根據蒙古人的傳統，隻要是敢抵抗蒙古人的，破城以後會把全城的人斬盡殺絕，又稱“屠城”。
攻城的將領呈上請求屠城的報告，耶律楚材對窩闊台說：“打仗的目的，就是獲得領土和人民，若把人都殺光了，隻剩下一座空城，這有什麼用呀！再說，金國皇帝的工匠和富有人家都在汴梁城內。若把他們殺光了，我們會一無所獲的。”
窩闊台下令“除了金朝皇室以外，其他人一律不得擅自殺害”。就這樣，汴梁城內的百姓獲救了。
金國滅亡以後，留下許多儒生沒被蒙古國任用，成了奴隸。耶律楚材向窩闊台上奏，要求征用儒生治理國家。他說：“製造好的弓箭需要巧匠，管理國家大事也需要用良臣。”窩闊台認為耶律楚材說得很有道理，說：“既然這樣，你就征用他們當官吧。”
耶律楚材選用了四千零三十個儒生，請名儒講學，教王子和群臣將領的子弟讀書，組織儒生編書。耶律楚材自從擔任中書令以後，把地方上的軍、政、財權分開，目的是限製各地的割據勢力。一些蒙古貴族仗勢違法，耶律楚材對他們繩之以法。
窩闊台封孔子51代孫孔元措為衍聖公。與此同時，窩闊台注重漢人的儒學，興辦國學，錄用儒生。
窩闊台不但在燕京等要地設置了斷事官，還向各府州縣派遣鎮守官。窩闊台通過上述措施，穩固了蒙古在中原的統治地位。
耶律楚材獲得了許多成就，但經常與人發生衝突。
一次，耶律楚材拘捕了一個為非作歹的犯人，卻觸犯了宮廷裏的一個侍從。這個人去窩闊台那裏進讒言，窩闊台惱羞成怒，命人把耶律楚材綁起來。後來，窩闊台認為這樣做不妥當，又給耶律楚材鬆綁。
耶律楚材說：“我身為大汗的大臣，大汗命人綁了我，想必是我犯了罪，有罪就應該處置，現在又命人給我鬆綁，看來我沒有罪。但沒有罪為什麼要綁我，國法難道是兒戲嗎？”
窩闊台笑著說：“難道天子就不能犯錯嗎？”
紹定四年（1231年），蒙古大軍攻入高麗，高麗王獻城投降。當時，遼東隻有萬奴一個割據勢力了。紹定六年（1233年）二月，元太宗窩闊台命皇子貴由等人率軍討伐萬奴。
端平二年（1235年），蒙古大軍攻入宋境的荊襄（現在的湖北荊州、襄陽附近）、四川、兩淮（現在的淮北、淮南）等地。蒙古軍進攻宋朝主要是為了掠奪財物，並未在所攻占的地區建立統治機構。
端平二年（1235年），窩闊台開始動工營建哈剌和林宮闕。
嘉熙元年（1237年），窩闊台命伊斯蘭教工匠在哈剌和林城北日夜趕工建造伽堅茶寒殿。嘉熙二年（1238年），窩闊台命工匠在城南建造了圖蘇胡迎駕殿。從此，蒙古國的都城哈刺和林城成為了當時的國際性大都市。