其實自80年代初以來，我國已開發幾十種技術與方法，但都未能阻止藍藻的暴發。京城大學生命科學學院副院長趙金東曾說：“藍藻暴發隻是表麵現象，並不是藍藻把太湖弄髒了，實際上是人把太湖弄髒了。”
他認為，藍藻水華來源於水體汙染，是大量的不加控製的工業汙水和生活汙水的排放，導致了水體嚴重汙染。由於汙水中含有大量的氮、磷、硫等營養元素，它們與水中的微生物相互作用，如果水體不流動，再加上適宜的溫度，就會造成藍藻暴發。
華夏科學院首席研究員、植物研究所博士生導師江高明表示，藍藻是遠比人類等高等動物出現得早得多的物種，迄今為至，藍藻已經地球上生存了33億多年。目前已知的藍藻1500多種，分布十分廣泛，遍及世界各地，但主要為淡水產。除少數藍藻能夠生活60~85的溫泉中外，大部分藍藻生存的溫度30~40之間。當水體達到了富營養化水平時就具備了發生水華的基本條件。
對此，華夏科學院水生生物研究所、淡水生態與生物技術國家重點實驗室研究員宋立榮也發文論述，認為藍藻水華的頻繁發生，是水體富營養化不斷加劇和水生態環境不斷惡化的結果，其巨大的生物量又會造成水體的二次汙染。藍藻會造成水體缺氧，引起水生動物窒息死亡，還會影響自來水廠的生產和自來水的質量，破壞水體景觀。值得注意的是，藍藻所帶來的危害遠不止於此。藍藻還會不斷產生和分泌次生代謝產物，如毒素、異味化合物等。毒素可引起水生和一些陸生動物中毒，並可能危害到人類的健康；異味化和合物可嚴重影響飲用水以及水產品的品質，造成嚴重的經濟損失。
國外上世紀50年代末、60年代初就開展了對水體異味的研究，幾十年來，麵對汙水引發的藍藻，人們一直努力探科學有效的治理方法。從80年代初期我國開始藍藻水華研究至今，這個領域內的科研專家已經開發和提出許多項技術成果，具體有機械去除藍藻技術、電磁波處理技術、化肥控失技術、水體氮磷藻移出技術、黏土除藻技術、化學固磷方法、生物酶分解技術等幾十種技術與方法。但是，不管是化學殺藻、生物抑藻，還是生態治藻，也不管技術有多先進，效果有多好，還是未能阻止藍藻的頻繁暴發，技術並沒有發揮出讓人信服的巨大威力。
麵對藍藻，人們想到的治理措施多的是技術上的。
原始的方法就是太湖流域的農民所采用的方法，把藍藻打撈出來，用來漚肥，哪裏土地貧瘠，就把它上到哪裏。有農業專家認為，藍藻可以直接固定大氣中的氮，而氮可以提高土壤肥力，使作物增產。特別是藍藻內含氮量高達10％左右，含磷量也近1％。1立方米藍藻可生產4公斤氮，相當於8公斤『尿』素，尤其是打撈藍藻能有效地減少湖水中的氮和磷的含量，其社會效益和環境效益十分顯著，吳城以前也一直是以這種辦法對抗藍藻的。但是由於無法突破打撈困難的瓶頸，這種方法難以應對大規模的藍藻暴發。
回到吳城坐鎮指揮的蕭宸從環保局的專家那裏了解到，1998年，華科院生態環境研究中心黏土除藻方麵取得了一項專利，黏土除藻技術的研究被列入了國家“十五”重大科技專項、國家自然科學基金和華夏科學院重要方向以及“百人計劃”等項目，受到廣泛關注。
但是水利局的有關專家卻認為，除了以往多次實地除藻失敗的記錄以外，黏土技術本身不能防止藻類的再次泛起和底泥二次汙染，導致這種技術淡水湖泊中難以被廣泛使用。並且，黏土改『性』技術將藻華轉入水底後，由於腐爛或泛起而釋放出的氮、磷等，還會重返回到水體。當大量的黏土投入下去，將藻華帶入水底，海洋中這種泛起的現象不明顯，但到了淡水湖泊中，風的助力下，很容易泛起。泛起問題不解決，就隻能治標不能治本了。蕭宸本身對此了解不深，一時也無法對此作出決斷，而且這個技術也不是用來應急的，隻好被他先放一邊。
事實上，近幾年來，研究人員沿著技術主義的路線繼續前行，進一步發展了黏土改『性』技術，研製出化學“固磷”的方法，並且開發了以生物防止法、生物浮床法、微生物菌除藻法、高強磁滅藻法、工程疏浚法等為代表的多種技術與方法。但是，蕭宸一個電話打到華科院谘詢的時候，華夏科學院生態環境研究中心的專家告訴他，上述治理方法都是末端上治理，是治標不治本的“下策”。就像川南滇池汙染治理，花費巨資卻沒有取得明顯的效果，就說明了人工治理措施都是非常局限的。
蕭宸隻好又想別的辦法。
用機械挖掘底泥的方法從理論上是可以根治湖泊藍藻汙染，但這種方法是要將全湖淤泥全部挖走。顯然這種方法是不能太湖和滇池這樣的大型湖泊實施，其所要花費的巨額資金是任何何『政府』部門都難以承受的。此前，瀟北東湖中的一個水果湖，麵積隻有014平方公裏，挖走全部淤泥就花費了2000萬元。由此可見，這種方法並不現實，即便吳城有錢，也經不住這麼玩，太湖可比那小湖大上萬倍了。
於是蕭宸緊急召集全市相關專家連夜開會商議，結果有倒是還有一些應急的做法，如引長江水衝洗太湖或巢湖，將汙染一衝了之，可以得到暫時的緩解，但那僅是將汙染轉移到近海而已，由藍藻變成褐藻，由水華變成赤『潮』，終汙染沒有治理，反而愈演愈烈。
蕭宸也知道，根本的解決辦法是源頭控製，如果汙染源得不到控製，技術無法從根本上解決問題。必須切斷工業、生活汙水、農田氮、磷等汙染源，使水體流動起來，但問題是，知道不等於能辦到。
第二天趕到吳城的一批京城相關領導和專家裏麵，有國家環保總局科技司司長曹英民，他很坦誠地告訴蕭宸說：“要想從根本上解決藍藻水華問題，僅靠技術是解決不了問題的。”他說，技術隻是治理的一個方麵，預防是一個重要的方麵。根治藍藻不是單純的技術問題，這裏有產業結構的問題，也有環境管理上的問題。如果汙染源能夠得到控製，那麼技術還是有效的，但如果汙染源得不到控製，則技術就無法從根本上解決問題。
蕭宸默然不語，控製汙染源，說來倒是容易，動動嘴皮子而已，但真要做起來呢？他蕭宸倒是有膽子一下子砍掉吳城幾百家汙染不達標的企業，可太湖並不隻是吳城所有，鄰近的梁溪、延陵不說，好歹還是江東的，可再往南去，卻是到了江南省了，這事情可怎麼好辦？其實太湖始終治理不好，本來就有各省各市互相推諉扯皮的原因裏麵，就說吳城和梁溪藍藻上就經常爭執，梁溪說他們的藍藻是吹東南風的時候從吳城吹到他們那裏出的，而吳城則列舉事實，證明每次都是梁溪出了事吳城才跟著倒黴，所以是梁溪治理不力，不關我吳城的事……於是公說公有理婆說婆有理，兩邊誰也說服不了誰，省委省『政府』那邊隻好各打五十大板，責令雙方“齊抓共管，共同督導”，結果問題依舊。
曹英民司長卻沒考慮蕭宸的難處，他是個技術型的領導，隻是按著自己的話頭說下去，告訴蕭宸，科學的治理措施是：下大決心，采取強有力措施，切斷工業、生活汙水、農田氮、磷等汙染源，使水體流動起來。待汙染源中斷後，尊重自然的選擇，實行生態自我修複，僅輔以必要的人工治理措施即可。湖泊富營養化的治理絕不能靠單一技術，要靠包括技術、法規和管理各個層麵的綜合措施。
麵對依舊沉默不語的蕭宸，他卻頗為興奮，可能是認為蕭宸正仔細思考自己的話，也可能是因為自己的能力終於有可以用到的一天了，所以繼續侃侃而談，他強調說：隻有控製工業汙水和生活汙水的排放，並對汙水進行有效處理，去除水體中和湖底淤泥中生成藍藻的基本營養源，恢複水體生物的食物鏈與湖水的生態修複功能，讓湖水自淨，才能讓技術發揮效用，從而根治藍藻。這需要市政工程投資建設汙水處理廠和排汙管道，以便將汙水全部通過汙水管道流到汙水處理廠進行處理。另一方麵，必須要求有關企業投資建設汙水處理設施，要求排放的廢水必須達標。甚至對於一些生產技術落後、汙染嚴重和資源浪費嚴重的企業要堅決予以關閉。
事實上，實現這一目標顯然並不是一件容易的事情。
曹英民說完，旁邊一位華夏環保產業協會的負責人緊跟著向蕭宸介紹說，日本早1979年就實施湖泊富營養化防止條例，內容已包括工業企業排放管理、含磷洗滌劑禁用、氮磷排放控製等，並明確了縣、市、町、村，企業家，居民的責任。同時，製定了十分全麵的營養鹽控製策略，推行城市汙水廠的深度處理改造；針對排放量較小的點源如小村鎮、別墅區等，普及合並式淨化槽和土壤滲濾係統等分散型汙水處理設施；針對麵源汙染，一方麵改進農作技術，如引入側溝施肥機改善施肥方法，根據土壤『性』質適度施肥等，另一方麵則針對入湖入庫河道，開展直接淨化。
丹麥，『政府』強製城市汙水廠實施除磷脫氮技術，規定服務量超過5000人口的汙水廠必須有除磷工藝，服務量超過15萬人口的必須有脫氮工藝。
澳大利亞河流湖泊富營養化治理過程中則采用了整體流域管理模式，其決策不以某個州，而是以整個流域的總體利益為基礎。