皇後。”