當保皇黨人被擊敗,國會接管政權以後,查理被送上斷頭台。此時,哈維沒有隨同國王的同僚流亡國外,而是退休了。他認為國王是一國之君主,好比人的心髒。他固執地拒絕為沒有國王的新政府服務。哈維回到倫敦,同他的幾個弟弟一起住在離倫敦不遠的鄉村。戰爭期間,他在倫敦的房子遭到襲擊,許多手稿和收藏物都被焚毀了。1650年聖誕節,他的好友恩特來拜訪他,並把他保留的一部分書稿帶走,這就是後來由帕勒因在倫敦聖保羅教堂展出的名叫《論動物的生殖》那部著作。
1651年7月4日,哈維通過皇家醫學會會長普魯介安博士秘密捐款,為醫學會修建了一座圖書館,但這個秘密很快就傳播開來。1652年2月22日圖書館竣工,移交學會使用。同年9月30日,哈維被選為醫學會主席。12月22日,醫學會決定,要在學會大院內修建一座威廉.哈維的雕像,表彰哈維在醫學上的光輝業績。1656年,哈維由於健康原因辭去了主席職務,並向同事們告別。
哈維患了一種痛風症,為了減輕疾病的折磨,他經常把兩隻腳放在水裏。在恩愛的妻子去世後,他的晚年很寂寞,促使他的健康狀況更加惡化。1657年哈維因患中風病倒了,6月3日去世。同事們滿懷著悲痛和敬仰的心情送別這位奮鬥了一生的偉大醫學家和生理學奠基人,把他安葬在埃塞克斯郡漢普斯泰德墓地。
哈維沒有子嗣。根據他的遺囑,大部分家產捐獻給醫學會圖書館。這個學會至今還每年為哈維舉行一次紀念活動。其餘的遺產分給了親戚朋友。當然,他還有一筆不可分割的遺產———《血液循環論》,這是他留給人類的無價之寶。
哈維的棺槨是用鉛皮包著的,存放在漢普斯泰德的一所圓頂房子裏,共達226年之久。1883年10月18日,在皇家學會會長詹尼爾爵士主持下,醫學會的委員們把哈維的棺木放入剛剛做成的白色大理石石棺中；裏麵的鉛棺上刻著:“威廉.哈維博士,1657年6月3日逝世,享年79歲。”
在威廉.哈維的墓碑上,用拉丁文鐫刻著:
“整個學術界都對威廉.哈維的受人尊重的名字表示敬意。他是數千年來第一個發現血液每時每刻運動規律的科學家。他給世界以健康,他給自己以英名；他是把動物的起源和產生從偽哲學中解放出來的唯一的一個人。人類得以獲取知識應該歸功於他,醫學得以生存和發展也應歸功於他。……他是倫敦皇家醫學會一位勤奮的、享有盛名的解剖學和外科學教授。他為皇家醫學會建造了一座聞名於世的圖書館。他把此館捐贈給了醫學會,並用自己的遺產不斷充實它……”
對於哈維在醫學發展方麵的影響的最出色的評價莫過於威廉.奧斯勒1906年在倫敦皇家醫學會哈維紀念會上做的演講。他說:
當保皇黨人被擊敗,國會接管政權以後,查理被送上斷頭台。此時,哈維沒有隨同國王的同僚流亡國外,而是退休了。他認為國王是一國之君主,好比人的心髒。他固執地拒絕為沒有國王的新政府服務。哈維回到倫敦,同他的幾個弟弟一起住在離倫敦不遠的鄉村。戰爭期間,他在倫敦的房子遭到襲擊,許多手稿和收藏物都被焚毀了。1650年聖誕節,他的好友恩特來拜訪他,並把他保留的一部分書稿帶走,這就是後來由帕勒因在倫敦聖保羅教堂展出的名叫《論動物的生殖》那部著作。