朱由崧登極詔書頒發到武昌時，他開初不願承認，在湖廣巡撫何騰蛟、巡按黃澍等人的勸說下，才同意開讀，表示擁戴。
然而，他的跋扈自雄卻比在崇禎時期更加明顯了。由於弘光帝主要是依靠馬士英會同黃得功、高傑、劉良佐、劉澤清四鎮擁立的，左良玉沒有參預，算不上定策功臣。
陳子龍記載，“上之立也，不與推戴，心常怏怏。既**荊楚，益桀驁”。朝廷對馬士英的信賴，視四鎮如驕子都引起了他的反感。湖廣巡按禦史黃澍本是個齷齪小人，在左良玉同弘光朝廷之間猜忌日深的情況下，不僅沒有居中調停，反而以左良玉的兵力為後盾，企圖在弘光朝廷中提高自己的地位。
甲申六月十八日，黃澍在弘光朝廷上痛斥馬士英，不過是有恃無恐地借題發揮而已。
到1645年三月，李自成部在清阿濟格軍的追擊下經陝西商洛、河南西部鄧州一帶進入湖北襄陽地區時，左良玉不敢同大順軍主力作戰，又故伎重演，率部順江東竄。
當時南京正為假太子、“童妃”等案件鬧得滿城風雨，馬士英、阮大铖的掌權又在官紳中引起強烈不滿，這就給左良玉提供了避戰東下的借口。
三月二十三日，左良玉偽稱奉先帝太子密諭前往南京救護，以討伐馬士英為名，全軍乘船順江東下。臨行之時，下令把武昌居民屠戮一
空。
弘光朝廷接到上遊督、撫、鎮臣關於左良玉叛變率師東下的報告，大為恐慌，馬士英決定由兵部尚書阮大铖會同靖南侯黃得功、廣昌伯劉良佐以及池口總兵方國安等人組織堵剿。黃得功的軍隊被調到長江以南的太平府（府治在當塗，轄蕪湖、繁昌三縣），劉良佐軍部署於對岸江北。
在清軍南侵，左良玉又順江內犯的形勢下，弘光帝曾經召對群臣，商討對策。刑部侍郎姚思孝、禦史喬可聘、成友謙說：“左良玉稍緩，北尤急，乞無撤江北兵馬，固守淮、揚，控扼穎、壽。”
弘光帝也認為江北兵馬不宜調離汛地太多，回答道：“劉良佐兵還宜留江北防守。”馬士英惟恐左兵至京，自己身家性命難保，氣急敗壞地指著姚思孝等人大罵：“爾輩東林，猶藉口防江，欲縱左逆入犯耶？北兵至，猶可議款，若左逆至，則若輩高官，我君臣獨死耳！臣已調良佐兵過江南矣。寧死北，無死逆。”
馬士英明知這時清軍重兵已經進入江蘇北部，卻慫恿弘光帝手詔命督師大學士史可法抽調兵馬過江拱衛南京。
史可法於四月初二日領兵過江，行至草鞋峽時得到報告黃得功等部已擊敗左兵。史可法請求入朝召對，麵見弘光帝說明對社稷的主要威脅來自清方而不是左良玉部，因此在兵力部署上他不讚成從江北抽調大批主力去對付左軍。馬士英卻耽心史可法名位居前，入朝以後自己的首輔將保不住，加上清軍南下的消息日益緊迫，又建議朝廷下旨：“北兵南向，卿速回料理，不必入朝。”