黃巢與尚讓收集戰敗的軍隊，渡過長江向東轉移，又去進攻鄂州（武昌），還一度攻進外城。由於朝廷的救兵來到，農民軍繞城而走，轉戰到江西，進攻江西的饒州、信州、杭州、衢州、宣州、歙州、池州等州城。
農民軍在江陵兵敗後，也有幾千人到達浙北，進犯杭州的臨安縣。在此鎮守的錢鏐，采用伏擊與虛張聲勢等戰術，以少勝多擊敗農民軍先頭部隊，隨後又故意在地名為八百裏的地方散布假消息說：“臨安屯兵八百裏”。這意思是說臨安的軍隊分布在八百裏的範圍內。農民軍不知是計，以為八百裏果真都有官軍，就不敢進攻臨安。
高駢作為諸道行營兵馬都統，責任更加重大，他到廣陵後，傳檄征發天下兵馬，得到淮南本地的軍士和各道軍隊共七萬人，朝廷因此也對他很器重。
當農民軍在江西的饒州（鄱陽縣）、信州（上饒市）一帶轉戰時，高駢命大將張璘、梁績渡過長江討伐農民軍。
880年四月，張璘率軍渡江襲擊農民軍將領王重霸，王重霸戰敗，投降了官軍。張璘又率軍屢次襲破黃巢的軍隊，農民軍在交戰中沒有占到優勢，吃了虧，於是黃巢退保饒州。農民軍將領常宏對前途沒有信心，又帶自己的數萬人投降了官軍。
張璘獲勝後，又率官軍乘勝進攻饒州，饒州被攻破，官軍於四月十九日占領饒州城，李罕之、畢師鐸、秦彥、許勍等農民軍的將官紛紛投降淮南的官軍。
此時，已是五月，黃巢率軍駐紮在信州，農民軍中又發生了傳染疫病，導致士氣低落，黃巢也一籌莫展。而北方諸道官軍也已兵臨淮南，準備共同圍剿農民軍。
官軍這邊已被勝利衝昏了頭腦，戰敗草賊的奏報天天都發往京師長安，這其中有很多是假消息。但朝廷百官也懶得辨別真假，都上表向唐僖宗表示祝賀，朝廷覺得農民軍將要被消滅了，似乎已萬事大吉。
黃巢果然能屈能伸，麵對困境，他決定采用緩兵之計，先用重金賄賂張璘，謊稱要投降朝廷。然後再派人送了大量財物賄賂高駢，請求高駢代向朝廷保奏。
高駢也想引誘黃巢投降，這樣他就可以立下大功，因此，高駢為他向朝廷求節鉞冊封。當時，昭義、感化、義武等多道官兵已奉命調至淮南，高駢擔心各路官軍分享其功勞，上奏說：
“陛下，要不了多久，臣就可以平定草賊，不需要再派這麼多官軍了，以免浪費錢財。”
朝廷見形勢一片大好，既然不需要再花費捉襟見肘的財力、物力了，就下詔遣散諸道官軍，讓他們各回原鎮。
黃巢的軍隊經過一段時間修整，軍力開始恢複，又得知諸道唐兵已經北渡淮河離開後，決定與高駢絕交。
黃巢修書一封：“既然我們已經不再打仗，煩請高將軍為我軍提供一批軍事物資，我們友好相處。”但高駢不答應，黃巢就揚言要與高駢大戰。
驕橫的高駢這一次氣急敗壞，到手的鴨子竟然要飛了，他命令張璘立即進攻。可是張璘此前收到了很多賄賂，也認為黃巢已經不是對手了，因此對軍隊放鬆了管理，士氣直線下降。
而黃巢，對這場戰爭則提前做好了準備，以有備之師攻不備之軍。在靈山下的一場大戰，朱溫、葛從周、張歸厚、張歸霸等農民軍將領一起出擊，分路合圍，張璘這員猛將雖然厲害，但好漢架不住人多，農民軍也是憋足了一股怨氣，張璘竟然就此死在了亂軍之中。