見到了久違的熊緯，朱聿鍵分外激動他有說不完的話要對熊緯講，但礙於昆明戰事緊迫也顧不了太多，他命令將士們加速趕路並在兩周之後終於抵達昆明城。
然而不幸的是，他們終究還是晚來了一步，昆明此時已經被攻破，但好在城中並無任何敵方守軍，在派出一隊人馬進城偵查一番後，朱聿鍵大軍順利進入城中。
隻見城裏一片狼藉，遍地殘垣斷壁，來不及清理的屍體橫七豎八的躺在各處，並發出陣陣惡臭。
仔細搜尋了一番後，朱聿鍵得知劉文秀，永曆帝，沐天波等重要人員的屍體並未在其中，而且清兵也未派兵來鎮守昆明，足以說明清軍並沒有徹底打垮劉文秀，他應該是帶著永曆帝撤退到其他地方去了，而從昆明城內外堆積如山的清軍屍體數量來看，清軍也減員嚴重難以再留下一部人馬在昆明，而是全軍孤注一擲地追向劉文秀。
於是朱聿鍵立即帶兵啟程去追趕他們，沿著一路留下的馬蹄印和軍用器械，熊緯判斷劉文秀應該是撤退到了猛定府一帶，於是他立即向朱聿鍵彙報過去。
朱聿鍵聽說後眉頭一緊心想：曆史還是發生了，隻不過這一次李定國的角色換成了劉文秀，吳三桂的角色換成了孔有德，但這次我兵強馬壯絕不會讓曆史上永曆身邊眾臣慘死異國的一幕再次上演!
早在十天前，劉文秀就已經守不住昆明，但是永曆帝卻早已帶領著他的小朝廷在少部親兵的護衛下向雲南西部逃去。
本想著與昆明共存亡的劉文秀卻陰差陽錯的被他的部下們簇擁著逃出昆明，於是他們決定去追趕永曆帝並一路上試圖收編殘部和招募兵馬，就這樣終於在永昌府與永曆帝相遇，同時拚湊了一支近4000人的軍隊。
於此同時孔有德耿仲明的軍隊也追到了永昌府，劉文秀決定就地抵抗，可是由於臨時拚湊出來的軍隊本就士氣低下，僅兩天時間永昌府城即告陷落。
劉文秀叫他的兒子領一部殿後，自己則率部護送永曆帝繼續西逃至芒市吐司地界，試圖借助沐國公在當地吐司間的影響力與各部吐司酋長聯合起來共同抵禦清軍的進攻。
可是吐司的力量終歸還是有限的，縱使土兵們同心協力給與了清軍一定的重創，可最終還是因為武器落後人數不夠等客觀原因被孔有德和耿仲明的大軍各個擊破。
劉文秀隻好帶著永曆帝再次向南撤退至孟定府一帶繼續與清軍作戰。
就在這時永曆帝由於害怕的要命，於是聽從了馬吉祥的建議不顧劉文秀的反對，帶領一幹大臣逃入緬甸境內請求庇護。
劉文秀數次想帶兵衝入緬甸把永曆帝救回來，可由於清軍在後麵步步緊逼，幾次都沒有成功，於是決定進入山區與清軍打遊擊。
就在這個時候，朱聿鍵率軍趕到，趁著孔有德耿仲明圍攻劉文秀的時候在清軍背後出其不意地給與其致命打擊。
經過多日激烈奮戰後，本就已經疲憊不堪的清軍以為勝利在望了，可是被朱聿鍵這麼一打徹底蒙了，士氣頓時泄掉了一大半。
首先崩潰的就是耿仲明，本來就年事已高的他受不了這個打擊，一時急火攻心當即病倒，沒幾天就死了。
其子耿繼茂繼承耿仲明的王位繼續率軍與朱聿鍵血戰，可是卻難以抵擋朱聿鍵新軍的淩厲攻勢。
眼看就要抵擋不住，耿繼茂急忙叫人去向孔有德求救，孔有德此時依然在圍剿劉文秀，為了不使圍剿劉文秀的任務功虧一簣，他拒絕了耿繼茂的求援。
萬念俱灰的耿繼茂受不了這種打擊，終於在全軍即將被全殲的那一刻舉刀自殺了。
失去了耿繼茂的友軍，孔有德自然也難逃失敗的命運，他終究沒有在朱聿鍵的大軍殺到前全殲劉文秀，反而被劉文秀和朱聿鍵兩麵夾擊打得無力招架。