總兵方國安和侄兒方元科原先率領兵馬護送弘光帝到蕪湖，朱由崧被俘以後，他們又來到杭州，所部兵馬還有一萬名左右，準備擁立潞王保衛杭州。
沒想到朱常淓已決意降清，在方軍同清軍戰於湧金門下時，朱常淓竟喪心病狂地“以酒食從城上餉滿兵”。方元科等極為憤慨，東渡錢塘江，後來參加擁立魯監國的行列。
六月十四日，清軍不費吹灰之力占領杭州。博洛趁勢派出使者招降浙東各府州和避居這一地區的明藩王。
“時周王寓蕭山，惠王寓會稽，崇王寓錢塘，魯王寓臨海。貝勒遣騎修書，以參、貂等物為贄，邀諸王相見。魯王以道稍遠，辭疾不至。
1645年七月，多爾袞得到潞王朱常淓等投降，江、浙一帶不戰而定的捷報後，認為南方用兵已經基本結束，起自塞北的滿洲兵將又難以忍受江南暑熱，於是他下令多鐸、博洛班師回朝，弘光帝和潞王、惠王、周、崇等藩以及在南京投降的弘光朝廷高官顯爵馬士英、阮大铖、王鐸、錢謙益、趙之龍、徐久爵等都隨軍帶回北京。
南京改為江寧府，任命多羅貝勒勒克德渾為平南大將軍同固山額真葉臣接替多鐸、博洛鎮守該地；同時任命內院大學士洪承疇為“招撫江南各省地方總督軍務兼理糧餉”，會同勒克德渾、葉臣接管江南各地。
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作者有話:
我先想將這一大段的曆史先鋪墊下來，然後細節的再詳細描述，這其中的故事，不是短短的幾言幾句可以概括。
潞王朱常淓的監國由於時間極短，又毫無作為，在南明史上不過是一個小插曲。曆來的史家因為他的政權從未有效行使過權力，注意甚少。
但是，從曆史的因果關係來看，朱常淓的降清仍是一個關鍵問題，值得加以分析。首先，它證明了明朝北京覆亡以後，麕集在南京一帶的官紳為解決繼統問題而展開的立親、立賢的爭執不過是漢族官紳內部的一場權力之爭，“立賢”的對象朱常淓在本質上同朱由崧毫無二致。
其次，弘光政權垮台以後，朱常淓本來是皇位繼承問題上最少爭議的人選，就連不久以後成為隆武皇帝的朱聿鍵當時正在杭州，也擁護他出任監國。如果朱常淓稍有民族氣節，把抗清的旗幟豎起來，即便一時守不住杭州，南方各地的抗清勢力也比較容易形成一個核心。
隻是由於他的降清，才緊接而來出現了朱明宗室的兩個遠派子孫唐王朱聿鍵同魯王朱以海的爭立；在朱聿鍵的隆武政權垮台以後，又爆發了朱聿鍵之弟唐王朱聿x援引“兄終弟及”之義同桂藩朱由榔的爭立。
這兩次爭鬥都嚴重地分散和抵消了南方的抗清力量，給清廷征服全國提供了有利的機會。