刑部侍郎姚思孝、禦史喬可聘、成友謙說：“左良玉稍緩，北尤急，乞無撤江北兵馬，固守淮、揚，控扼穎、壽。”弘光帝也認為江北兵馬不宜調離汛地太多，回答道：“劉良佐兵還宜留江北防守。”
馬士英惟恐左兵至京，自己身家性命難保，氣急敗壞地指著姚思孝等人大罵：“爾輩東林，猶藉口防江，欲縱左逆入犯耶？北兵至，猶可議款，若左逆至，則若輩高官，我君臣獨死耳！臣已調良佐兵過江南矣。寧死北，無死逆。”馬士英明知這時清軍重兵已經進入江蘇北部，卻慫恿弘光帝手詔命督師大學士史可法抽調兵馬過江拱衛南京。
史可法於四月初二日領兵過江，行至草鞋峽時得到報告黃得功等部已擊敗左兵。史可法請求入朝召對，麵見弘光帝說明對社稷的主要威脅來自清方而不是左良玉部，因此在兵力部署上他不讚成從江北抽調大批主力去對付左軍。
馬士英卻耽心史可法名位居前，入朝以後自己的首輔將保不住，加上清軍南下的消息日益緊迫，又建議朝廷下旨：“北兵南向，卿速回料理，不必入朝。”史可法接到詔書後大失所望，登上南京城郊的燕子磯，“南麵八拜，慟哭而返”。南京城中的情況也頗為微妙。在左部叛軍進逼池州，清兵大舉南下的危急關頭，弘光帝發出了“上遊急，則赴上遊；敵急，則禦敵”的旨意，完全處於被動局麵。
馬士英、阮大铖也明白無論集中兵力對付任何一方，南京都有陷落的危險。因此，他們暗中已作了擁兵出逃的準備，馬士英事先任命其次子馬鑾為京營總兵，以貴州兵為主掌握了一部分親信部隊；兵部尚書阮大铖也“晝夜以兵環衛其私室，控弦被鎧，廂房書室中暗為衷甲”。
四月十四日，弘光帝召見大臣時，武英殿大學士王鐸竟然認為馬、阮組織抵禦左兵不力，請求讓他自己“領兵視師上江以遏左兵重敵”。由於“士英不肯謝此兵柄，遲之又二日矣”，王鐸急不可耐，又在十六日上疏說：“臣察得金山一帶西至龍潭，兵不滿七百，樞臣飾以為數十萬，此何時尚以此固寵誑君歟？”接著說：“時不能持久，使左之眾兵得乘勝順流而下，吾無類矣。
今皇上以本兵（即兵部尚書）印纛授臣，臣勉竭死力西上，以當其勢，以報朝廷。”然而，一貫擁兵自重的馬士英和自詡知兵的阮大铖豈肯把兵權拱手讓人？王鐸的自告奮勇也就不了了之。到1645年五月，清軍多鐸部占領南京、蕪湖等地，阿濟格部擊敗大順軍，一直追到江西九江和江北的湖北州縣。
左夢庚部下有總兵十員、兵卒數萬，既不敢迎擊西來的阿濟格軍，又不敢東下與多鐸部交鋒，甚至不願南下江西暫時避開清軍主力，竟於五月十三日在九江至東流的長江中率領部下兵馬向清軍阿濟格部投降。
同左夢庚一道降清的有湖廣巡按禦史黃澍。明朝江督袁繼鹹在左夢庚武力裹脅下變成清方俘虜。他在五月二十日絕筆中寫道：“臣不即死江州，原欲從中挽救，以紓京師之急，幸已還師（指左軍西退），更欲再為聯結，以收桑榆之效。
不意囗（虜）追闖至潯，諸鎮甘負國恩，遣使投降，京師之危若累卵矣。臣在坎困中，不能申包生之義，惟有矢文山之節，以一死報二祖列宗，且不敢負所學也。”六月初三日，袁繼鹹被脅迫往見清英親王阿濟格，長揖不拜，阿濟格極力勸他降清，“仍做九江總督”，遭到斷然拒絕，最後被押解到北京英勇就義。